Внутренняя политика на протяжении 44 лет правления Ивана III не обходилась без конфликтов. В частности, отнюдь не всегда безоблачными и дружескими были его отношения с четырьмя младшими братьями. Софья, казалось, некоторое время даже симпатизировала деверям. Иван III сознательно ограничил власть братьев и в конце концов окончательно лишил их таковой. Удельные князья, подчинявшиеся Москве, поначалу сохраняли свои родовые владения, однако постепенно отлучались от них, переселялись в другие земли великого княжества или привлекались ко двору. Таким способом Иван III пытался создать однородный, зависимый от милости царя слой аристократии и устранить весьма значительные различия, существовавшие между отдельными труппами, и, кроме того, сознательно поддерживал мелкое служилое дворянство. Формирования сплоченной боярской оппозиции и тем более возникновения сословий не произошло, поскольку высший слой аристократии был истощен борьбой, связанной с иерархической системой, «местничеством», и при этом все больше попадал в зависимость от великого князя. Свод законов, судебник 1497 года, кодификация действующего права, был создан не только с целью введения единообразия судопроизводства в московском государстве в целом. Он подчеркивал, что верховная судебная власть сосредоточена в руках великого князя, а наместники по его указанию вершат суд и управление. Право свободного передвижения и повсеместного проживания крестьян уже ограничивалось, однако пока еще не отменялось.

Среди крупных сооружений, которые были возведены в Кремле при Иване III, собор Успения богородицы (Успенский собор), созданный Аристотелем Фиораванти, занимает особое место, поскольку высшие круги московского государства явно воспринимали его как символ победы над Новгородом. Исключительность положения московского великого князя еще отчетливее проявляется в роскоши Грановитой палаты, которая была построена по образцу итальянских палаццо и весьма выгодно отличалась от старых домов великого князя, его братьев и других жилищ представителей знати, которые были расположены на территории Кремля.

И, наконец, период правления Ивана III отмечен религиозными распрями, которые имели весьма далеко идущие последствия. Секта так называемых «жидовствующих» выступила вначале в Новгороде, а потом в Москве, где, по-видимому, встретила значительную поддержку влиятельных лиц. Речь шла об антитринитариях, происхождение которых неизвестно; это могли быть отголоски гуситского движения или движения богомилов, распространенного на Балканах; учение объединяло в себе всевозможные противоречащие друг другу элементы, подверженные, по-видимому, значительному влиянию иудейской философии. Еще в 1487 году новгородский архиепископ Геннадий пытался принять меры против сектантов. Он встретил поддержку у дворянина Иосифа Санина Волоцкого, который основал в Волоколамске богатый монастырь, вскоре ставший известным своими строгими порядками. Иосиф Волоцкий немедленно выступил против сторонников лжеучения. Однако московские соборы 1488 и 1490 годов решились подвергнуть еретиков лишь довольно мягкому осуждению. Иосиф вступил в ожесточенный конфликт с митрополитом московским, назвал его «волком в овечьей шкуре» и отказался уплатить наложенные на него церковные штрафы. Он обратился к Ивану III как главе церкви. Великий князь отнесся к Иосифу с большой симпатией, ибо тот дал теологическое обоснование неограниченной власти московского правителя над церковью.

Уже в 1495 году приход нового митрополита ознаменовал начало новой политики по отношению к «жидовствующим». В 1503 году состоялся третий собор, осудивший «жидовствующих», причем Иосиф Волоцкий выступил здесь и с теологическим обличением, и в роли прокурора. Теперь против обвиняемых были введены строжайшие санкции. Впрочем, на соборе решались и другие спорные вопросы. Активным и смелым противником крупного монастырского землевладения стал анахорет Николай Майков[7] (1433–1508), монах Кирилле-Белозерского монастыря, который некоторое время провел на горе Атос, а затем основал скит на реке Сорке, близ Кирилло-Белозерского монастыря. В соборе 1503 года он принимал участие в качестве духовного лидера движения нестяжательства, вновь возрожденного в среде древнерусского монашества. При решении вопроса о дальнейшей судьбе монастырского землевладения Нил Сорский резко отвергал любое вмешательство монастырей в светскую сферу и высказывал требование «духовного совершенствования» через аскетизм и доброжелательную снисходительность по отношению ко всем введенным в заблуждение, которых следовало наставить на праведный путь. Монахам подобают занятия утешением и наставлением, а не «излишеством», то есть светской собственностью или, тем более, делами государства.

Этот конфликт между «иосифлянами» и последователями Нила Сорского уже тогда привел к расколу московской православной церкви на два враждебных лагеря — сторонников аскетизма и скитской жизни и приверженцев огосударствления церкви.

27 октября 1505 года Иван III умер в возрасте 67 лет. В 1504 году его преемником стал объявленный им по завещанию наследником старший сын от второго брака, Василий III. Завещание отца сделало его обладателем около 85 % владений великого княжества, в первую очередь всех вновь присоединенных территорий, то есть всех северных, восточных и западных приграничных земель. Пяти младшим братьям было установлено достаточное содержание, однако им было отказано в каком-либо влиянии на управление государством. Василий получил исключительное право чеканки монеты и торговли, а также юрисдикции, в том числе и над людьми, проживающими во владениях братьев. Такое положение, казалось, исключало любую опасность для существования государства со стороны братьев Василия.

К этому моменту Василию III было 27 лет, и он был женат на Саломее Сабуровой, принадлежавшей к московскому боярскому роду татарского происхождения. Брак был заключен в 1504 году, после неудачных попыток заполучить в жены иностранную принцессу. Среди внешнеполитических проблем, занимавших вновь вступившего на престол великого князя, на первом месте стояли отношения с Казанью, с которой после неудавшегося нападения было заключено перемирие. Александр, великий князь литовский и король польский, надеялся после смерти Ивана III освободиться от давления восточного соседа. Он решился на нападение, которое, по-видимому, преследовало единственную цель: освободить Дмитрия, внука Ивана III и племянника своей супруги Елены — она была дочерью Ивана от первого брака с тверской принцессой и поэтому находилась в очень теплых отношениях с удерживаемым в заточении Дмитрием, — и в случае, если попытка свержения Василия III увенчается успехом, вернуть литовские земли, отошедшие к Москве. План остался неосуществленным, ибо магистр Ливонского ордена Вольтер фон Плеттенберг отказался принимать в нем участие, а великокняжеская рада (объединение советников) согласилась на его проведение весьма неохотно. Александр умер в августе 1506 года, и правление Польшей и Литвой перешло к младшему из его братьев Сигизмунду I (1506–1548). Однако теперь Василий III заявлял о своих притязаниях на всю Литву целиком, и в Литве нашлись силы, на которые он смог опереться. Во главе их стоял близкий друг покойного Александра, князь Михаил Глинский, объездивший многие страны и получивший классическое образование. Его позиция встречала враждебное отношение со стороны рады. Сигизмунд, побуждаемый радой, вновь вынашивал план нападения на Москву, каковое и произошло в 1507 году. К этому времени Глинский установил связи с Кремлем и предпринял попытку организации восстания православных восточных славян против Сигизмунда I. Предприятие не увенчалось успехом. Глинский, его семья и сторонники перешли на сторону Москвы и поступили на службу к Василию. Война не принесла Сигизмунду существенных результатов, но, тем не менее, благодаря перемирию 1508 года было на некоторое время остановлено продвижение москвитян на запад.