Ответом властей на перечисленные меры Церкви стала инструкция Наркомюста от 24 августа 1918 года о порядке проведения в жизнь Декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви. Этим документом лишались прав юридического лица и подлежали закрытию все благотворительные, просветительские и иные общества, ограничивавшие круг своих членов людьми одного вероисповедания. Религиозные общества обязывались представить местным властям описи своего богослужебного имущества. Это имущество передавалось в пользование группам мирян числом не менее 20 человек. Фактически эти «двадцатки» мирян становились единственными органами верующего населения, с которыми власти соглашались иметь дело. Эти группы несли материальную ответственность перед государством за вверенные им богослужебные предметы. Все небогослужебное движимое и недвижимое имущество религиозных общин, а также метрические книги подлежали изъятию[10]. Эта инструкция сводила на нет все ухищрения церковной администрации по обеспечению за верующими хоть каких-то юридических прав на используемые ими храмы и священные предметы.

Это противостояние между Советской властью и Православной Церковью развивалось на фоне разгоравшегося пожара гражданской войны. Территория, подконтрольная большевикам резко сокращалась. Запад страны был оккупирован Германией и Австрией, на Юге действовали армии Деникина и казаки Краснова. В Сибири после чехословацкого мятежа возникло несколько антибольшевистских правительств, а осенью 1918 года власть там захватил адмирал Колчак, на Севере высадились англичане и вскоре возникло местное правительство генерала Миллера, на Северо-Западе действовал генерал Юденич.

Территории, занятые интервентами и белыми генералами были не только губерниями России, но и епархиями Православной Церкви. Белые генералы вели войну под знаменами великорусского национализма и верности православию. На их знаменах изображались лики святых, своих сторонников они призывали идти в бой «за поруганную веру». При полках, эскадронах и батальонах белых армий содержались войсковые священники. Все это резко контрастировало с открытой антицерковностью большевиков. Поэтому не приходится удивляться тому, что во многих приходах с нетерпением ожидали появления «белого воинства». Часто смена власти сопровождалась колокольным звоном и торжественными молебнами, как это произошло, например, при высадке интервентов в Мурманске. Однако не стоит излишне доверять «религиозным» декларациям белых генералов. Для большинства из них это был лишь пропагандистский ход. Торжественные встречи со стороны духовенства часто устраивались им по распоряжениям их же подчиненных. Это, однако, не меняет того факта, что очень значительная часть Церкви и в первую очередь епископата на занятых белыми территориях открыто встала на их сторону. На территориях, занятых белыми армиями, организовывались единые органы церковного управления. В ноябре 1918 года в Томске состоялось Сибирское церковное совещание, которое образовало Высшее Временное Церковное Управление. В мае 1919 года в Ставрополе, в тылу у Деникина, состоялся Юго-Восточный русский церковный Собор. На нем также как и в Томске было образовано Высшее Временное Церковное Управление. Впоследствии этот орган стал основой для так называемого «карловацкого» синода. Почетным председателем этого Управления стал митрополит Киевский Антоний (Храповицкий), бывший кандидат в Патриархи.

Что касается руководства РПЦ в Москве, то оно старалось продемонстрировать известный нейтралитет по отношению к воюющим сторонам. Весной 1918 года Патриарх Тихон отказался дать благословение не только деникинской Добровольческой армии, но и личное тайное благословение кому бы то ни было из участников белого движения, о чем просил его князь Г. И. Трубецкой.

Однако оставаться последовательно нейтральным руководству Церкви удавалось не всегда. 5 (18) марта 1918 года Патриарх в специальном послании решительно осудил Брестский мир, который он счел позором для России.

Гражданская война в России быстро вылилась в настоящую вакханалию террора. Историку бесполезно искать в ней «более виноватых». Белые, красные, многочисленные «третьи силы» соревновались друг с другом в жестокости по отношению к противникам. Если белый террор обрушивался в первую очередь на большевиков и их сторонников, на фабричных рабочих, деревенскую голытьбу, а также (что характерно) на евреев, то жертвами красного террора становились, прежде всего, «нетрудовые элементы» и в особенности духовенство, которое у многих красноармейцев пользовалось репутацией «контры» (за свою связь со старым режимом и за поддержку белых некоторыми церковниками). Особенно разнузданным красный террор стал после убийства Урицкого и покушения на Ленина летом 1918 года. Широко применялось взятие заложников с последующей «децимацией» (расстрелом каждого десятого). Многие епископы, монахи, священники, просто православные миряне становились жертвами красного, «зеленого» и просто безнаказанно-уголовного террора, часто сопровождавшегося надругательством над религиозными святынями.

7 ноября 1918 года, в годовщину Октябрьской революции, Патриарх Тихон обратился с письмом к Совету Народных Комиссаров. Эпиграфом к нему он взял слова из Евангелия: «Все, взявшие меч, мечем погибнут». Это письмо — обвинительный акт против большевистской власти, рассчитанный, конечно же не столько на власть предержащих, сколько на мнение общественности, которой этот документ скоро стал известен. Патриарху нельзя отказать в определенном гражданском мужестве. Таким языком Церковь не разговаривала с властями со времен митрополита Филиппа (XVI в.) Тихон обвиняет большевиков в обмане народа, в разжигании кровавой междоусобицы, в разгуле террора, в заключении позорного мира, в подстрекательстве к грабежам, в попрании свободы слова и печати, в гонениях на веру. «Ныне же к вам, употребляющим власть на преследование ближних и истребление невинных, простираем Мы наше слово увещания: отпразднуйте годовщину своего пребывания у власти освобождением заключенных, прекращением кровопролития, насилия, разорения, стеснения веры; обратитесь не к разрушению, а к устроению порядка и законности»[11] — так заканчивает свое письмо Тихон.

Однако чем призрачнее становилась надежда на скорое падение большевистского режима, тем яснее руководство Церкви понимало необходимость встать «над схваткой». 6 (21) июня 1919 года Тихон обратился к верующим с очередным посланием. Он еще раз описал ужасы гражданской войны и террора, приписав их безбожной сущности новой власти и призвал христиан не стремиться к мести, но смело идти на муки за веру[12]. В том же послании, однако, Патриарх резко осудил еврейские погромы, которыми особенно увлекались тогда белогвардейцы и подстрекаемые ими шовинистические «элементы». Но полный поворот в сторону аполитичности был совершен Патриархом в его следующем послании от 25 сентября (8 октября) 1919 года, направленном православному духовенству. Он решительно отвергал все обвинения в контрреволюционности Церкви и в ее стремлении к свержению Советского строя, в поддержке белого движения и интервенции. На все эти обвинения Тихон отвечал, что «Церковь не связывает себя ни с каким определенным образом правления, ибо таковое имеет лишь относительное историческое значение». Патриарх призывал духовенство не участвовать в политической борьбе, подчиняться велениям Советской власти «поскольку они не противоречат вере и благочестию» и сосредоточить все силы на проповеди слова Божия, столь необходимой при широком распространении неверия[13]. Уже в этом послании легко заметить тенденцию к переходу Церкви на лояльные позиции по отношению к советской власти. Быть может эта тенденция смогла бы уже тогда закрепиться, если бы не новые рискованные и, в сущности, провокационные шаги большевиков.