В отличие от Вьетнама, Филиппин и Бирмы политика японцев в Индонезии дала свои плоды. Отсутствие единого центра сопротивления, разрозненность его сил позволяли японцам расправляться с подпольными группами поодиночке. Так, в начале 1943 г. в Сурабае была раскрыта подпольная антияпонская организация во главе с известным деятелем национального движения коммунистом Амиром Шарифуддином, по популярности в стране мало уступавшим самому Сукарно. Члены группы были приговорены к смертной казни. Сукарно на этот раз обратился к японцам с просьбой о помиловании, и те частично выполнили эту просьбу: члены подпольной организации были расстреляны, но самому Шарифуддину казнь была заменена пожизненным заключением.

Подпольные антияпонские группы возникали в самых различных слоях общества. Несколько таких групп было организовано индонезийскими коммунистами. Очевидно, крупнейшей из них была организация Гериндом (Движение свободной Индонезии), состоявшая в основном из молодежи, которая вела пропагандистскую работу в созданных японцами военизированных молодежных организациях. Следует отметить, что часть активных коммунистов была еще до оккупации выслана голландцами в Австралию, а оставшиеся в тюрьмах казнены японцами, в результате чего обескровленная компартия была поставлена в годы войны в крайне тяжелые условия.

Существовало сопротивление, возглавляемое мусульманскими деятелями и священнослужителями. Такие группы действовали чаще всего в сельской местности. В ноябре 1942 г. вспыхнуло восстание в Аче, во главе которого стоял молодой проповедник Тенгку Абдул Джамиль, собравший отряд из крестьян, вооруженных кинжалами и копьями. Бойцы отряда действовали столь самоотверженно, что лишь после нескольких боев, причем с большими для себя потерями, японцы смогли разгромить восстание и убить его руководителя. Мусульманские деятели возглавили также восстание 1944 г. в округах Лохнебер и Синданг на Яве. После его подавления мусульманские проповедники были замучены в тюрьме.

Были и группы сопротивления, руководимые проголландскими, в основном феодальными, деятелями. Одной из таких групп был организован заговор в Понтианаке на Западном Калимантане, где осенью 1943 г. была собрана конференция по сотрудничеству между Индонезией и Японией, в которой должны были участвовать все высшие чины местной администрации и японских гарнизонов на Калимантане. Заговорщики предполагали захватить членов конференции и расправиться с японцами. Однако среди бывших голландских чиновников нашелся доносчик. Когда заговорщики, а также не принимавшие участия в заговоре индонезийские участники конференции собрались в здании, обнаружилось, что японских делегатов нет. Но достаточно было выглянуть в окно, чтобы убедиться, что здание окружено японскими солдатами и взято на прицел пулеметами. Японцы ворвались в здание, захватили всех без исключения индонезийцев и, не разбираясь, кто причастен к заговору, а кто нет, вывезли их на грузовиках за город и тут же расстреляли. После этого по городу и окрестным селениям прокатились облавы, в которых расстреливали всех, кто имел какую-либо связь с заговорщиками. Всего было убито около 2 тыс. человек.

Кроме перечисленных в Индонезии существовало множество мелких групп, активно в сопротивлении не участвовавших, но ожидавших момента выступить против японцев. Само существование таких групп говорит о масштабах недовольства японской оккупацией. Однако яркая миротворческая агитация Сукарно, Шарира и Хатты нередко приводила к тому, что эти группы до самого конца войны ограничивались составлением планов на будущее.

Наконец, за годы оккупации в Индонезии произошло несколько крестьянских восстаний, вызванных тяжелым положением в деревнях. Они были стихийными, японцы подавляли их поодиночке, и угрозы оккупационному режиму они не представляли.

Осенью 1943 г. японцы, трезво оценивая обстановку в стране и будучи уверены в том, что общенациональное сопротивление им не угрожает, наконец-то дали согласие на организацию индонезийской «добровольческой» армии ПЕТА. Создание ее вызывалось ходом войны, требовавшим все больших подкреплений на островах Тихого океана. Людские ресурсы Японии были уже в значительной степени исчерпаны, тогда как гарнизонную службу в оккупированных странах несли кадровые части. Для того чтобы освободить эти части и перебросить их в места боевых действий, японцы нуждались во вспомогательных национальных частях, на которые можно было бы возложить охранные функции, гарнизонную службу во второстепенных пунктах и т. д. Поэтому акция, вроде бы направленная на удовлетворение просьб индонезийских националистов, на самом деле должна была принести пользу японской армии. Именно этим и можно объяснить, почему японцы решили сразу создать ПЕТА в значительных масштабах — она должна была состоять из 81 территориального батальона численностью 600-800 человек каждый. Таким образом, японцы предоставляли оружие более чем 50 тыс. индонезийцев, в симпатиях которых они имели основания сомневаться. Можно вспомнить, что численность бирманской армии, во главе которой стояли японские офицеры и бирманцы, получившие военную подготовку в Японии и проверенные в боях с англичанами, японское командование сократило в 1942 г. до 3 тыс., а потом даже в самые трудные для себя дни, когда оно нуждалось во вспомогательных войсках, более 7-8 тыс. человек в нее не записывало. Объяснение этому, на наш взгляд, заключается не в разнице в численности населения или площади этих стран, а в глубоком убеждении японцев, что части ПЕТА будут лишены общего командования, разобщены, а лидеры национального движения будут достаточно последовательны в желании не допустить никаких антияпонских выступлений в ПЕТА и будут рассматривать эти части как свой боевой резерв на случай, если Япония уйдет из Индонезии и надо будет бороться за власть как с голландцами, так и с внутренней оппозицией.

Доказательством того, что японцы не опасались восстания индонезийской армии, служит тот факт, что ПЕТА была весьма неплохо вооружена. Бирманская армия о таком вооружении могла только мечтать. Каждый батальон состоял из трех стрелковых рот и роты тяжелого оружия, делившейся на два минометных и два артиллерийских взвода. Правда, до поры до времени минометы и орудия армии не выдавались, а находились на складах, но по японским планам в случае высадки войск союзников батальонам ПЕТА предназначалась роль береговой охраны, которая должна была принять первый удар.

Армия создавалась срочно, и японцы проводили мобилизацию в нее, используя находившиеся под их эгидой молодежные организации. Были созданы краткосрочные курсы для подготовки младшего командного состава из индонезийцев, а также офицерские курсы, куда направляли образованных индонезийцев — студентов, учителей, клерков и т. д. Индонезийские солдаты и курсанты подвергались жестокой муштре. Японские унтер-офицеры обращались с ними как с японскими новобранцами, не делая никаких скидок, прибегая к побоям и наказаниям, заключавшимся в том, что курсантов и солдат заставляли часами стоять на коленях под солнцем; плохо кормили, так что некоторые из них умирали от истощения.

Командование армией ПЕТА японцы не намеревались выпускать из своих рук. При каждом командире батальона — индонезийце находился японский инструктор, инструкторы были в каждой роте и взводе. Для подготовки резерва армии ПЕТА японцы параллельно с ее созданием расширяли сеть молодежных военизированных организаций. Это были организация крестьянской молодежи «Сейнендан», которая выполняла зачастую роль деревенской полиции, организация городской и студенческой молодежи «Гакутотай» и крупнейшая из них — «Кейбодан» с числом членов более миллиона, которая занималась тушением пожаров и помогала бороться с последствиями воздушных налетов. Помимо этих организаций существовало немало других, в том числе ассоциации китайцев, охранная служба прибрежных вод, союзы «Бари-сан пелопор» (Боевой отряд), «Ангкатан муда» (Молодое поколение) и др. Это разнообразие объяснялось как желанием различных клик в армии, флоте и администрации создать «свои» организации, так и тем, что, создавая чувство причастности к той или иной организации, втолковывая идеалы преданности знамени и т. д., японцы старались разобщить молодежное движение.