Неутомимый и энергичный полярный исследователь не мог все же отказаться, несмотря на все перенесенные страдания и опасности, от своего смелого плана пересечь антарктический материк. Он опять начал готовиться к полярному путешествию и в 1919 году снарядил новую южно- полярную экспедицию на средства, предоставленные ему Англией. На корабле «Королева Александра» он отплыл 25 сентября 1921 года в море Ведделя, но ему не суждено было увидеть Антарктику и осуществить свою заветную мечту. Он умер в пути, у входа в море Ведделя, и похоронен в Южной Георгии, в Грютвикине, — китоловной станции, принадлежавшей одному аргентинскому акционерному обществу в Буэнос-Айресе.

Со смертью Шекльтона исчез один из замечательных полярных исследователей, отличавшийся своим энтузиазмом и своей решительностью, никогда не терявший энергии ни в борьбе со льдами, ни при кораблекрушении, ни перед страшной угрозой голодной смерти. Он умер 47 лет.