21 сентября поезд императора прибыл в Севастополь, откуда на пароходе добровольного флота «Орёл» императорская семья отбыла в Ялту.

В день приезда императора, шефа 16-го Его Величества полка, стрелки были выстроены у нового Ливадийского дворца. Император прибыл вместе с императрицей Марией Фёдоровной в открытой коляске. Погода была прохладная. Государь был в генеральском пальто. Командир полуроты 16-го полка П.П. Заварзин вспоминал: «Первый взгляд на это открытое, с ярко выраженной волей лицо обнаруживал тем не менее, что внутренний недуг подрывает могучий организм. Необычная для государя была его бледность и синева губ. При виде войска первым движением императора было желание снять пальто, как этого требовал устав, если парад представляется в мундирах без шинелей. Императрица хотела его остановить, но послышался твёрдый оклик: „Неловко!“ — и государь в одном сюртуке подошёл к роте».

Болезнь прогрессировала, государь похудел и пожелтел, но бодрился и совершал поездки в экипаже. Последняя поездка была 4 октября, когда ему сделалось дурно. Отёк ног увеличивался со дня на день, сердце работало слабо, падали силы.

Начиная с 5 октября стали регулярно, иногда по два раза в день, появляться бюллетени о состоянии здоровья императора за подписями профессоров Э. Лейдена и Г.А. Захарьина, лейб-хирурга Г.И. Гирша, доктора Попова и почётного лейб-хирурга Н.А. Вельяминова.

В первом бюллетене сообщалось, что на консилиуме было установлено: «Болезнь почек не улучшилась, силы уменьшились. Врачи надеются, что климат южного берега Крыма благотворно повлияет на состояние здоровья августейшего больного». Другими словами, прогноз заболевания объявлялся неблагоприятным, не зависящим от усилий врачей.

Всего с 5 по 20 октября было опубликовано 26 бюллетеней. Как писал позже М. Каменев в своих «Воспоминаниях о проф. Захарьине», «положение лечивших Александра III (врачей) было очень тяжёлое. Для них с самого начала было ясно, что дни императора сочтены, между тем приходилось каждый день сочинять бюллетени, в которых нельзя было, конечно, говорить о безнадёжности положения больного, так как Александр III до самого, кажется, последнего дня своей жизни просматривал и русские, и иностранные газеты и не мог не видеть, что о нём пишут… Приходилось ежедневно выдумывать такие отчёты о здоровье, которые обманывали прежде всего самого больного, а за ним и весь мир, причём мир специально медицинский имел полное основание утверждать, что больного „не так лечат“».

Тем не менее по этим бюллетеням можно было в определённой степени проследить динамику заболевания.

«5 октября, 11 часов вечера. В состоянии здоровья государя императора замечается ухудшение: общая слабость и слабость сердца увеличилась.

7 октября, 10 часов вечера. Ночь на 7-е число прошла почти без сна. Утром государь император, как всегда, вставал. Общая слабость и деятельность сердца в том же состоянии. Отёк ног, показавшийся в последнее время, несколько увеличился.

В воскресенье, 9 октября, государь приобщился Святых Тайн, что свидетельствовало о понимании тяжести состояния и неотвратимости ближайшего неблагоприятного исхода заболевания.

17 октября, 8 часов вечера. В течение дня государь император кушал мало и чувствовал себя слабо. Обычный кашель, которым Его Величество страдает давно вследствие хронического катара глотки и дыхательного горла, усилился, в мокроте появилось несколько крови.

18 октября, 10 часов утра. В состоянии здоровья государя императора произошло значительное ухудшение. Кровохарканье, начавшееся вчера при усиленном кашле, ночью усилилось и появились признаки ограниченного воспалительного состояния (инфаркт) в левом лёгком. Положение опасное.

18 октября, 10 часов вечера. В течение дня продолжалось отделение кровавой мокроты, был озноб. Температура 37,8, пульс 90, слабоват. Дыхание затруднено, аппетит крайне слаб, большая слабость. Отёки значительно увеличились».

В час пополудни в Исаакиевском соборе в Санкт-Петербурге совершено молебствие об исцелении государя императора от постигшей Его Императорское Величество болезни.

«19 октября, 10 часов утра. В течение ночи государь император спал несколько часов. Отделение кровавой мокроты несколько уменьшилось.

20 октября, 9 часов утра. Ночь государь провёл без сна. Дыхание сильно затруднено. Деятельность сердца быстро слабеет. Положение крайне опасно.

20 октября, 11 часов 30 минут утра. Деятельность сердца продолжает падать. Одышка увеличивается. Сознание полное».

В 2 часа 15 минут пополудни 20 октября государь император Александр III «тихо в Бозе почил».

28 октября были опубликованы сообщение о диагнозе заболевания и акт вскрытия.

Диагноз болезни гласил: «Хронический интерстициальный нефрит с последовательным поражением сердца и сосудов, геморрагический инфаркт в левом лёгком с последовательным воспалением».

В акте вскрытия было сказано: «Тысяча восемьсот девяносто четвёртого года, октября 22-го в семь с половиной часов вечера мы, нижеподписавшиеся, нашли при бальзамировании тела в Бозе почившего государя императора Александра Александровича нижеследующие изменения: значительный отёк подкожной клетчатки нижних конечностей и пятнистую красноту на левой голени. В левой полости плевры 200 кубических центиметров сывороточной жидкости, окрашенной в красный цвет, в правой полости плевры — 50 кубических центиметров таковой же жидкости. Старый фиброзный рубец в верхушке правого лёгкого, отёчное состояние правого лёгкого, в левом лёгком отёк верхней доли и кровяной инфаркт в нижней доле того же лёгкого, причём эта нижняя доля очень полнокровна и содержит в себе очень мало воздуха. Кровавый инфаркт находится у верхнего края нижней доли левого лёгкого и в разрезе имеет треугольную форму полтора центиметра в продольном разрезе и один центиметр в поперечном. В околосердечной сумке 30 кубических центиметров сывороточной жидкости. Сердце значительно увеличено в объёме, продольный размер 17 центиметров, поперечный размер 18 центиметров, в подсерозной клетчатке сердца большое количество жировой ткани (Lipomatosis cordis); сердце плохо сократилось. Левая полость сердца увеличена, и стенка левого желудочка утолщена (равна двум с половиной центиметрам), мышца левого желудочка сердца бледна, вяла и желтоватого цвета (Degeneratio adiposa miocardii), в правом желудочке мышечная стенка истончена (6 миллиметров) и такого же желтоватого цвета, заслоночный аппарат совершенно нормален.

В полости живота около 200 кубических центиметров сывороточной жидкости. В желудке и кишечнике большое количество газов. Печень немного увеличена, очень полнокровна.

Почки имеют следующие размеры: левая 16 центиметров в длину, 7 центиметров в ширину и 4 центиметра в толщину; правая — 15 центиметров в длину, 6 1/3 центиметров в ширину и 4 центиметра в толщину. Капсула почек обыкновенной толщины и отделяется легко. Наружная поверхность почек мелкозернистая, тёмно-красного цвета; плотность почек незначительная. Корковое вещество почек уменьшено (от 6 до 7 миллиметров) и желтовато, медуллярное же вещество — тёмно-красного цвета (Nephritis intestinalis cum atrophia substantiva corticalis renum granulosa). Сверх того, в левой почке серозный пузырёк трёх миллиметров в поперечнике.

На основании вышеизложенного мы полагаем, что государь император Александр Александрович скончался от паралича сердца при перерождении мышц гипертрофированного сердца и интерстициального нефрита (зернистой атрофии почек)».

Акт подписали: заслуженный ординарный профессор патологической анатомии Императорского Московского университета И.Ф. Клейн, заслуженный ординарный профессор нормальной анатомии того же университета Д.Н. Зернов, ординарный профессор нормальной анатомии Императорского Харьковского университета М.А. Попов, профессор Императорского Московского университета Н.В. Алтухов, прозектор Императорского Харьковского университета А.К. Белоусов.

Нас не должно смущать несовпадение формулировок клинического и патологоанатомического диагнозов. От клинициста при оформлении диагноза требуется выделить прежде всего основное заболевание, по поводу которого больной лечился или от которого он умер; патологоанатом же фиксирует морфологические последствия болезни, а также изменения, произошедшие в период агонии и в посмертном периоде.