Несмотря на то, что «Дон-Жуан» в Александринском театре был совершенно новой постановкой, официально он назывался «возобновлением». Так же, как «возобновление», прошла и другая «императорская» постановка Мейерхольда в этом сезоне: опера Мусоргского «Борис Годунов» на сцене Мариинского театра. Художником этого спектакля был А. Я. Головин, дирижировал А. Коутс, заглавную роль в первых двух спектаклях пел Ф. И. Шаляпин. Полонез ставил Н. Легат.

Решению дирекции возобновить «Бориса Годунова» предшествовал уже упоминавшийся нами успех оперы Мусоргского в Париже во время русского сезона 1908 года. Там режиссером был А. А. Санин, а художником А. Я. Головин.  Головину было предложено дать и для Мариинского театра те же эскизы декораций, бутафории и костюмов.

Несмотря на то, что «Борис Годунов» был поручен Мейерхольду еще весной, опера была поставлена в условиях крайней спешки, так как, приступив к собиранию материалов в августе и сентябре, Мейерхольд мог начать репетиции только в ноябре, предварительно сдав огромную работу по постановке «Дон-Жуана» и будучи еще занятым в «Доме интермедий». Крайним же сроком для премьеры было назначено 6 января 1911 года, так как в этот день Николай II, его семья, великие князья и двор должны были присутствовать на этом спектакле в Мариинском театре.

Первому представлению предшествовала 5 января открытая генеральная репетиция, о впечатлениях которой мы находим в «Новом времени» обширную заметку, подписанную инициалами А. С. В этой заметке читаем, что «театр был так переполнен сверху донизу, что кто-то заметил, что ярусы могут упасть: так перегружены были ложи… Знаменитостей было так много, что они толкались, если можно так выразиться». К самой постановке автор подошел с точки зрения «русской души Мейерхольда».

Считая г. Мейерхольда, — пишет А. С. — человеком талантливым, я, однако, думаю, что ему не следовало поручать такой русской и такой сложной пьесы, как «Борис Годунов». Для постановки ее надо иметь русскую душу, надо инстинктом чувствовать многое и очень важное. Не говорю уже о том знании русской жизни и обычаев, которое не дается изучением.  Необходима русская красота в костюмах, в группах, в жестах, в походке. Всего этого мало у г. Мейерхольда. Он сделает хорошенькую вещь и любопытную, но едва ли осилит сложное задание. Поэтому постановка «Бориса Годунова» требует исправления. Первые картины, плач и проводы народа, выход Бориса, келья и корчма поставлены хорошо, но не особенно хорошо.

Особенно встретила возражение «Нового времени» одна из подробностей спектакля, а именно — то, что в первой картине московские приставы вынуждают народ падать на колени ударами треххвостых кнутьев. Но если А. С. по этому поводу лишь замечает, что «без этого орудия следовало бы обойтись, ибо сцена не может и не должна списывать жизнь, да кроме того кнут был в употреблении не у нас одних», то другой сотрудник газеты Суворина — знаменитый М. О. Меньшиков — в одном из своих «писем к ближним» уже дает волю своему «патриотическому» негодованию.

Откуда взял это г. Мейерхольд, которому, как слышно, г. Теляковский поручил «стилизацию» императорской сцены? — с пафосом восклицает Меньшиков и добавляет: — Я думаю, что г. Мейерхольд взял приставов из своей еврейской души, а не из Пушкина, у которого (в «Борисе Годунове») нет ни приставов, ни кнутьев. Может быть в самой действительности были и приставы, похожие на палачей, и кнутья, но неужели опера, неужели художественная драма вообще есть перенесение грязной действительности на сцену? Господину Мейерхольду или той кучке инородцев, в чьих руках императорская сцена, видимо хотелось с первой же картины подчеркнуть глубокое рабство, в котором (будто бы) пребывала древняя Россия, с первой же картины вывести тогдашнюю московскую полицию, потрясающую треххвостыми кнутьями…

В тонах такой же борьбы с утверждаемыми в качестве «евреев» Мейерхольдом и Фокиным и написано это «письмо к ближним», защищающее со всем погромным пылом «культуру» предков от инородцев императорской сцены, которые на взгляд Меньшикова возвеличивали поляков (полонез в «Борисе Годунове») и половцев (половецкие танцы в «Игоре») и, наоборот, уродовали русскую сторону.

Но если оставить в стороне эту специфическую критику, имеющую интерес с точки зрения «духа времени», то «Борис Годунов» не имел успеха и у критики чисто художественной.

Но что сделалось с Мейерхольдом? — спрашивает Александр Бенуа. — Почему читаем его имя на афишах? Или мы так ошиблись, принимая его за живого художника? Однако, нет, еще недавно мы могли любоваться его изобретательностью в «Дон Жуане», правда проявившуюся очень неуместно, но несомненно проявившуюся. Взамен того, в «Борисе» одна рутина, да еще самая стародавняя, дедовских времен. Ни одного подлинного движения в хоре и сплошная мертвечина во всем. Или г. Мейерхольд оробел, растерялся, имея дело с новой задачей и не имея возможности под контролем Шаляпина так же «смело» обратиться с Мусоргским, как он обратился с Мольером?

Также и С. М. (С. Маковский) в Летописи «Аполлона» отмечает, что в режиссерской части многое неприятно поражало недоделанностью, но С. М. объясняет это той спешкой, о которой мы говорили выше: «Причина тому — условие спешки, при которой ставилась опера (чуть ли не трехнедельный срок). Благодаря этой непонятной спешке, в которой, конечно, менее всего повинны Головин и Мейерхольд, пришлось отчасти пустить в ход бутафорию из других опер».

Оказало влияние на режиссерскую работу Мейерхольда и то, что ему фактически пришлось работать в условиях спектакля, не им задуманного. Вся работа художника была сделана в согласии с режиссером А. А. Саниным (для парижской постановки), и Мейерхольд мог проявить свое понимание оперы Мусоргского только в отдельных деталях. Одним из нововведений Мейерхольда по сравнению с Саниным была иная разработка толпы. В беседе с сотрудником «Биржевых ведомостей» Мейерхольд по этому поводу сказал следующее:

Санин в своей постановке индивидуализирует толпу, у него метод аналитический, у меня толпа делится не на индивидуумов, а по группам. Идут, например, поводыри с каликами перехожими — все они одна группа, публика должна их воспринять сразу, как нечто целое… Возьмите толпу бояр… Нужно ли расчленять ее на отдельных, непохожих один на другого бояр, когда они составляли одно целое раболепствующей челяди? Как только кто-нибудь возвышался над этой толпой, он непременно становился царем — Василий Шуйский, Годунов были редкие по характеру люди…

Мейерхольдовская трактовка толпы в «Борисе» обратила на себя внимание приехавшего в Россию в следующую зиму 1911 – 1912 гг. датского писателя Германа Банга. В беседе с сотрудником журнала «Студия» о постановке «Бориса» (ошибочно приписывая ее Шаляпину) Банг сказал: «Гениально. Особенно поразила меня ваша толпа. Странная она: мало подвижная какая-то и вместе с тем живая. Затем молчание оркестра в некоторых наиболее трагических и эффектных местах. Это нововведение чуждо западноевропейским сценах и по плечу лишь гению. Поразила меня инсценировка: много в ней действительного».

Независимо от своих художественных достоинств и недостатков, «Борис Годунов» в Мариинском театре вошел в историю совсем по другим причинам. На первом представлении его 6‑го января произошло из ряда вон выходящее событие, которое в сообщении «осведомительного бюро» было изложено следующим образом:

После пятой картины публика потребовала исполнения народного гимна. Занавес был поднят и участвующие с хором, во главе с солистом его величества Шаляпиным (исполнявшим роль Бориса Годунова), стоя на коленях и обратившись к царской ложе исполнили «Боже, царя храни». Многократно исполненный гимн был покрыт участвовавшими и публикой громким и долго не смолкавшим «ура». Его величество, приблизившись к барьеру царской ложи, милостиво кланялся публике, восторженно приветствовавшей императора криками «ура».

Коленопреклонение Шаляпина перед Николаем II вызвало целую общественную бурю. С одной стороны монархисты пытались всячески прославить «верноподданничество» Шаляпина, с другой стороны его поступок расценивался, как проявление «лакейства и холопства». Один из друзей Шаляпина, присяжный поверенный М. Ф. Волькенштейн, желая реабилитировать артиста, опубликовал его письмо, в котором Шаляпин, уехавший за границу, писал: «Я твердо решил в Россию более не возвращаться. Ты наверное и слышал, и видел, и читал каким нападкам я подвергался за 6‑е января. Я убедился, как сильно меня ненавидят, не знаю только, из зависти ли, или чего-нибудь другого. Мы знакомы с тобой шестнадцать лет, значит ты с точностью знаешь, живут ли в моей душе холопство и лакейство. Благодаря неустанным трудам, я добился того, что имею: я прославил несчастную мою родину во всех концах мира, неужели же я из личной выгоды способен подлизываться». Также в двух парижских газетах появилось письмо Шаляпина, в котором тот заявлял: «Я хочу восстановить, как было дело. На недавнем представлении “Бориса Годунова” в Мариинском театре, после третьего акта, в котором хор не участвует, когда я вышел на аплодисменты публики, выбежавшие на сцену хористы запели народный гимн и упали на колени. Крайне удивленный их появлением и не понимая, зачем они опустились на колени, потому что это вовсе не в обычаях нашей страны, я попытался уйти. Но в это время несколько хористов, обратившись ко мне со слезами, попросили меня поддержать их в их ходатайстве относительно улучшения их участи».