Когда в конце XII столетия создавался орден, резиденция магистра находилась в Акре, затем в 1230 г. была перенесена в замок Монфор, после падения Монфора в 1271 г. снова вернулась в Акру. С прекращением христианского присутствия в Палестине тевтонские магистры обосновались сначала в Венеции, затем в 1309 г. в Пруссии, в крепости Мариенбург, которую оставили в 1457 г., чтобы сделать своей резиденцией замок в Кенигсберге.
Магистр, как глава исполнительной власти внутри ордена, имел в своем распоряжении пять великих командоров, которые, помимо своих прямых обязанностей, исполняли обязанности членов Совета. Первый из великих командоров — великий командор (Grosskomur), был правой рукой магистра, при котором он состоял постоянно и осуществлял функции старейшины общины. Рангом ниже стоял маршал (Marschalt) — глава орденской армии под высочайшей властью магистра. Во время военных походов маршал отвечал за дисциплину и стратегию боевых действий; во время сражений маршал исполнял при магистре роль начальника штаба, ему помогал в этом один или несколько заместителей маршала. Был там и эконом (Trapier), который отвечал за все, что связано с одеждой, экипировкой, снабжением братьев, на котором также лежали бухгалтерские обязанности. У эконома в подчинении находился брат-госпитальер (Spittlel), который распределял милостыню и отвечал за деятельность странноприимных домов и больничных учреждений ордена; он находится в Эльбинге при самом крупном госпитале ордена в Пруссии. Наконец, казначей (Tressler) распределял доходы ордена и контролировал расходы.
Указания магистра исполнялись целой командой назначенных офицеров, при необходимости освобождаемых им от должности. В провинциях во главе командорств стоял великий командор (Grosskomtur), он и был хозяином провинции (Landmeisler) в Германии, что подтверждается его званием «немецкий хозяин» (Deutschmeister или Magister Germaniae). У Пруссии был особый статус: она зависела непосредственно от магистра, который там находился с 1309 г. В каждой провинции была своя администрация, осуществляющая управление. Заместителем великого командора был маршал, который командовал армией провинции во время крупных операций, требующих объединения военных сил ордена. Маршалы провинции подчинялись маршалу ордена. В каждую провинцию входили «региональные провинции» или округа (Ballei), разделенные, в свою очередь, на мелкие командорства — основу орденской организации.
Все командоры провинций и высокопоставленные лица ордена собирались для обсуждения вопросов на генеральном капитуле. Генеральный капитул был высшей властью внутри ордена, он играл роль законодательной власти наряду с великим магистром, который осуществлял исполнительную власть. Именно генеральный капитул отвечал за все нормативные вопросы внутри ордена, он рассматривал и утверждал все назначения. Наконец, капитул в некоторых случаях осуществлял судопроизводство. Магистр подавал предложения капитулу, который в большинстве случаев их утверждал. В противном случае обе стороны старались найти приемлемый для всех компромисс. Генеральный капитул пользовался широкой властью и далеко не малыми полномочиями: он мог, в рамках строго определенной процедуры, снимать с поста самого великого магистра, ежели последний не справлялся со своими обязанностями. Так произошло в 1293 г. со смещением магистра Герхарда фон Мальберга, а также в 1413 г., когда с согласием императора и папы магистр Генрих фон Плауен, избранный в 1410 г., был отстранен от должности. Условия смещения магистра были уточнены во время общего капитула 1297 г.: общий капитул имел право потребовать, чтобы магистр предстал перед ним в случае невыполнения своих прямых обязанностей или нарушения Устава, а в случае неявки после трех вызовов, магистр ipso facto отстранялся от должности.
Власть магистра и строгой административной иерархии распространялась на братьев ордена, которые делились на несколько категорий. Элита братьев ордена была представлена братьями-рыцарями (Ritter-bruder), обязательно благородного происхождения, которые подчинялись только магистру или его представителям. Долго спорили об обязательной принадлежности братьев-рыцарей к немецкой национальности. Тексты, которыми мы располагаем, этого не подтверждают. Булла папы Целестина II от 1143 г. указывает только на то, что настоятель монастыря ордена должен владеть немецким языком; что касается устава ордена, то он требует, чтобы братья-рыцари быть дворянами, подданными или вассалами Священной империи. В самой же Священной империи многие княжества не являлись немецкоязычными или не только немецкоязычными, например: Трентино, Богемия, Баруа и Лотарингия.
В отличие от того, что происходило в ордене тамплиеров, церемониал возведения в рыцари был идентичен церемониалу возведения в рыцарское достоинство монархом. Тевтонский рыцарь становился рыцарем в полной мере. Церемонии предшествовала, как и при возведении в рыцарское достоинство, ночь, проведенная в молитвах перед исповедью. В день посвящения кандидат в рыцари в окружении своих будущих пэров присутствовал на торжественной мессе. Затем магистр — чаще всего его представитель, магистр провинции или командор, действующий по поручению, — проводил обряд посвящения в рыцарское достоинство. Посвящаемый стоял на коленях перед своим магистром, который касался его плеча лезвием меча; затем ему вручалось освященное оружие. Отныне посвященный в рыцари входил в элиту ордена. Посвящение в рыцари, как правило, приурочивалось к большим религиозным праздникам: Рождеству Христову, Пасхе, Троице, а также празднику Св. Елизаветы Венгерской, покровительницы Тевтонского ордена.
Основная обязанность братьев-рыцарей внутри ордена заключалось в исполнении воинских обязанностей в тевтонской армии. Только им было разрешено носить длинные белые плащи с черным крестом на левом плече, эта привилегия была утверждена в 1230 г. папой Григорием IX.
В иерархии ордена братья-священники стояли сразу после рыцарей. Братья-священники были заняты исключительно религиозной деятельностью; они обеспечивали богослужения в учреждениях ордена и их миссиях, в завоеванных странах обращали в христианство народы и обеспечивали там постройку церквей и часовен. Братья-священники воспитывали и обучали других братьев. Как это происходило во всех монастырях той эпохи, они сохраняли и переписывали древние рукописи, делали копии Священного Писания в скрипториях. Некоторые братья-священники были администраторами или секретарями великих командоров или командоров провинции.
Промежуточная категория в иерархии братьев появилась в XIII столетии в Святой земле; речь идет о братьях-служителях (Sariantbruder). Они принимали участие в военных операциях вместе с рыцарями, но пользовались более легким вооружением. У них не было всех привилегий рыцарей, они не имели права носить белый плащ. Однако существует предположение, что эти братья играли довольно значимую роль в XIII столетии, но после ухода ордена из Палестины в документах отсутствуют упоминания о них.
Последняя категория братьев — светские братья (Laienbruder), незнатного происхождения, которые были заняты сельскохозяйственной деятельностью и ремеслами, столь необходимыми для удовлетворения потребностей других братьев; они были сельскохозяйственными рабочими, садовниками, кузнецами, шорниками, оружейниками. Их часто называли «сводными братьями» (Graumantler) или «братьями в серых плащах», что подчеркивало их статус. Тем не менее, эти братья были обязаны придерживаться правил ордена и нести те же обязанности, что и другие братья. Уместно упомянуть, что внутри ордена существовала община, в которой состояли монахини. Упоминается о «тевтонских сестрах» в Утрехте, Буне в 1271 г. и Схотоне в 1299 г. Существовало два женских монастыря: один в Берне и другой во Франкфурте-на-Майне, созданных в середине XIV столетия по инициативе знатных девушек. Но нет сведений о существовании «тевтонских сестер» ни в Пруссии, ни в Ливонии.