Сопротивление крестьянства политике белой власти, требовавшей обременительных повинностей и мобилизаций, ограниченность людских и материальных ресурсов слабозаселённого края вынуждали Колчака возложить тяжесть военной экономики на население, прежде всего, сельское. Принуждение сопровождалось суровыми репрессиями, включая массовые порки. Во время подавления восстаний и партизанских выступлений было много бессудных убийств, повальных грабежей, сжигания целых деревень и прочих крайних эксцессов. Большой жестокостью отличался и режим содержания политических заключённых, значительная часть которых погибла от голода в тюремных поездах — так называемых «эшелонах смерти».

Известно, что колчаковское правительство фактически не контролировало целый ряд крупных воинских частей, практиковавших особенно беспощадный террор. В Казахстане и на Алтае бесчинствовал каратель Б.В. Анненков. Забайкалье контролировал бравировавший своей независимостью атаман Г.М. Семёнов, в Даурии ужас на население наводил барон Р.Ф. Унгерн.

Вопрос о количестве жертв белого террора до сих пор остается открытым. Жесточайшими репрессиями анненковцев было отмечено подавление восстаний на Алтае, много врагов Колчака погибло от рук белых в Енисейской губернии. Как сообщала советская пресса, в июне 1920 г. под Ханском было раскопано захоронение более 400 расстрелянных и зарубленных крестьян, рабочих и повстанцев; В своём докладе в Сиббюро ЦК РКП(б) курьер-разведчик Д.Д. Киселёв, проехавший через весь край весной 1919 г., писал: «Бессудные казни, массовые порки и утопление в проруби — бытовые явления в Сибири»[34].

Есть сведения, что только на ст. Черепаново Алтайской железной дороги, куда из окрестных деревень свозили арестованных сторонников советской власти, белые расстреляли до 200 чел. Но, например, в Новониколаевском уезде жертв было относительно немного, что явно связано с умеренным сопротивлением мероприятиям колчаковской власти в этой части Томской губернии. Отчёты волостей Новониколаевского уезда в местный отдел управления показывают, что от рук белых в 1918–1919 г. погибло несколько более 300 чел. В 12 волостях жертв не было вообще. Массовые порки населения были зафиксированы в нескольких волостях: в Каргатской телесным наказаниям подверглись 700 чел., Сумланской и Чаусской — по 200, Миргородской — 150, Дергоусовской — 105, Ярковской — 100. Сожжение домов фиксировалось в единичных случаях[35].

При этом следует отметить, что при отступлении из Томской губернии белые уничтожили большую часть политзаключённых и часть уголовников, находившихся в тюрьмах Каинска и Новониколаевска. Так, в январе 1920 г. одна из газет сообщала, что на ст. Барабинск лежат непогребёнными 256 трупов жертв, зарубленных колчаковцами, большинство из них в кандалах. При «зачистке» новониколаевской тюрьмы и подавлении восстания Барабинского полка в конце 1919 г. были зверски убиты 104 противника колчаковской власти и 15 уголовников. В декабре 1919 г., когда узники Александровского централа в Иркутской губернии подняли восстание, их оказалось убито 192 чел., и ещё 9 — расстреляно позднее[36].

Красный террор в Сибири разворачивался одновременно с белым. В течение 1918–1919 гг. партизаны беспощадно расправлялись со сторонниками колчаковской власти (деревенскими дружинниками, охранявшими порядок в сёлах, чиновниками, священниками, богатыми крестьянами и пр.), пускали под откос пассажирские поезда, а в период беспорядочной эвакуации на восток колчаковских войск и беженцев грабили застрявшие эшелоны и истребляли замерзавших и больных тифом как военных, так и гражданских. В конце 1919 г. свою лепту в бессудные расправы внесли наступавшие армейские части и их особые отделы.

В партизанском движении в Сибири в конце 1919 — начале 1920 гг. принимало участие свыше 100 тыс. чел. Жертвами повсеместного партизанского террора, не менее (если не более) жестокого, чем белый террор, стали многие тысячи людей. Расправы над пленными, заложниками, а также всеми, кто противился партизанскому мародёрству, были нормой. В антиколчаковском повстанческом движении оказалось много уголовного элемента, а часть отрядов имела откровенно грабительский характер.

В декабре 1919 г. партизанский отряд Г.Ф. Рогова захватил трёхтысячный Кузнецк (Новокузнецк) и учинил страшный погром города, вырезав около трети населения и изнасиловав большую часть женщин. Цифра в 800 погибших, приведённая в одной из чекистских сводок, вероятно, близка к истине, но следует учитывать и прозвучавшую на губсъезде представителей ревкомов и парткомов информацию председателя Кузнецкого ревкома: «было вырезано до 1.400 человек, главным образом, буржуазии и служащих».

Красноречивый рассказ видного кузнецкого краеведа Д.Т. Ярославцева о роговском погроме опубликовал в 1926 г. писатель М.А. Кравков: «Иду я мимо двора какого-то склада. Ворота настежь, на снегу лужа крови и трупы. И в очереди, в хвост, стоят на дворе семь или восемь человек — все голые и ждут! По одному подходят к трём-четырём роговцам. Подошедшего хватают, порют нагайками, а потом зарубают. И тихо, Знаете, всё это происходило, и человек начинал кричать только тогда, когда его уже били или принимались рубить…».

Помимо отрубания голов, роговцы четвертовали, распиливали, сжигали живьём. Сибирский писатель В.Я. Зазубрин в 1925 г. встретился с партизаном Ф.А. Волковым, который согласился передать в новониколаевский краеведческий музей «на историческую память» ту самую двуручную пилу, которой он вместе с женой казнил приговорённых. Председатель Кузнецкого Река Дудин на зазубринской записи рассказа Волкова начертал: «Факт распилки колчаковских милиционеров Миляева и Петрова общеизвестен и в особых подтверждениях не нуждается».

Роговские погромы Кузнецка и Щегловска (Кемерова) выделяются на фоне партизанских бесчинств. Но следует отметить, что, например, о заслугах оперировавшего в Ачинском уезде партизанского вожака М.X. Перевалова бывший председатель Енисейской губчека И.Г. Фридман говорил, что тот способен «не моргнув, вырезать 600, на его взгляд, контрреволюционеров»[37].

Изощрённые пытки, а также массовые убийства пленников и деревенских «буржуев» практиковались в большом — порядка 300 бойцов — алтайском отряде М.3. Белокобыльского. Как вспоминал один из партизан, «отряд его был чисто грабительский, к нему попали отъявленные воры, уголовные, которые окружили его, но боевые были, положили тысячу голов, если не больше… Белокобыльский грабленое себе не брал, но массу такую удержать один не мог». Партизанский вожак И.Я. Огородников во время поисков штаба Белокобыльского в Старой Тарабе увидел в этом селе «три воза трупов на простых дровнях… человек так до десяти на возу… все были нагие, обезображены… обрезаны носы, уши, выколоты глаза, тела вспороты нагайкой». В декабре 1919 г. разъярённые огромными потерями при 18-суточном штурме хорошо укреплённого с. Тогул (там оборонялись до 250 солдат и 500 дружинников) отрядники Белокобыльского и других вожаков зарубили около 350 пленных, после чего штыками загнали в огромный костёр дюжину священнослужителей[38].

Алтайские партизаны в массовом порядке истребляли лояльных властям зажиточных казаков. 3 сентября 1919 г. партизаны М. Назарова зарубили 116 казаков, взятых в заложники после сдачи центральной на Бийской казачьей линии станицы Чарышской; уничтожению подверглись также маральевские и слюденские казаки-заложники. Из оставшихся 228 пленников, втиснутых в нарочито маленькое помещение, в течение ночи задохнулось 50 чел. Всего партизанами с исключительной жестокостью было разгромлено 10 из 19 населённых пунктов Бийской линии, что предопределило ответный террор со стороны казаков[39]. Общими для действий партизан были повальное ограбление сельского населения (особенно нерусского), насилия над женщинами, погромы церквей.