После Симферополя Костомаров съездил в Бахчисарай, осмотрел тамошний ханский дворец. Николая Ивановича «в особенности пленил огромный зал с тремя фонтанами, из которых один был знаменитый „Фонтан слез“, воспетый Пушкиным. Рядом с этим залом – павильон из разноцветных стекол с большим фонтаном посредине, а из павильона – выход к каменному бассейну, куда втекала чрезвычайно холодная вода из двух фонтанов, устроенных один против другого на противоположных краях бассейна». Костомаров с удовольствием выкупался в этом бассейне, бывшем некогда ханской купальней. В Бахчисарае он познакомился с одним греком, занимавшим должность учителя и смотрителя в уездном училище, вместе с которым совершил путешествие верхом в Чуфут-Кале. Двухдневное пребывание в Бахчисарае оставило следы в литературном творчестве Костомарова: он написал несколько малорусских стихотворений, из них некоторые были напечатаны в «Молодике» И. Бецкого.
Возвратившись снова в Симферополь, Костомаров поехал оттуда в Керчь, здесь с любопытством осматривал боспорские могилы и музей. Керченские могилы с их останками сильно захватили его воображение: он написал по-малорусски стихотворение, напечатанное впоследствии в «Молодике» Бецкого. «Я изобразил блуждающую тень одного из боспорских царей, которого прах выбросили из могилы древнеискатели, и тень не находит себе покоя, что представлено сообразно известному античному верованию о беспокойном блуждании умерших, лишенных места упокоения. Случайно познакомившись в Керчи с тамошними обывателями, я услыхал возмутительные вещи о злоупотреблениях, совершавшихся при раскопке керченских курганов. Так, например, рассказывали, что, раскопавши „Золотой курган“, они, не выбравши из него всех вещей, оставили на ночь без караула, и толпа жителей, проведавши это, бросилась туда и разграбила сокровища, которые не успели прежде вынести археологи».
Из Керчи Костомаров поплыл пароходом до Таганрога, где оставались его лошади, и поехал сухопутьем в свое имение, из которого вскоре опять выехал в Харьков.
По приезде в Харьков он узнал, что его диссертация утверждена первым отделением философского факультета, но не всеми его членами. Ее не нашли достойной Гулак-Артемовский и профессор Протопопов. Первый из них находил, что само заглавие ее по близости к современным событиям не должно служить предметом для ученой диссертации; но так как большинство членов утвердили ее, то она была признана и Костомаров начал ее печатать.
Тогда же Николай Иванович сблизился с целым кружком молодых людей, так же, как и он, преданных идее возрождения малорусского языка и литературы; то были: «Корсун, молодой человек, воспитанник Харьковского университета, родом из Таганрога, сын довольно зажиточного помещика; Петренко, бедный студент, уроженец Изюмского уезда, молодой человек меланхолического характера, в своих стихах почти всегда обращавшийся к своей родине и своим семейным отношениям; Щоголев, студент университета, молодой человек с большим поэтическим талантом, его живое воображение чаще всего уносилось в старую средневековую жизнь; Кореницкий, сельский дьякон. Наконец, семинарист Писарев, сын священника, уже писавший по-малорусски и издавший драму „Купала на Ивана“; этот молодой человек владел хорошо языком. Стих его был правилен и звучен, но большого творческого таланта он не показывал».
В журнале «Молодик» Костомаров поместил перевод нескольких «Еврейских мелодий Байрона» и трагедию «Переяславська нiч», написанную пятистопным ямбом без рифм, без разделения на действия, с введением хора, что придавало ей вид подражания древней греческой трагедии.
В тот же период он пишет ряд новых повестей. «Одна из этих предполагаемых повестей – „Сердешна Оксана“ – явилась в альманахе „Ластивка“, напечатанном Гребенкою в Петербурге; другая – „Покоти-поле“ отдана была Бецкому, а третья – „Божьи диты“ напечатана в переводе в „Современнике“, а по-малорусски никогда не выходила».
Костомаров имел круг и других близких знакомых. «И. И. Срезневского долго не было в Харькове: он был за границей, куда отправился для изучения славянских языков; из других близких мне личностей, принадлежавших к университетскому кругу, я вспомню профессора Александра Петровича Рославского-Петровского, с которым я проживал несколько лет на одной квартире и держал с ним общий стол. В то время он читал статистику, уже после моего отъезда из Харькова был несколько времени ректором, скончался не в очень старых летах. Это был человек с большою начитанностью, огромною памятью, но ленивый, рассеянный и преданный карточной игре, зато очень добросовестный и правдивый. Как профессор он не пользовался большим уважением. Прежде постоянно споривший со мною против моих идей об украинской литературе, он наконец поддался той же идее, стал писать малорусские стихи и напечатал их под псевдонимом Амвросия Могилы, назвавши свой сборник „Думки и писни та ще дещо“. Стихи его казались хорошими, плавными, но творческого таланта за ним не признавали. К таким же близким знакомым можно отнести Поликарпа Васильевича Тихоновича, бывшего тогда учителем латинского языка в Первой гимназии, человека трудолюбивого, отлично знающего как латинскую, так и греческую словесность, и прекрасного педагога. Он был со мною постоянно дружен, но оставался совершенно холоден к украинской народности и, занятый своим античным миром, как будто ни во что не ставил все современное. Это был классик в буквальном смысле этого слова. Впоследствии он был профессором и в университете».
Между тем приближался день защиты Костомаровым диссертации. Накануне на стене университета появляется объявление, в котором говорится, что по непредвиденным обстоятельствам защита диссертации Костомарова откладывается на неопределенное время. Декан факультета на вопрос Николая Ивановича об этом сообщил ему, будто архиерей Иннокентий написал какую-то бумагу помощнику попечителя учебного округа, в которой предлагает остановить защиту диссертации Костомаровым до получения разрешения от министра просвещения. Так как тогдашний попечитель учебного округа граф Головкин был очень стар и не занимался этими делами, то все управление делами округа находилось в руках его помощника князя Цертелева. Николай Иванович отправился к нему и узнал, что действительно архиерей Иннокентий сделал такое заявление. «Я обратился к Иннокентию. Архиерей сказал мне, что он не имеет против меня ничего в цензурном отношении, а только готовится оспаривать меня дискуссионным образом. Я увидел в словах архиерея неискренность».
Прошло между тем более месяца; Костомарова известили, что министр народного просвещения, которым был тогда граф Сергей Семенович уваров, прислал подготовленную профессором М. Устряловым рецензию на диссертацию Николая Ивановича и вместе с ней предписание уничтожить все экземпляры, которые были напечатаны, а Костомарову позволить писать иную диссертацию. Так как, кроме профессоров и близких знакомых, он не успел ее пустить в публичную продажу, то ему поручили самому объездить всех тех, у кого находилась или могла найтись эта диссертация, отобрать все экземпляры и представить в Совет университета для сожжения. Все это он сделал; но большая часть профессоров, к которым Николай Иванович ездил, отговорились неимением у себя экземпляров под разными предлогами, и вместо ста экземпляров, которые были розданы, Костомарову удалось возвратить в правление менее двадцати. Все возвращенные экземпляры были преданы огню. «Я был в полной уверенности, что все это дело Иннокентия, и в такой уверенности оставался очень долго; в Петербурге же в шестидесятых годах мне говорили занимавшиеся архивными делами в министерстве Уварова, что не Иннокентий был причиною сожжения моей диссертации, а один из харьковских профессоров, пославший на меня извет министру. Однако из биографии архиерея Иннокентия, напечатанной в „Русской старине“ 1878 года, следует главное участие преосвященного Иннокентия в тогдашнем задержании моей диссертации. Будучи в то время убежденным в виновности архиерея Иннокентия, я, однако, не прекратил с ним знакомства; он говорил мне, что нимало не причастен в этом деле, был со мною постоянно ласков и приглашал к себе. Так было до моего выезда из Харькова».