Так церковная власть, царская цензура и правительственные чиновники пришли к выводу о том, что представленное к защите исследование Н. Костомарова недостойно ученой степени как по характеру избранной темы, так и по причине широко приводимого фактического материала о безнравственности православного духовенства, тяжелых поборах с народных масс, а главное – о восстаниях крестьян и казаков.
Весной 1843 года Н. Костомаров подал в Харьковский университет новую научную работу – первую в Украине историко-этнографическую диссертацию «Об историческом значении русской народной поэзии», которую защитил 13 января 1844 года, несмотря на сопротивление части консервативной профессуры. На защите присутствовал и друг Николая Ивановича А. Корсун, который вспоминал: «Архиерей Иннокентий обратился к ректору П. Гулак-Артемовскому: „Вы, Петр Петрович, пожалуйста, воспитывайте молодых в духе уважения старших ученых, таких как Карамзин. А то, смотрите, на такой-то странице Н. Костомаров опровергает Карамзина“. На это ректор ответил: „На каждого мудреца достаточно простоты, ваше высокопреосвященство; только Бог без греха, а Карамзин – человек“. На этом разговор и закончился. Николая Ивановича поздравили, он был утвержден в степени магистра».
А вот как на это реагировал сам Николай Иванович: «Диссертация моя была рассмотрена, одобрена и зимою напечатана. По ее поводу я сошелся с профессором М. Луниным; хотя прежде я часто слушал его на лекциях и глубоко уважал, но должным образом не был с ним знаком. Теперь меня свело с ним то, что моя диссертация ему особенно понравилась и он вполне сочувствовал моей мысли о введении народного элемента в науку истории. Как человек с европейским образованием, он способен был смотреть шире других ученых мужей старого закала. День защиты моей диссертации назначен был 13 января 1844 года. Моими оппонентами были профессора Якимов и Срезневский. Они потребовали от меня доказать, что здесь есть какая-нибудь поэзия. Прежде чем я собрался отвечать им, Лунин засмеялся и сказал: „Это равно, если бы рассечь человека по частям и потребовать, чтобы показали, где у него душа; ни в ноге, ни в руке, ни в ухе, ни в носу нету, а весь человек живой – с душою“. По окончании защиты меня провозгласили получившим степень магистра исторических наук. В общественном мнении, моя диссертация получила сочувственный отзыв только в одном „Москвитянине“, в статье, написанной Срезневским; в других журналах – „Библиотеке для чтения“ и „Отечественных записках“ – ее приняли не так ласково. В „Библиотеке для чтения“, которою заправлял тогда Сенковский, мои мнения о важности народной поэзии для историка подали только возможность поглумиться и позабавиться над моей книгою. Впрочем, замечательно, что тот же Белинский, еще в 1839 году разбирая в „Отечественных записках“ моего „Савву Чалого“ и „Украинские баллады“, признал за мною несомненный талант».
Во второй диссертации Н. И. Костомаров провел, как он выразился, «свою задушевную мысль об изучении истории на основании народных памятников и знакомства с народом», обращения к жизни народа в ее многообразии, тем самим поставив одной из первых в то время в украинской историографии новую актуальнейшую проблему, заняв в науке свое отдельное место. «…История скользила только по дворцам да армиям, нацией признавались одни привилегированные классы и никто не считал нужным знать, – отмечал Н. И. Костомаров, – как говорит, чувствует, думает, живет народная масса».
В течение 1842–1843 годов, не имея достаточных средств, кроме написания диссертации и научных занятий, Николай Иванович работал помощником инспектора студентов Харьковского университета и был представлен к чину коллежского секретаря. В этой новой должности Николаю Ивановичу пришлось проявить и свои личные качества: решительность, открытость, честность, нетерпимость к лицемерию. Так, однажды к нему, как к помощнику инспектора, обратился священник местной церкви с требованием утихомирить студентов, которые устроили громкую овацию своей любимой актрисе Протасовой во время обряда ее венчания. Николай Иванович отказался прибыть на место события и выполнять роль полицейского и осведомителя, не страшась получить взыскание от университетского начальства.
В это же время Н. Костомаров пытался обзавестись семьей и устроить свою личную жизнь. Но богиня любви Афродита не дала своего благословения. Его сватанье завершилось дуэлью с каким-то офицером, который отбил у него невесту. Этот инцидент послужил поводом к отставке с занимаемой должности. Как иронично отметил сам Костомаров: «Разве возможно было доверить воспитание студентов такому горячему господину!»
Прослужив в должности помощника инспектора студентов в Харьковском университете с августа 1842-го по апрель 1843 года, Н. И. Костомаров, осознав свою неспособность к выполнению некоторых обязанностей по данной должности, подал в отставку.
В мае 1843 года он приступил к работе над историей времен Б. Хмельницкого и уже в третьей книге И. Бецкого «Молодик» (1843) опубликовал свои первые исторические опыты: «Русско-польские вельможи. 1. Князья Острожские» и «Первые войны малороссийских казаков с поляками». В этом же сборнике он выступил с критической статьей «Обзор сочинений, писанных на малороссийском языке», в которой высказал важное для своего времени мнение о деятельном участии различных народов России в преобразовании литературы.
После увольнения из университета Н. Костомаров отказался от должности преподавателя в Орле и начал преподавать русскую историю в мужском пансионе Зимницкого.
Этот период харьковской жизни ученый считает одним из наиболее плодотворных. Именно в это время он знакомится со знаменитыми ныне казацкими летописями Величко, Самовидца, Грабянки и многими другими важнейшими памятниками украинской истории казацкого времени, большинство которых потом было издано им и его единомышленниками (И. И. Срезневским, О. М. Бодянским и др.).
Из огромной массы собранных им источников медленно вырастал его «Богдан Хмельницкий» – эпопея мощного народного движения против иноверных угнетателей, народной войны «за волю». Желая более глубоко изучить период Хмельницкого, ученый изыскивает возможности для получения места преподавателя в Киевском учебном округе.
В РОВНО
После защиты диссертации работа над историей Богдана Хмельницкого настолько увлекла Костомарова, что вызвала в нем сильное желание побывать в тех местах, где происходили описываемые им события. С этой целью он обратился к князю Цертелеву с просьбою ходатайствовать перед попечителем Киевского учебного округа о возможности получения им места в Киевском учебном округе.
По этой просьбе в конце сентября 1844 года князь Цертелев известил Костомарова, что киевский попечитель предлагает ему взять на первых порах должность учителя истории в Ровенской гимназии и для этого предлагает Костомарову приехать в Киев. Седьмого октября вечером Костомаров выехал из Харькова на почтовых, провожаемый матерью и толпою харьковских знакомых. По прибытии в Киев он явился к попечителю Давыдову, но тот на его объяснение о приглашении сказал, что ничего об этом не знает, и поручил обратиться к его помощнику М. Юзефовичу Николай Иванович отправился к последнему. Помощник попечителя Киевского учебного округа М. Юзефович принял его радушно, говорил, что читал диссертацию Костомарова, наговорил по ее поводу множество комплиментов и подтвердил его назначение учителем гимназии в Ровно, где свободное от преподавания время он может посвятить обзору исторических местностей и памятников местной истории. Во время этого посещения вошел молодой человек, которого Юзефович познакомил с Костомаровым. Это был Пантелеймон Александрович Кулиш. Так состоялось первое знакомство будущих единомышленников. Кроме П. Кулиша, в этот приезд в Киев Н. И. Костомаров впервые встретился и лично познакомился с М. А. Максимовичем и другими известными литераторами и учеными, осмотрел разные киевские достопримечательности. Он высоко ценил вклад М. А. Максимовича в развитие украинской историографии и фольклористики, отмечал, что этот учений первым «расчистил тропу, по которой вслед за ним пошли другие, превращая эту тропу в торную дорогу». Вот как это описывает сам Костомаров: «С Кулишом разговор зашел об источниках малорусской истории, и мы обоюдно с удовольствием узнали, что нам обоим были знакомы одни и те же источники. Выходя от Юзефовича вместе с Кулишом, я отправился в соборную церковь Святой Софии. Походивши в Софиевском соборе, я отправился к Кулишу, который занимал тогда должность смотрителя уездного училища на подоле. Когда мы заговорили о собрании песен, Кулиш вынул огромный ворох бумаг: то было его собрание народных песен. Сам я в ожидании подорожной и подъемных денег для следования в Ровно поселился на подоле у какого-то мещанина, неподалеку от Братства. С тех пор я виделся с Кулишом почти каждый день; мы ходили с ним по Киеву и осматривали разные киевские достопримечательности; он же познакомил меня с М. А. Максимовичем, жившим в Старом городе».