В феврале 1920 года в Украине начались вооруженные выступления крестьян против реквизиции и насилия, учиненных красными частями. Большевики планировали не только отобрать у украинского крестьянства 600 млн пудов хлеба в качестве продразверстки – они наложили свою лапу на самостоятельные крестьянские организации, пытаясь путем насилия утвердить свое господство в украинском селе.
К середине февраля 1920 года о Махно и его армии не было никаких сообщений. Возле тяжелобольного Махно остались несколько командиров и охрана. Красные части, которые сновали по махновским селам, нигде не находили повстанческих отрядов. Складывалось впечатление, что украинское село наконец покорилось, а повстанцы превратились в мирных хлебопашцев. Но 2 февраля 1920 года возле с. Успеновка 20 махновцев взяли в плен 100 красноармейцев, а 4 февраля Махно на несколько дней захватил Гуляйполе, которое накануне оставили основные силы красных карателей. В Гуляйполе Махно удалось напечатать несколько тысяч листовок, в которых он снова призвал крестьян к борьбе против большевиков. Крестьянам предлагалось создавать тайные отряды в каждом селе и готовиться к всеобщему восстанию.
6 февраля 1920 года командующий Юго-западным фронтом издал приказ по Эстонской дивизии: в кратчайший срок задавить махновцев «до полного уничтожения и стереть населенные пункты с лица земли». 8 февраля кавполк 42-й дивизии неожиданно напал на Гуляйполе и окружил махновский штаб. Махно сумел вырваться из окружения вместе с 50 всадниками, большая же часть его отряда была разгромлена. Батько с оставшимися в живых бойцами ворвался в Царевоконстантиновск, где разоружил роту красных и расстрелял всех пленных коммунистов. На протяжении последующих 10 дней махновцы гуляли по степи, пуская под откос эшелоны, уничтожая продотряды и красных агитаторов. Узнав, что в Пологах находится центр снабжения 42-й дивизии, махновцы напали на эту станцию, захватив 12 пушек и 10 пулеметов.
В это время группами по 10–20 человек к Махно начали примыкать его бывшие товарищи-повстанцы. Когда у Махно набралось 150 бойцов, махновцы вновь захватили Гуляйполе, взяв в плен 300 красноармейцев. Там же Махно начал формировать свою армию в составе 3 полков пехоты, полка кавалерии и пулеметного полка. Но вскоре на Гуляйполе напал усиленный кавалерийский полк красных. В первые минуты боя красные захватили махновский штаб в центре села и убили штабистов и брата Нестора – Савву (начальника снабжения армии), что дезорганизовало оборону. К тому же красные снова захватили всю махновскую артиллерию и канцелярию.
Когда продотряды добрались до отдаленных степных сел, настроение крестьянства вновь качнулось в сторону вооруженной борьбы против «совдепии». 1 марта махновцы выбили из Гуляйполя красный полк и стали хозяевами в селе. Махно принялся восстанавливать систему «свободных советов», однако приток крестьян в повстанческое войско был незначительным. В отряде Махно собралось около 1,5 тыс. повстанцев. 4 марта красные попытались овладеть ст. Гуляйполе, но их атака была отбита, хотя несколько полков Эстонской дивизии были разгромлены. Вскоре на махновцев были направлены части Латышской и 41-й дивизий, а также отдельный кавалерийский полк. 12 марта махновцев снова выбили из Гуляйполя. Но уже 20 марта Махно предпринял новое нападение на Гуляйполе. Через два дня он был выбит оттуда особой кавдивизией, специально созданной для борьбы против махновцев. Эта дивизия и несколько бригад 42-й дивизии закрепились в Гуляйполе, заблокировав базовый махновский район.
В апреле отряд Махно осуществил рейд в направлении Новомосковск – Павлоград. Махновцы уничтожали продотрядовцев, комиссаров, коммунистов. 24 апреля Махно занял Гуляйполе, вытеснив оттуда конницу 14-й дивизии. В конце апреля 1-я Конная армия перебрасывалась с Кавказского фронта на Польский для того, чтобы остановить продвижение польского войска. Перед ее командованием была поставлена задача: во время марша через махновский район полностью уничтожить повстанческое движение. 29 апреля 14-я кавдивизия, окружив Гуляйполе, выбила оттуда махновцев. На следующий день махновцы, очутившись в полосе передвижения маршевых рот буденновцев, выдержали бой с частями 4-й и 6-й кавдивизий. Однако 1-я Конная так и не выполнила своей задачи, поскольку ее части стремились уклоняться от карательных акций, а Махно без труда уходил от ударов. В начале мая батько направился в район Новоспасовки, где возродилась махновская Азовская группа Удовиченко. После присоединения к Махно (1200 повстанцев, 50 пулеметов, 3 пушки) 500 новоспасовцев было решено форсировать восстановление Повстанческой армии. 12 мая, разгромив полк красных, махновцы заняли Гуляйполе, где взяли в плен часть бригады 42-й дивизии. Несколько сотен пленных красноармейцев выразили желание перейти к Махно, и за несколько дней Повстанческая армия выросла до 3 тыс. человек. Махновский штаб принял решение напасть на буденновцев, рассчитывая захватить богатые трофеи и привлечь в свою армию пленных. 14 мая махновцы нанесли удар по штабу 6-й кавдивизий, который стоял возле Новой Успеновки. В начале сражения махновцы захватили штаб, много пленных, армейскую кассу. Однако они замешкались, разбирая трофейный обоз. Тем временем буденновцы силами нескольких бригад окружили пехоту Махно, которая сосредоточилась возле трофеев, и силами 5 тыс. сабель ударили по махновской коннице. Махно потерпел страшное поражение, потеряв убитыми и пленными до 2,5 тыс. повстанцев, все 12 пушек и 50 пулеметов. Все, что батько собирал на протяжении трех месяцев, было уничтожено. Повстанческая армия вновь прекратила свое существование. С Махно осталось всего 300 повстанцев. Батько решил оставить район пребывания 1-й Конной и двигаться на север, стремясь соединиться с маневренными отрядами махновцев. Вскоре к Махно присоединились отряды Кожи и Москалевского (700 сабель).
23 мая махновцы на несколько часов захватили Гуляйполе. Махновская армия вновь выросла до 3 тыс. бойцов и курсировала вблизи от Гришино и Изюмских лесов, поэтому перед красными частями была поставлена задача до 15 июня ликвидировать махновское движение. Командование Красной армией и Совет Народных Комиссаров УССР приказывали войсковым частям сжигать или уничтожать артиллерийским огнем восставшие села, а махновцев «истреблять, как диких зверей». Села, которые отказывались принимать большевистских «назначенцев» и создавать ревкомы, рассматривались как «бандитские гнезда Махно» со всеми вытекающими последствиями. Тактика Дзержинского в борьбе с махновцами сводилась к окружению махновских отрядов значительными силами и разгрому повстанцев отдельными ударами.
Ввиду большого количества отдельных махновских отрядов, в начале лета 1920 года у Махно было около 10 тыс. бойцов. 6 июня махновцы, пройдя через Павлоградский и Новомосковский уезды, вернулись на Гуляйполыцину. 11 июня Махно захватил Гуляйполе и расширил свою власть на близлежащие села и хутора. Для управления обновленным «свободным районом» был восстановлен совет повстанцев (председатель – Н. Махно). Было решено развернуть процесс восстановления Повстанческой армии и силой вынудить большевиков признать независимость «свободного района».
15 июня 4 тыс. красных окружили Гуляйполе, к местечку также направлялись 6 тыс. бойцов 42-й дивизии, однако они опоздали к началу операции. Махновцы в первом же бою наголову разгромили красных. Захватив в плен часть бойцов Чаплинской и Гайчурской групп красных, Махно напал на 42-ю дивизию и обратил ее в бегство. Во второй половине июня махновцы сражались за «свободный район» против 42-й и 96-й дивизий, а также 1-го конного корпуса красных. Разделившись на три большие группы, Повстанческая армия атаковала Юзовку и Гришино. Задачей 42-й дивизии и конной красной бригады было не допустить махновцев в район Донбасса. Но части 42-й дивизии имели плохую связь, недостаточную выучку, слабых командиров и часто спасались от махновцев бегством. 42-я дивизия была наголову разбита махновцами. Около тысячи бойцов дивизии перешли в состав Повстанческой армии. Многих пленных махновцы отпускали «на все четыре стороны», и, возвращаясь в свои части, эти бойцы рассказывали о прелестях махновского плена, делая вывод, что лучше попасть в плен, чем быть порубанными повстанцами. В это время был образован новый орган Повстанческой армии – Комиссия антимахновских дел. Эта комиссия могла приговорить к смерти «без рассмотрения дела».