Последние месяцы работы Первой Думы отмечены были некоторым спадом, хотя Набокову и приходилось еще иногда выступать. Он выступил против еврейских погромов и в защиту закона, запрещающего смертную казнь (закон этот был принят Думой). Борьба против смертной казни проходит через всю жизнь В.Д. Набокова: его последняя статья, написанная по-английски и отданная в журнал накануне гибели, тоже была посвящена этой проблеме.
Министр финансов Коковцов вспоминает в мемуарах, что император Николай II показывал ему список «министрабельных», с точки зрения его окружения, лиц, и в списке этом, где большинство составляли члены кадетской партии, против графы «министр юстиции» стояло имя Набокова. Список был составлен умеренным октябристом и представлен царю Треповым. Царь не мог ни на что решиться, а когда газета «Таймс» (со слов Трепова) предала этот список гласности, царь вернул его Трепову. Можно только гадать (а сейчас, вероятно, самое время для таких гаданий), как повернулись бы события, если б у правительства еще в ту пору появилось либеральное министерство…
Когда в июле 1906 года правительство в нарушение конституции распустило Первую Думу, В.Д. Набоков вместе с двумя сотнями депутатов отправился в Выборг протестовать против роспуска Думы.
Гессен не без удивления вспоминает, как провожал бунтаря Набокова в Финляндию: первым пришел к поезду камердинер Владимира Дмитриевича, принес сельтерскую воду и корзину с фруктами от Елисеева, поставил на столик фотографию Елены, навел порядок в купе…
Из Выборга депутаты обратились к населению страны с призывом отказаться от уплаты налогов и прохождения воинской повинности в знак протеста против роспуска Думы. Как и все, кто поставил подпись под этим, так называемым «Выборгским воззванием», — а В.Д. Набоков был к тому же одним из его авторов, — он был привлечен к суду и лишен права баллотироваться на выборах во Вторую Думу.
«Похоже, что все наши труды за последние два года похоронены, — писал тогда В. Д. Набоков брату Константину, — и надо все начинать сначала. Мы оглушены этим тяжелым ударом и еще не можем от него оправиться».
В конце июля черносотенцами был убит кадетский депутат Герценштейн. В августе Набоковы вдруг отправились в Голландию, а по дороге заехали в Брюссель, где находился в это время К.Д. Набоков. Елена Ивановна нервничала, так как причины их внезапного отъезда были ей неизвестны. По всей вероятности, их не узнал и В.В. Набоков. Объяснения событиям того лета Б. Бойд обнаружил недавно в письме К.Д. Набокова (от 23 августа 1906 года) к его знакомому Доналду Несбиту. К.Д. Набоков пишет, что Герценштейн был первым из шести депутатов, обреченных черносотенцами на смерть, следующим в списке шел В.Д. Набоков. «Его друзья, узнавшие об этом, убедили его покинуть Россию на некоторое время», — пишет К.Д. Набоков.
12 декабря 1907 года начался суд над депутатами, подписавшими «Выборгское воззвание». Адвокат В.Д. Набокова О.О. Грузенберг вспоминал, что Набоков держался с абсолютным «спокойствием и, хотя был непроницаем, не скрывал своего презрения к судьям».
В.Д. Набоков был приговорен к трем месяцам одиночного заключения и препровожден в петербургскую тюрьму «Кресты». Письма, которые он писал жене из тюремной камеры (он писал их на туалетной бумаге и передавал через своего друга Августа Исаковича Каменку), были спустя почти шестьдесят лет опубликованы его сыном в американском альманахе «Воздушные пути». Было бы жаль не привести хоть несколько отрывков из этих писем.
«17 мая 1908 г. …День у меня… распределен. 5 ч. — вставанье, туалет, чтение Библии; от 6 до 6½ — чай, от 6½ до 7-ми одевание, от 7-ми до 9½ — итальянский язык и первая прогулка, от 9½ до 12 — занятия уголовным правом, от 12 до 1 ч. — обед, и отдых от 1 ч. до 4 и вторая прогулка; от 4-х до половины 7-го — серьезное чтение, стоя, и гимнастика, от половины 7-го до 7 — ужин и отдых, от 7-ми до половины 9-го — чтение по-итальянски; в 8½ — 9½ легкое чтение, от половины 10-го до десяти укладываюсь спать… Могу только желать, чтобы все мои товарищи чувствовали себя так бодро, хорошо и весело, как я. Одна у меня забота: о тебе, не изводят ли тебя, не беспокоят ли напрасно…
21 мая 1908 г… Вчера вечером я был осчастливлен твоими тремя открытками, в одной из них — дорогие строки Lody. Спасибо ему, маленькому. Это — огромная радость.
…1 июня, 5 часов.
Радость моя, мое солнышко, я был несказанно счастлив видеть сегодня твое дорогое, родное личико и слышать твой обожаемый голосок. Я стараюсь не слишком это показывать, чтобы не растрогать тебя и себя, но теперь я мысленно обращаю к тебе все нежности, которые не мог сказать. Боюсь одного, что эти свидания тебя расстраивают, это меня мучит…
4 июня 1908 г., среда.
Мое солнышко, я еще не получил твоих Cartes postales… Но получил уже книги от Тура сегодня, а вчера, от Каменки, Данте и словарь. Большое спасибо… Я теперь читаю, кроме Библии и уголовного права: 1. Куно Фишера о Канте, 2. Ницше — Заратустру, 3. Михайловского „Литературные встречи“ и 4. d'Annunzio „Trionfo della morte“. Я нахожу, что гораздо менее утомительно читать сразу несколько книг, правильно распределенных, чем одну сплошь. Только что перечитал „Карамазовых“…
5 июня, четверг, 8¾ ч. вечера.
…сегодня я получил твои два длинных письма (от 2-го и 3-го): это такое счастье! Когда мне их приносят, я из жадности их не сразу читаю. Получил… множество открыток: от мамы, 5 от верного Кам., еще от Гессена. Ты мое сокровище, я тебя обожаю, надеюсь, что ты до конца будешь храбренькая. Помни все время, как ничтожны те неприятности, которые мы переживаем, сравнительно со столькими ужасными страданьями. Здесь как раз есть один бывший член совета раб. депутатов, старик дряхлый. Он был приговорен к поселению, и оно ему заменено пятью годами тюрьмы. Не говоря уже о других, об ушедших на каторгу, на поселение… Читаю много, очень совершенствуюсь в итальянском языке. Скажи Авг. Ис., что я так ему бесконечно признателен за все, что он для меня и тебя делает, что я не только готов простить ему пари, но взять проигрыш на себя. Серьезно, я страшно тронут его дружбой и никогда не забуду его доброты…
7 июня, суббота.
Сейчас получил твое драгоценное письмецо с бабочкой от Володи. Был очень тронут. Скажи ему, что здесь в саду, кроме rhamni и P. brassicae, никаких бабочек нет. Нашли ли вы egeria? Радость моя, я тебя люблю. Я бодр и здоров и… Я тоже хочу, чтобы ты была одна на свидании, чтобы ничто меня от тебя не отвлекало, но сделай так, чтобы мама не обиделась. Я хожу в голубой шелковой рубахе, очень эффектно. Целую без конца.
16 июня, 1908 г.
…Вчера ночью, часов в 10 с четвертью, на Неве проходил пароход, очевидно de plaisance, что-то играли, орали „ура“, чуть ли не по адресу Крестов. На „ура“ мы всегда способны.
25 июня в 8½ ч. вечера.
…само собой, поездка с детьми должна быть решена только зрело обдумав… A Lody уже знает об этом плане? Как я буду счастлив увидеть его и всех их…
6 июля 1908 г.
Солнышко мое ненаглядное, я был страшно счастлив видеть сегодня твое дорогое прелестное личико и слышать твой голос, такая радость думать, что через неделю опять тебя увижу… я с восторгом думаю о поездке в конце августа вдвоем с тобой. Думаю так: 5 дней в Мюнхене, 5 дней озеро (Белладжио), 5 дней — Венеция… Жду от детей писем, мысленно покрываю их поцелуями, цыпочных… Я кончил „Fuoсо“, есть удивительные места по яркости, красоте и глубине психологического анализа. Там появляется Вагнер. Это очень красиво. Но все же чувствуется какая-то impudeur в том, что он (меняя лишь имена и время) так подробно рассказывает свой роман с Дузе… я чувствую себя отлично несмотря на жару, делаю ежедневно гимнастику, ем и сплю хорошо, и бодро ожидаю конца этой дурацкой, позорной и низкой комедии. Целую тебя нежно, нежно. Обожаю тебя больше всего на свете».