Сначала в Ватикане, потом во дворце Санта-Мария-ин-Портику Лукреция познала тайные радости материнства. О таинственном новорожденном заговорили только три года спустя, по случаю его легитимации Александром VI 1 сентября 1501 года, как раз перед отъездом Лукреции из Рима в Феррару. Потребовались две буллы, чтобы узаконить этого ребенка и обеспечить ему доходы. Гласности была предана только первая, в которой папа узаконил происхождение ребенка, названного Джанни, «римского инфанта», и признал, что он является сыном Чезаре и незамужней женщины. Упоминание Чезаре позволило папе обойти канонические законы, запрещавшие ему признавать внебрачных детей, родившихся во время его правления. Но это не обеспечивало маленькому Джанни спокойного владения герцогством Непи, которое папа ему подарил. Вторая булла, хранившаяся в тайне, признавала, что в действительности «римский инфант» был сыном папы. Следовательно, дарованное ему герцогство становилось неотторжимой собственностью, как и та, которая была подарена папой Чезаре, самой Лукреции и ее законному сыну Родриго, родившемуся позже в браке с герцогом Бисельи. Кроме того, это признание должно было помешать Чезаре, которого Александр опасался, захватить владения ребенка. Конечно, каждая булла объявляла о ложном родстве. Но невозможно было узаконить внебрачного ребенка Лукреции. Папа, его дочь и Чезаре впоследствии оказались жертвами всех этих предосторожностей. Когда стало известно об этих двух буллах, немедленно сделали вывод, что «римский инфант» — это либо сын Чезаре и Лукреции, либо сын Лукреции и папы, хотя нигде не содержалось никаких сведений о материнстве Лукреции.
С этого момента снова всплыло обвинение в кровосмесительной связи дочери и отца, выдвинутое Джованни Сфорца, но заговорили и об инцесте сестры и брата.
Гуманист Саннадзаро сочинил ужасную эпиграмму в форме латинской эпитафии, направленную против Лукреции:
Это обвинение в перекрестном инцесте, со сладострастием воспроизводимое поэтами и летописцами Возрождения, враждебно настроенными по отношению к Борджиа, а также поэтами-романтиками, оказалось подхваченным в XX веке писателем Джузеппе Портильотти, который предположил, что молодая женщина потребовала издания двух булл, потому что сама не знала, от кого из двух любовников — отца или сына — был ребенок!
Другие историки, напротив, отказываются видеть в Лукреции mulier soluta, «незамужнюю женщину», названную в булле матерью ребенка. Они указывают, что, принимая Лукрецию при дворе Феррары, Альфонс д’Эсте обращался с этим ребенком как с братом своей супруги и сыном папы и неизвестной женщины. Но такое поведение доказывало только его осторожность и желание соблюсти приличия. В семье герцогов Феррары привыкли смешивать законных и незаконных детей, и раз уж сам папа подтверждал происхождение «римского инфанта», приличия были сохранены и ничто не мешало Лукреции держать при себе сына, выдавая его за своего брата.
Скромное рождение «римского инфанта» не помешало ходу переговоров папы и Чезаре с неаполитанским двором по поводу брака Лукреции и принца Альфонса. Король Фредерик тем более благосклонно был настроен к этому браку, что с помощью папы он только что разгромил своих врагов-баронов семьи Сан-Северино — и теперь праздновал победу. 13 февраля 1498 года он с триумфом вошел в свою столицу. Укрепление союза папы и арагонской династии Неаполя было необходимо как никогда. Политика Александра VI была направлена на то, чтобы сделать невозможным возвращение французов в Италию: это была одна из причин, по которой он хотел добиться от Флоренции устранения Савонаролы, бывшего в тосканской республике самым стойким сторонником короля Франции.
Утешительное письмо, присланное в момент убийства герцога Гандийского, временно усмирило гнев папы. Но период покаяния закончился, и 19 июля 1497 года Александр VI снова поставил флорентийской сеньории суровые условия, предварявшие отмену бреве, которым Савонарола отлучался от церкви: брат Джироламо должен будет оправдаться в Риме, если только он не согласится вступить в римско-тосканскую конгрегацию, находящуюся под непосредственной властью папы. Об этом ультиматуме во Флоренции узнают в тот момент, когда там свирепствовала эпидемия чумы, за лето убившая множество людей. Сторонники Медичи воспользовались беспорядками, сопровождавшими это ужасное бедствие, чтобы составить заговор. В самый последний момент он потерпел неудачу, и в назидание пятеро заговорщиков были приговорены к смерти. В атмосфере гражданской смуты Савонарола решает не увеличивать своим упрямством несчастья соотечественников. 13 октября 1497 года он решается просить прощения у суверена-понтифика.
«Как дитя, страдающее при виде разгневанного отца, пытается любыми путями и средствами смягчить его и не теряет надежду, что он сжалится над ним, так и я, терзаемый отказом Вашего Святейшества в милости Вашей, снова припадаю к вашим стопам, умоляя услышать наконец крик моей боли и позволить мне вернуться в лоно Церкви».
Этой покорности папе недостаточно, он хочет извлечь из нее политическую выгоду. Перед тем как отпустить Савонароле его грехи бунтовщика, он требует, чтобы Флоренция вступила в антифранцузскую лигу вместе с Римом и Венецией с целью обезопасить себя от новой экспедиции в Италию, которую затевает Карл VIII.
Когда монах узнает, что все это затевается в ущерб королю Франции, которому остался верен, то возобновляет свой бунт. Обойдя каноническую цензуру, он снова поднимается на кафедру 11 февраля 1498 года, чтобы начать решающую битву. Под сводами собора он торжественно заклинает Иисуса Христа сделать выбор между ним и понтификом. Большинство флорентийской сеньории поддерживает своего предсказателя и не принимает условия, навязанные Римом. Савонарола подбодряет своих сограждан. «В римских бреве меня называют „сын погибели“! О сеньоры, ответьте на это: „Тот, кого вы так называете, не содержит ни мальчиков, ни сожительниц, а только проповедует учение Христа, которое вы усердно искажаете!“» С высоты кафедры собора Сан-Марко он продолжает свои нападения перед многочисленной толпой, в которой находится Никколо Макиавелли, пришедший сюда из любопытства и весьма скептически настроенный к исходу борьбы, затеянной с папой Борджиа. Действительно, в Риме перед консисторией Александр приказывает проповеднику Мариано де Генаццано составить обвинительную речь, в которой Савонаролу называют «великим евреем-пропойцей». Он диктует бреве, в котором налагается запрет на Флоренцию. Узнав об этом, Савонарола обращается с призывом ко всем государям Европы собраться на совет, чтобы низложить недостойного понтифика. Ответ не замедлил себя ждать. Александр тут же приводит свое бреве в исполнение. 17 марта он торжественно провозглашает интердикт. Затем приказывает арестовать живущих в Риме флорентийских купцов и захватить их товар. Все сделано очень ловко: это вызывает перемену в настроении деловых людей Флоренции. Внутри самой Синьории большинство получают противники монаха. Начинаются ссоры между францисканцами и доминиканцами. Первые становятся на сторону папы Борджиа. 25 марта брат Франческо ди Пулья заявляет, что он готов к испытанию огнем для того, чтобы показать, что Бог осуждает суровое учение Савонаролы. Доминиканец Доменико де Песка принимает вызов. Враги монаха — «разъяренные» — прекрасно понимают, что этот спор дает им великолепную возможность избавиться от брата Джироламо.