Дело об еретиках получило такую гласность по всему государству, что нельзя было не заняться им: Зосима должен был созвать собор, на который представили еретиков, бежавших из Новгорода в Москву; собственноручные показания их, данные ими прежде Геннадию, служили таким очевидным доказательством, что Зосиме не было никаких средств защищать своих; еретиков прокляли, некоторых из них сослали в заточение, других – в Новгород к Геннадию. Последний велел их посадить на лошадей, лицом к хвосту, в вывороченном платье, в берестовых остроконечных шлемах, в каких изображаются бесы, с мочальными кистями, в венцах из сена и соломы, с надписью: «Се есть сатанино воинство!» В таком наряде возили их по улицам новгородским; встречающиеся плевали им в глаза и кричали: «Вот враги божии, хулители Христа!» В заключение на еретиках зажжены были шлемы.

Но этот позор в Новгороде не обессилил ереси в Москве. Дерзость еретиков особенно усилилась, когда 1492 год прошел, а чаемого с концом седьмого тысячелетия конца миру не было. «Если Христос был мессия, – говорили еретики православным, – то почему же не является он в славе, по вашим ожиданиям?» и проч. Иосиф писал против них обличительные слова, собрание которых известно под именем Просветителя, в каком состоянии находились умы в это время, видно из послания его Нифонту, епископу суздальскому. «С того времени, – писал он, – как солнце православия воссияло в земле нашей, у нас никогда не бывало такой ереси: в домах, на дорогах, на рынке все – иноки и миряне – с сомнением рассуждают о вере, основываясь не на учении пророков, апостолов и св. отцов, а на словах еретиков, отступников христианства; с ними дружатся, учатся от них жидовству. А от митрополита еретики не выходят из дому, даже спят у него». Иосиф требовал, чтоб владыки, верные православию, отказались от всякого сообщения с Зосимою, внушали бы и другим, чтоб никто не приходил к нему, не принимал от него благословения; вооружился против мнения, которое особенно защищал Зосима, что еретиков осуждать не должно. Зосима в 1494 году действительно отрекся от митрополии: оставлять в челе церкви человека, громко обвиненного в ереси и не хотевшего торжественно оправдываться, было уже слишком соблазнительно; сами еретики могли желать удаления Зосимы, как скоро он своим неблагоразумным поведением уже обличил себя и мог быть теперь более вреден, чем полезен их обществу. В невольной грамоте Геннадия на избрание преемника Зосиме, троицкого игумена Симона, читаем: «Что ми есте (епископы) прислали грамоту, возвещая нашему смирению, что отец Зосима митрополит своей ради немощи оставил стол русской митрополии и, пришед в святую великую соборную церковь, пред всеми омофор свой на престол положил, и свидетеля на то господа бога нарицая, яко невозможно ему к тому святительская действовати, ни митрополитом нарицатися, и отойде в монастырь в смиренноиноческое жительство». В летописях же говорится, что Зосима оставил митрополию не своею волею, но был удален за страсть к вину и за нерадение о церкви. Если в Зосиме действительно открылся означенный порок, то это было достаточною причиною к его удалению как в глазах православных, так и еретиков, которым он мог сильно вредить своим поведением.

Удаление Зосимы нисколько не ослабило значения еретиков в Москве; но им нужно было поднять его в Новгороде, где благодаря деятельности Геннадия ересь ослабела значительно, и вот по старанию Федора Курицына в новгородский Юрьев монастырь назначен был архимандритом монах Кассиан, державшийся ереси. В Кассиане новгородские еретики должны были найти и действительно нашли могущественную опору: в его кельях держали они свои тайные собрания. Геннадий, однако, нашел их и тут и заставил бежать в Литву и к немцам. Но в Москве могла ли ересь ослабеть, когда невестка великого князя Елена была на ее стороне, а на стороне Елены были самые могущественные вельможи, которые достигли наконец того, что Иоанн торжественно объявил сына Еленина, Димитрия, наследником стола великокняжеского. Мы видели, однако, что это торжество Елены и ее приверженцев было непродолжительно, что скоро София восторжествовала в свою очередь, казнь и пострижение были участью Ряполовских и Патрикеевых, удаление и, наконец, тесное заключение – участью Елены и ее сына. Мы не знаем, какое было значение Иосифа в этих переворотах; но, видя тесную связь волоколамского игумена и его учеников с великим князем Василием, сыном Софии, видя в то же время сильную ненависть Курбского к этим осифлянам, «подобным великому князю Василию, скорым помощникам его и во всем потаковникам и подражателям», – как говорит Курбский, – видя такие отношения, мы необходимо должны заключить, что связь Иосифа с Василием и его матерью началась и укрепилась во время борьбы с ересью: действуя против еретиков, следовательно, против Елены, Иосиф, естественно, должен был стать на сторону Софии и ее сына. Понятно, как торжество последних облегчило Иосифу борьбу с ересью: он нашел доступ к великому князю, начал упрашивать его о принятии строгих мер против еретиков; тот обещал исполнить его желание, открыл, что знал об ереси, которую держал протопоп Алексей и Федор Курицын, что и Елена была вовлечена в ересь, раскаивался, что прежде слабо поступал с еретиками; Иосиф требовал раскаяния на деле. «Государь, – говорил он Иоанну, – подвинься только на нынешних еретиков, и за прежних тебя бог простит». Но строгие решительные меры, которые должно было употребить против еретиков по требованию Иосифа, могли заставить задуматься великого князя, слышавшего, с другой стороны, сильный ропот на ревность волоколамского игумена; Геннадий Новгородский был лишен архиепископии по причинам, о которых будет речь ниже; наконец, в это время летописцы говорят, что здоровье Иоанна начало расстраиваться после смерти Софии; все это могло содействовать замедлению собора на еретиков. Иосиф между тем не успокаивался: он обратился к духовнику великокняжескому, андрониковскому архимандриту Митрофану, с просьбою действовать на Иоанна; наконец его желание исполнилось: в конце 1504 года созван был собор на еретиков; они защищали свое учение, Иосиф был обличителем; следствием собора было то, что Волк Курицын, Димитрий Коноплев, Иван Максимов, архимандрит юрьевский Кассиан с братом и многие другие еретики были сожжены; Некрасу Рукавову сперва отрезали язык и потом сожгли в Новгороде; иных разослали в заточение, других – по монастырям. Некоторые из еретиков, приговоренных к смертной казни, объявили, что раскаиваются; но их раскаяние не было принято, ибо Иосиф представил, что раскаяние, вынужденное страхом, не есть искреннее. Удар, нанесенный ереси собором 1504 года, был силен, но не был окончательным; мы еще должны будем обратиться к этому предмету в рассказе о делах преемника Иоаннова.

Кроме важного дела о ереси жидовской церковные соборы Иоаннова времени занимались не менее важным делом улучшения нравственности духовенства. В 1468 году псковичи отлучили от службы вдовых священников и дьяконов по всей Псковской волости, не спросившись ни митрополита, ни епископов; архиепископ новгородский Иона хотел наложить на них за это неблагословение, но митрополит Феодосий запретил ему это делать. Феодосий знаменит в истории русской церкви как жертва святой ревности к улучшению нравов духовенства; он, говорит летописец, хотел священников и дьяконов силою навести на божий путь: начал их каждое воскресенье созывать и учить по святым правилам, вдовым дьяконам и священникам приказывал постригаться в монахи; у кого из них были наложницы, тех наказывал без милости, снимал с них священство, налагал пени; церквей наставили много, и вот всякий, кому не хотелось работать, шел в священники, не оставляя плотских страстей, потому что шел не богу служить, а тело свое льготить. Когда вследствие мер Феодосия недостойные священнослужители были удалены, то многие церкви остались без священников; люди начали тужить об этом и порицать митрополита. Это так огорчило Феодосия, что он заболел, и когда выздоровел, то уже не хотел более оставаться митрополитом, удалился в Чудов монастырь, взял к себе в келью расслабленного старца, стал служить ему, омывать струпы.