Королевская чета Наварры была на грани полного разрыва отношений. Антуан окончательно сделал выбор в пользу католической церкви, за что Теодор де Без угрожал ему небесными карами, называя новым Юлианом Отступником. Жанна же, как всегда, была непреклонна, не считая возможным долее терпеть «отступничество» и амурные похождения супруга. Что же касается Антуана, то он уже порядком устал от непрестанных едких упреков и беспардонного прозелитизма супруги. Гизы подливали масла в огонь. Кардинал Лотарингский настоятельно советовал Антуану подумать о собственном благе и удалить от двора опасную супругу. Более того, с ней как еретичкой надлежало развестись, тем более что законность ее брака с Антуаном они подвергали сомнению (законным будто бы оставался ее первый брак с Вильгельмом Клевским, а с Бурбоном она жила «во грехе»). Отвергнутую супругу предполагалось заключить в тюрьму, дабы не позволить ей распоряжаться Наваррой и прочими доменами д’Альбре. Обретя таким способом свободу от супружеских уз, Антуан смог бы вступить в брак с вдовой Франциска II, прекрасной Марией Стюарт, получив вместе с ней целое королевство — Шотландию. Какая сказочная перспектива!

Однако к чести Антуана Бурбона, он не был злодеем, да и решимости сделать столь судьбоносный шаг у него не хватило бы. Он лишь согласился удалить Жанну от двора. Правда, Екатерина Медичи не соглашалась даже и на это, желая удержать наваррскую королеву при себе ради сохранения равновесия сил, чему придавала столь большое значение. «Господа лотарингцы» опять начали с угрожающей быстротой набирать политический вес, после того как Франсуа Гиз устроил 1 марта 1562 года резню протестантов в Васси и тем самым положил начало Религиозным войнам, на протяжении тридцати шести лет терзавшим Францию. Когда он возвратился в столицу, парижане встречали его как национального героя. По разным городам (Оксер, Кагор, Орильяк, Каркассон, Авиньон) прокатилась волна избиений гугенотов. Екатерина Медичи пребывала в нерешительности, не зная, какую тактику избрать. Выход из положения ей представился в заключении при посредничестве Жанны д’Альбре альянса с Конде. Предполагалось при его поддержке перебраться с Карлом IX в Орлеан и там запереться. Однако Гизы опередили Екатерину, не позволив ей ускользнуть из их рук. Жанна, лишившись поддержки королевы-матери, вынуждена была подчиниться требованию супруга: 28 марта 1562 года, оставив на его попечении сына, она с дочерью отправилась в Вандом. Прощаясь с матерью, маленький Генрих обещал быть стойким гугенотом, каким воспитал его отец. Правда, тот уже собирался сделать из него убежденного католика.

Вскоре после отъезда королевы Наваррской выступила в поход армия Конде. Сначала она двинулась на Париж, но затем внезапно переменила направление, двинувшись на Орлеан, и к великому удивлению многих, 2 апреля город был захвачен гугенотами. Это было уже началом войны. В последующие несколько недель в руках протестантов оказались Тур, Блуа, Ле-Ман, Анжер, Руан, Баланс и Лион.

Перед отъездом Жанна потребовала от сына под страхом лишения наследства поклясться никогда не ходить на мессу. Однако Антуан Бурбон распорядился по-своему: прежний наставник Генриха гугенот Ла Гошри получил отставку, а новому, католику Жану де Лосу, было дано указание «отвращать ребенка от его религии и воспитывать в римском духе». В ближайшие пять лет Генриху предстояло тесное общение с кузенами Валуа, он делил с ними школьные занятия и игры. В отличие от них, болезненных и нервных, маленький румяный беарнец отличался крепким физическим и психическим здоровьем. Низкорослый и коренастый, он даже внешне резко отличался от своих долговязых и бледных кузенов. Взяв на себя заботы по воспитанию сына, Антуан Бурбон пообещал своим испанским благодетелям в кратчайшие сроки вернуть его в лоно католической церкви, однако мальчик упорно сопротивлялся. Даже под угрозой подвергнуться порке он отказывался, исполняя данное матери обещание, отправиться в церковь на мессу. Дошло до того, что он заболел или, как заподозрили, учитывая его отменное здоровье, умело прикинулся больным, лишь бы не присутствовать на обряде. И все-таки «настоящий беарнец» в конце концов сдался. 1 июня 1562 года на мессе королевского ордена Святого Михаила он был торжественно посвящен в его рыцари, поклявшись хранить верность католической вере и умереть за нее. Так в свои неполные девять лет он впервые пошел на компромисс — а сколько их еще будет в его жизни! Париж стоит мессы…

Долготерпение Антуана Бурбона, много позволявшего себе и потому не требовавшего слишком многого от других, к тому времени лопнуло не в последнюю очередь из-за вестей, поступавших из Вандома, куда в первых числах мая прибыла его ссыльная супруга. Где бы ни появлялась Жанна д’Альбре, восторженно приветствовавшие ее гугеноты принимались бесчинствовать, точно сорвавшись с цепи. Так случилось и на этот раз. Толпы ее приверженцев устремились в церкви города, подвергая их разграблению, а затем ворвались в расположенный на возвышении герцогский замок, чтобы проделать то же самое с расположенным там храмом Святого Георгия. Прямо на глазах у королевы Наваррской они вскрыли могилы и выбросили из гробов останки покойников, в том числе и родителей Антуана — Шарля Вандома и Франсуазы д’АЛансон. Та же участь постигла и погребение первенца Жанны, малолетнего герцога де Бомона. Она даже если и не подстрекала толпу к святотатственному вандализму, то ничего не сделала, чтобы пресечь бесчинства. Не было более действенного способа скомпрометировать протестантизм в глазах благонамеренных и благоразумных людей. Охваченная запоздалым раскаянием, Жанна обратилась с покаянным письмом к своему духовному наставнику Теодору де Безу, который в ответном послании хотя и не возложил на нее ответственность за свершившийся акт вандализма, однако безоговорочно осудил его.

Возмущенный выходками гугенотов, Антуан поклялся отомстить за поругание праха своих родителей. Он объявил о лишении супруги всех прав и заключении ее в крепость. Приведение приказа в исполнение было поручено Блезу де Монлюку, известному своей непримиримостью к еретикам, однако тот сплоховал, и Жанне удалось, ускользнув от преследования, благополучно добраться до Беарна. Правда, из-за пережитых волнений ее самочувствие резко ухудшилось, что вызывало сильную тревогу у Генриха, разрывавшегося между матерью и отцом, уважения к которому он никогда не терял. Слухи о его тщеславии, непостоянстве и разгульной жизни не доходили до него — или он просто не верил им. Для него отец был прежде всего славным командиром, популярным среди солдат благодаря отваге и демонстративному презрению к опасности.

Первая Религиозная война между католиками и протестантами была в разгаре, и Антуан Бурбон, командовавший королевской армией, не имел возможности уделять достаточного внимания сыну и потому беспокоился за его безопасность. Обе воюющие стороны были не прочь заполучить его в качестве заложника и средства давления на противника. Полагая, что даже при королевском дворе, постоянно перемещавшемся по ходу военных действий, Генрих не будет надежно защищен, Антуан решил отправить его в замок Монтаржи под опеку Рене Французской, герцогини Феррарской. Выбор представлялся разумным, поскольку старая дама, дочь короля Людовика XII, пользовалась всеобщим уважением. Правда, и там не обошлось без приключений. Несмотря на принятые меры безопасности, гугеноты попытались похитить мальчика. Однажды ночью он был разбужен какими-то незнакомыми людьми, хотевшими забрать его с собой. Еще не понимая, явь ли это или сон, Генрих закричал. Когда выяснилось, что эти люди были присланы его матерью, дабы привезти его в родные беарнские пределы, он пожалел, что переполошил своим криком весь замок, но было поздно. Вдобавок ко всему юный здоровяк умудрился заболеть корью, притом настолько серьезно, что опасались за его жизнь. Однако его час еще не пробил, и болезнь отступила. Встревоженный Антуан выбрал время, чтобы посидеть у изголовья больного, утешить его словом и препоручить заботам врачей, которые сумели выходить пациента. Долго оставаться у постели сына он не мог, поскольку начатая королевской армией осада Руана, захваченного гугенотами, требовала его присутствия там.