Больше отцу с сыном не суждено было свидеться. О последних днях жизни Антуана Бурбона поведал в свойственной ему анекдотической манере всезнающий сплетник Брантом. 16 октября у стен Руана велся ожесточенный бой, и Антуан находился на линии огня, в пределах досягаемости прицельной стрельбы. Прямо в окопе ему подали обед, насилу уговорив его укрыться за бруствером. Паж, наливавший ему вино, был сражен пулей на его глазах. Одного из командиров, неподалеку справлявшего малую нужду, постигла та же участь. Антуан, в пылу сражения презиравший любые меры предосторожности, вышел из укрытия, направившись по той же нужде и к тому же самому месту, где только что был убит его боевой товарищ, и тут же был ранен в левое плечо выстрелом из аркебузы. Рана была тяжелой, но, по мнению врачей, несмертельной. В расположении своих войск главнокомандующий, за которым ухаживала его возлюбленная, прекрасная Луиза де ла Беродьер, герцогиня де Шательро, находился между жизнью и смертью. И тем не менее он пожелал вступить в город, наконец-то взятый его войсками: на носилках солдаты пронесли его по главным улицам Руана. Затем его перенесли на судно, чтобы перевезти в Париж, однако во время остановки в Андели 17 ноября 1562 года он скончался на руках своей возлюбленной. И на пороге смерти продолжались его духовные метания: перед посадкой на судно его исповедал и причастил католический пастор, на борту ему читал Евангелие его медик-кальвинист, а незадолго перед тем как испустить последний вздох, он дал обет принять, если останется жив, Аугсбургское вероисповедание — лютеранство. Последние слова он пробормотал на ухо своему камердинеру, которого, чтобы тот лучше слышал, притянул к себе поближе за бороду, — это был наказ заботиться о его сыне и побуждать его «хорошо служить королю». Самого Генриха из соображений безопасности не решились привезти к умиравшему отцу.

Достаточно безразличная к утрате своего супруга, к которому она уже не испытывала ни любви ни уважения, Жанна д’Альбре вынуждена была ради своего сына, которого ей пришлось оставить при дворе фактически на положении заложника, разменной монеты в политической борьбе, пойти на сделку с Екатериной Медичи. 26 декабря 1562 года королева-мать пожаловала юному Генриху Наваррскому должности, в свое время исполнявшиеся его отцом Антуаном Бурбоном, — губернатора и адмирала Гиени. Однако, учитывая нежный возраст новоявленного губернатора и адмирала (ему едва исполнилось девять лет), она дала ему в заместители того самого Монлюка, который еще недавно получил распоряжение арестовать Жанну д’Альбре и был для гугенотов врагом номер один. Он и должен был фактически исполнять обе эти должности. В ответ на решительные протесты королевы Наваррской Екатерина Медичи, склонная к компромиссам, предложила ей в порядке компенсации свободно, по собственному усмотрению руководить воспитанием Генриха, хотя и на расстоянии. Принц оставался при французском дворе, но вместо католической мессы мог теперь слушать протестантскую проповедь, а его католические наставники получили отставку. Крещенный по католическому обряду, затем обращенный родителями в кальвинистское вероисповедание, а спустя годы по воле отца возвращенный в римско-католическую веру, он теперь опять становился гугенотом. Впереди были еще три перехода из одной конфессии в другую.

К Генриху возвращался его прежний наставник Ла Гошри, а на должность гувернера заступил другой стойкий гугенот — месье Гуляр де Бовуар. Екатерина Медичи наглядно продемонстрировала собственную приверженность к веротерпимости, одинаково не приемля ни ультракатолицизм Гизов, ни скандальные выходки гугенотов. Л а Гошри, достаточно хорошо владевший латинским и древнегреческим языками, применял свою методику преподавания. Он не заставлял Генриха зубрить правила грамматики, читать и писать, а велел многократно повторять схваченные на слух фразы. В результате латынь и греческий усваивались естественным образом, подобно тому, как ребенок учится родному языку. Любимым изречением Генриха было «Aut vincere aut morí» — «Победить или умереть». Екатерина Медичи, однажды узнав об этом, была немало удивлена и поинтересовалась, кого это собирается победить принц Наваррский и за что он готов умереть. Будучи достаточно просвещенным человеком, она понимала смысл этого древнего изречения, но была решительной противницей того, чтобы детям с малолетства внушали подобного рода убеждения, делающие их упрямыми и несговорчивыми. Она полагала, что такие люди, не желающие идти ни на какие компромиссы, обречены на неудачу. Видимо, Генрих усвоил урок королевы, в дальнейшем сделавшись непревзойденным мастером компромисса.

Домашнее воспитание принца Наваррского дополнялось посещением занятий в Наваррском коллеже, где он обучался вместе с двумя другими Генрихами — герцогом Анжуйским, будущим Генрихом III, и герцогом Гизом, с которыми судьба связала его навсегда, до смертного конца тех двоих, то дружбой-соперничеством, то непримиримой враждой и политической конкуренцией. Наваррский коллеж, учрежденный королевой Жанной Наваррской, супругой короля Франции Филиппа Красивого, без малого за три века до описываемых событий был наиболее престижным учебным заведением Латинского квартала. Здесь Генрих получал начальное, так называемое грамматическое образование, предшествовавшее обучению в университете. Часы, проведенные в коллеже, были наполнены не только учебными занятиями, но и тесным общением с юными принцами, на что и рассчитывала Екатерина Медичи, желавшая воспитывать их в дружбе и товариществе. Однако взаимоотношения трех Генрихов не были столь безоблачны, как хотелось королеве-матери. Между Генрихом Наваррским и Гизом то и дело возникали стычки, от словесной перебранки до драки. Их за это наказывали, что не меняло дела. Одни объясняли происходившее несовместимостью темпераментов, а другие усматривали уже тогда зародившуюся в Генрихе Гизе ненависть к Наваррцу, которому он хотел мстить заодно с Колиньи и прочими вождями протестантов, повинными, по его убеждению, в недавней гибели его отца, герцога Гиза.

Франсуа Гиз по прозвищу Меченый был вероломно убит при осаде Орлеана 24 февраля 1563 года гугенотом Польтро де Мере. Вдохновителем этого преступления объявили Колиньи, который прямо заявлял, что смерть Гиза является величайшим благом для королевства, церкви и лично для него. В дальнейшем он сам поплатится за это жизнью, а пока что единственной, кто безусловно выиграл, была Екатерина Медичи. Освободившись от тягостной для нее опеки со стороны клана Гизов, она почувствовала себя полновластной правительницей королевства. Еще ранее, 19 декабря 1562 года в битве при Дрё, когда королевская армия одержала блестящую победу, в плен к протестантам попал коннетабль Монморанси, политические претензии которого также были весьма обременительны для королевы-матери. Провидение избавило ее от обоих не в меру ретивых «защитников» веры и монархической власти во Франции, и Екатерина Медичи смогла в очередной раз продемонстрировать свою приверженность мирному сосуществованию, подписав 19 марта 1563 года Амбуазский мир, знаменовавший собой завершение первой Религиозной войны, и издав Амбуазский эдикт. Памятуя о Варфоломеевской ночи, принято думать, что королева-мать была фанатичной католичкой. Это представление весьма далеко от истины. Воспитанная в свободомыслии итальянского Ренессанса, Екатерина Медичи была почти безразлична к конфессиональным вопросам. Она была настолько убеждена в необходимости согласия между католиками и протестантами, что готова была существенно ограничить притязания своих католических подданных ради умиротворения королевства. Амбуазский эдикт провозглашал свободу совести и предоставлял право отправления протестантского культа, хотя и ограниченное, распространявшееся главным образом на верхушку общества. Учитывая, что в военном отношении гугеноты потерпели поражение, эта уступка им со стороны королевской власти была даже слишком большой, однако они отнюдь не испытывали чувство удовлетворения, при любом удобном случае выражая недовольство. Еще больше были недовольны католики, не понимавшие столь терпимого отношения королевы-матери к еретикам. Никто не хотел мира, и для новой войны достаточно было любого повода.