Все подобные распоряжения шли в одном направлении, но Новикова непосредственно, как будто, не касались. Тем более, что на место Брюса, в Москву был назначен довольно добродушный Еропкин, которому до масонства и Новикова не было дела. Но Екатерина не успокаивалась. По ее инициативе, после истечения срока аренды, газета «Московские ведомости» отобрана у Новикова. Дела «Типографической компании» идут всё хуже. Накапливаются огромные долги. А тут начались события французской революции с её ужасами, обострившие российскую обстановку. Начинается массовый отказ от связи с масонами (от них отходит и Карамзин). Многочисленные аресты, допросы, истязания, пытки. Борьба с масонством переходит совсем на иной уровень. К ней подключается Начальник Тайной канцелярии С. И. Шешковский, сыскных дел мастер и кнутобоец (ум. в 1793 г.). Радищев называл его «великим инквизитором России». 9 февраля 1790 г. на место Еропкина назначают А. А. Прозоровского, фронтового генерала, крайне грубого, невежественного, ненавидевшего просвещение, посланного для обуздания Москвы. Потемкин в письме Екатерине так характеризовал Прозоровского: понадобилась старая пушка; она будет стрелять в вашу цель, так как своей не имеет; «Только берегитесь, чтобы она не запятнала кровью в потомстве имя Вашего Величества» (50). Прозоровский постоянно чернил имя Новикова, но быть инициатором его ареста не хотел. На вопрос Екатерины: почему он не арестует Новикова? Прозоровский отвечал: стоит лишь ей приказать. Екатерина колебалась: «нет, надо найти причину» (51). Причина вскоре нашлась. В 1788 г. появилась книга «История об отцах и страдальцах Соловецких, якоже за благочестие, святые церковные законы и предания пострадали, тут же челобитная монахов Соловецкого монастыря к царю Алексею Михайловичу, повесть о Белом клобуке и другие статьи», в духе раскольничьей литературы. Она, кроме прочего, противоречила указу 27 июня 1787 (напечатана не в синодальной типографии). Неизвестно, кем и где она была издана. Но нашелся повод приписать ее мартинистам. 13 апреля 1792 г. указ Екатерины Прозоровскому: недавно в продаже появилась книга, напечатанная церковным шрифтом, содержащая разные раскольничьи сочинения, противные духу православия и правительству; заглавный лист выдран, но в других подобных книгах значится. что издана в Гродно; можно полагать, что она печаталась в Москве, скорее всего у Новикова, который, как слышно, завел у себя в подмосковном имении типографию, независимую от Московской. Предписываю командировать в подмосковную типографию одного из советников судебных палат и из заседателей верховного земского суда, которые там произведут внезапный обыск; если будет найдена упомянутая книга или церковные шрифты, это послужит достаточным доказательством, что Новиков ее издатель; тогда он должен быть лишен права содержать типографию и подвергнуться взысканию за нарушение законов. Для открытия истины следует Новикова взять под присмотр и допросить, а также исследовать, каким образом, не получив никакого наследственного значительного имения, он считается теперь владельцем весьма достаточным; и может ли доказать при этом свое бескорыстное поведение. Прозоровскому предписано донести обо всем, что откроется, «обстоятельно и немедленно» (51). Прозоровский, не открывая причины, поручил доверенному лицу купить книгу; тот привез какую-то книгу о раскольниках, но не ту, которая требовалась, и все найденные экземпляры «Новой Киропедии», которая конфисковалась прежде. Прозоровский решил, что Новиков ее вновь перепечатал. Появилась причина для ареста. 22 апреля три человека, по приказу Прозоровского, отправились в подмосковное имение Новикова Авдотьино и произвели там обыск. Все бумаги и книги были конфискованы. Но в доме не оказалось никаких признаков типографского производства, церковных шрифтов. Новиков потрясен обыском. У него начинаются спазмы, обмороки. Он просит об исповеди и причащении. В просьбе ему отказано. Но всё же сочли положение его опасным, в город не повезли, оставили в Авдотьино, под присмотром городничего. Сами же, с конфискованными книгами и бумагами, отправились в Москву, где передали их 23 апреля Прозоровскому.

Одновременно с проверкой в Авдотьино, 22 апреля провели обыски и в Москве, в бывшем компанейском доме, в книжной лавке Новикова, в магазине его типографии, во всех вольных книжных лавках. Обнаружено 20 книг, не указанных в печатных каталогах, скрытно продававшихся, хотя и запрещенных в 1786-87 гг., а также 48 книг, напечатанных без цензурного дозволения. Лавки опечатали, хозяев их арестовaли. Один из них, Кольчугин, имевший 3 лавки, который служил кроме того приказчиком в одной из лавок Новикова, сразу признал, что получал от него книги, на 5 тыс. рублей (52). Остальные арестованные сперва не признавались, но потом тоже показали, что получали от Новикова книги, развозили их по ярмаркам и продавали.

23 апреля Прозоровский направил офицера с 12 гусарами в Авдотьино, с приказом караулить Новикова и доставить в Москву, как только тому станет лучше. Те 24-го прибыли в Авдотьино, застали Новикова в болезненном состоянии (обмороки), но его через два часа, в кибитке, под конвоем, отправили в Москву, сразу привезли к Прозоровскому и стали допрашивать (в результате нервного потрясения сын Новикова остался на всю жизнь больным эпилепсией; неизлечимо болела и дочь) (52). Новиков признал, что давал продавать Кольчугину запрещенные книги, в большинстве духовные, так как на них более спрос, но что он давал их для цензуры духовным лицам, а когда те отказались, то полицейским и университетским чиновникам. При допросе обнаружилось невежество Прозоровского: цифры в подстрочных примечаниях — ссылки на священное писание Прозоровский счел за тайные условные знаки: «вот под этими условными знаками скрываются ваши зловредные замыслы и преступные учения; но все это теперь откроется» (53). Передать дело Новикова в суд всё же не решились: слишком мало было доказательств его вины («сделанные ему допросы препроводить в суд нельзя», «надо делать новые в особой комиссии из доверенных лиц»). Обошлись без суда и новой комиссии. 10 мая Екатерина приказала Прозоровскому отправить Новикова в Шлиссельбургскую крепость. Он прибыл туда под сильным конвоем и помещен в каземат. Несколько раз его допрашивал начальник Тайной канцелярии С. И. Шешковский. Речь шла о масонах, разных политических подозрениях, о книгах Новикова, запрещенных в 1786 г. Тот отвечал, что книг он заново не перепечатывал, что переводчиков их не знает, что никаких других книг, кроме взятых под арест, не печатал, что имен авторов никогда не таил. Любопытно, что его никогда не спрашивали о той книге, которая была поводом для всей истории. Не выяснилось ничего, за что бы можно было предать его законному суду. Поэтому 1 августа 1792 г. выходит именной указ Екатерины: хотя Новиков не открыл тайных замыслов своих, но всех обвинений, изложенных в 6 пункте, достаточно, чтобы подвергнуть его «по силе законов тягчайшей и нещадной казни»; однако императрица, следуя свойственной ей человечности и желая оставить Новикову время для покаяния, ограничилась приказом «запереть его на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость» (53). Новиков пробыл там до воцарения Павла, который в первый же день вступления на престол приказал его освободить. За время пребывания в Шлиссельбурге Новиков превратился из крепкого человека в больного старика. Он поселился в Авдотьино, где умер в 1818 г.

А следствие продолжалось. В 1792 г. Прозоровский представил Екатерине, как доказательство вины Новикова, какую-то французскую книгу (хотя Новиков не знал французского языка) и список французских книг, купленных Новиковым у купца Бибера; Прозоровский просит, чтобы были приняты меры к пресечению торговли запрещенными иностранными книгами (53). Всё это время опечатанные лавки не распечатывают. Торговцы подают прошение Екатерине о разрешении открыть их. Та приказывает Прозоровскому разобраться в просьбе. Прозоровский отвечает, что лавки опечатаны законно. Новое прошение, и новый приказ разобраться. Суд над продавцами, 3-х инстанций: низшая, средняя, высшая. Первый в России процесс по делам печати. Суд выносит ряд приговоров, весьма суровых, со ссылками на законы 1720-21 гг. Особенно сурова низшая инстанция; большинство обвиняемых приговариваются ею «вместо смертной казни к наказанию кнутом с вырезыванием ноздрей и постановлением знаков и к ссылке в каторжную работу» (54). Но средняя и особенно высшая инстанции смягчают приговоры (перечень имен и приговор -54). Представляя приговоры Екатерине, Прозоровский просит о прощении виновных, особенно Кольчугина. Просьба отправлена в Петербург в августе 1793 г. и целые 3 года лежала без движения. Только 2 июля 1796 г. выходит указ Екатерины: призвать Кольчугина и 10 других подсудимых в Уголовную палату, прочесть им решение суда и объявить прощение по случаю рождения великого князя Николая Павловича (55). Отобранные у Новикова книги переданы на просмотр московским духовным и светским цензорам: список этих книг, имена цензоров, их пометки о зловредности каждой книги опубликованы лишь в 1871 г. (55). 11 февраля 1793 г. Екатерина приказала Прозоровскому сжечь эти книги. 31 октября приказание исполнено, о чем доложено Екатерине. В общей сложности сожжено около 25 тыс. книг. Часть книг переданы в Духовную академию и университет. Позднее, в 1794 г. обнаружен еще один книжный склад, произведено по приказу Прозоровского еще 2 сожжения, в их числе перевод Карамзиным «Юлия Цезаря» Шекспира (56).