Касаясь этого соглашения с Махно, В. И. Ленин в докладе на совещании актива Московской организации РКП (б) 9 октября 1920 г. говорил, что вопрос о Махно обсуждался весьма серьезно в военных кругах и выяснилось, что ничего, кроме выигрыша, здесь ожидать нельзя. «Объясняется это тем, что элементы, группировавшиеся около Махно, уже испытали на себе режим Врангеля и то, что он им может дать, их не удовлетворило. Договор наш с Махно обставлен гарантиями, что против нас он не пойдет. Здесь получилась такая же картина, как с Деникиным и Колчаком: как только они затронули интересы кулаков и крестьянства вообще, последние переходили на нашу сторону».

По заданию командования Красной Армии махновцы, к которым примкнули теперь многие крестьяне, прорвались в тыл врангелевцев, снова заняли Гуляй-Поле, Синельниково, Александровск и другие районы, а позднее приняли участие в Крымском походе. И все же махновские замашки сказались опять. По пути следования и в тылу Красной Армии махновцы своевольничали, не подчинялись дисциплине, вызывали различные Эксцессы.

23 ноября 1920 г., когда с Врангелем было покончено, командующий Южным фронтом М. В. Фрунзе приказал штабу махновской армии немедленно приступить к работе по превращению партизанских частей в нормальные войсковые соединения Красной Армии. В частности, предусматривалось переформировать махновские части, ввести их в состав 4-й советской армии и направить эти части на Кавказский фронт. Махно должен был ответить через три дня, подчиняется ли он приказу. Махновцы приказа не выполнили. Махно издал секретный приказ о подготовке захвата Синельникова, Юзовки и других городов. Этот приказ стал известен чекистам. В ночь на 25 ноября все губчека получили телеграфное распоряжение немедленно арестовать махновских вожаков и анархистов-«набатовцев». В ночь на 26 ноября 1920 г. войска Южного фронта окружили и разоружили крымскую группу махновцев, а в Гуляй-Поле — основные их силы во главе с Махно. Самому Махно и нескольким его соратникам удалось прорваться из Гуляй-Поля и бежать. Одновременно в Харькове чекисты арестовали политическую и военную делегацию махновцев в составе Д. И. Попова (секретаря штаба), членов штаба Буданова, Хохотвы, а также связанных с ними анархистов-«набатовцев». Арест махновского штаба Крымского направления был блестяще проведен группой чекистов под руководством сотрудника Особого отдела 6-й армии Н. М. Быстрых. Рискуя жизнью, они смело проникли в дом, занятый штабом, захватили пулемет и арестовали ряд махновских командиров.

Всего в разных местах Украины чекисты арестовали тогда около 400 человек, среди них видных махновцев и анархистов (Волина, командиров полков Зинченко, Колесниченко, Кусенко). Группу арестованных отправили в Москву, в ВЧК. Среди них был и левый эсер Д. И. Попов, приговоренный к расстрелу еще в ноябре 1918 г. за участие в левоэсеровском мятеже. Попова и некоторых других махновцев по постановлению ВЧК расстреляли. Одиннадцать анархистов-«набатовцев» (в том числе Волин) постановлением Президиума ЦИК УССР были высланы за границу. Но сам Махно и некоторые его сторонники продолжали бесчинствовать в советском тылу.

Деятельность украинских органов борьбы с контрреволюцией была прервана в 1919 г. в связи с занятием республики деникинцами. В конце года по мере освобождения ее территории от врага они стали восстанавливаться. Вначале это были главным образом фронтовые чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией. Лишь в отдельных районах создавались следственные комиссии и территориальные судебно-следственные учреждения.

17 марта 1920 г. ВУЦИК принял декрет об образовании «Центрального управления чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности» («Цупчрезком») на Украине. В отличие от прежней ВУЧК, являвшейся отделом НКВД республики, «Цупчрезком» учреждался при Совнаркоме УССР и должен был подчиняться непосредственно ему. Дальнейшими постановлениями Совнарком УССР определил, что «Цупчрезком» работает в тесном контакте с НКЮ и НКВД. Местные его органы, являющиеся отделами исполкомов Советов, работают по инструкциям «Цупчрезкома» в тесном контакте с местными отделениями наркоматов внутренних дел (отделами управления) и юстиции. Заведующие губернскими отделами юстиции и заведующие отделами управления входят в состав коллегии губернской чрезвычайной комиссии, которая в свою очередь делегирует своего представителя в коллегию губернского революционного трибунала. Уездные чрезвычайные комиссии не создавались. Вместо них в составе милиции образовывались уездные политбюро, ведавшие борьбой с контрреволюцией и бандитизмом.

Позднее в «Цупчрезкоме» был создан особый отдел для охраны границ, ведения контрразведки, для борьбы со шпионажем и бандитизмом. Для военного подавления вооруженных банд использовались войска внутренней охраны (ВОХР), а также части особого назначения (ЧОН); последние формировались местными партийными комитетами и им непосредственно подчинялись.

ЦК РКП (б) и Советское правительство РСФСР оказывали деятельную помощь в воссоздании украинского чекистского аппарата; в Харьков, Полтаву, Донбасс, Екатеринослав, Одессу и другие города направлялись группы опытных работников, которые создавали костяк чрезвычайных комиссий. Начальником «Цупчрезкома» Совнарком Украины назначил В. Н. Манцева, который был одновременно членом Коллегии ВЧК и начальником Особого отдела Южного и Юго-Западного фронтов.

В мае 1920 г. в связи с наступлением белополяков председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский был назначен по совместительству начальником тыла Юго-Западного фронта и прибыл на Украину (в Харьков) с большой группой работников. Феликс Эдмундович объединил под своим руководством борьбу с контрреволюцией и борьбу с бандитизмом на Украине. За два месяца своего пребывания здесь он провел огромную работу по очищению советского тыла. Энергично действовал на Правобережье Украины и заместитель председателя ВЧК Я. X. Петерс, руководивший специально образованным там штабом тыла фронта.

Острота социально-политической обстановки военного времени, постоянные враждебные действия вооруженных банд и подпольных организаций в украинском советском тылу требовали принятия жестких мер для подавления контрреволюционных элементов. Поэтому здесь чрезвычайным комиссиям (начиная с губернских) предоставлялось право применять меры внесудебных репрессий по делам, требующим немедленного решения.

Всеукраинский ревком постановил не применять на Украине январский (1920 г.) декрет ВЦИК и СНК РСФСР об отмене смертной казни. В обстановке, когда контрреволюция оказывала ожесточенное сопротивление на военных фронтах, а в тылу обнаруживались все новые и новые заговоры, на Украине еще не возникли условия, какие позволили Советской России отменить смертную казнь. Исходя из этого ревком считал, что до тех пор, пока укрепление власти рабочих и крестьян не будет полностью завершено, необходимо сохранить смертную казнь как средство борьбы с контрреволюцией на Украине. Обращаясь в связи с этим к населению, ревком указывал: «Пусть украинский народ, убедившись на примере Советской России, знает, что террор и все тяжкие репрессии в отношении врагов рабочих и крестьян навязываются нам исключительно свергаемой буржуазией и ее наемниками и что эти тяжкие меры отменяются, как только укрепление власти рабочих и крестьян считается завершенным».

Среди многочисленных подпольных организаций петлюровского буржуазно-националистического толка, раскрытых украинскими чекистами, определенную опасность представлял так называемый «Комитет освобождения Украины», возникший в мае 1920 г. в Полтаве. Учредителем «Комитета» явилась группа преподавателей местной гимназии во главе с профессором Приймой. В группу входили также сотрудники губернского отдела народного образования Никовский, Балик, Лойко (последние два — бывшие петлюровские офицеры), комендант театров Юрченко и кооператор Вашин. Эти лица являлись ревностными сторонниками украинской «самостийности», но вначале не были связаны с какой-либо политической партией. Они строили подпольную организацию по принципу «пятерок»: каждый ее член должен был завербовать пять новых членов. Таким путем они надеялись распространиться по Украине й в подходящий момент поднять восстание.