Становящаяся все более шаткой и угрожающей ситуация побудила семерых политиков пригласить вмешаться Вильгельма, чтобы защитить протестантов и традиционные свободы. Желая оторвать Британские острова от союза с Людовиком XIV, Вильгельм уже был готов к вторжению. Во многих отношениях его предприятие было авантюрой, исход которой зависел от того, решится ли Людовик напасть на Голландию, от действий других держав, от ветров в Северном море и Ла-Манше и от поведения английской армии и флота. После того, как буря помешала осуществить первоначальный план вторжения, 5 ноября 1688 г. Вильгельм высадился в Торбее. На руку ему сыграло безволие Якова, армия которого вдвое превосходила по численности армию Вильгельма. Ранее Яков проявил себя как храбрый военачальник, но в 1688 г. он страдал кровотечением из носа, ослабившим его здоровье, и не смог лично повести свою армию в бой. Наблюдался также отток сторонников, достигший высшей точки с бегством генерал-лейтенанта Джона Черчиля из лагеря Якова к Вильгельму под Солсбери и с бегством принцессы Анны из Лондона. По мере того, как падала решительность Якова, образовывался вакуум власти. Большинство населения не приветствовало династический переворот, и поначалу Вильгельм утверждал, что не имеет видов на престол. Однако, так как положение складывалось благоприятно для него, особенно после того, как Яков был вынужден бежать за границу, Вильгельм обнаружил свои истинные намерения. Престол был объявлен свободным, и Вильгельм с Марией были приглашены занять его в качестве монархов-консортов. Католики были отстранены от наследования престола.

События, получившие впоследствии название «Славная революция», представляли собой одновременно последнее успешное иноземное вторжение в Англию (и к тому же практически бескровное) и переворот, в ходе которого место смещенного монарха занял его племянник и зять, хотя успех Вильгельма во многом также определялся отсутствием в Англии сильной оппозиции, отражавшим апатию, молчаливое согласие и некоторую степень активного содействия претенденту. Смена монарха привела к войне с Людовиком XIV, который дал Якову приют и оказал ему помощь; а необходимость парламентской поддержки в дорогостоящей борьбе с мощнейшей державой Западной Европы наполнила смыслом понятие парламентской монархии. Финансовое соглашение обязывало Вильгельма созывать Парламент каждый год. Трехгодичный акт (1694 г.) обеспечил постоянные созывы Парламента и, ограничив его деятельность тремя годами, обусловил проведение регулярных выборов, тем самым снизив возможности для управления Парламентом с помощью коррупции. Монархия Вильгельма была настоящей ограниченной монархией. Славная революция сыграла важную роль в английской общественной мифологии и воспринималась как торжество духа свободолюбия и терпимости, создавшего политический мир, удобный для англичан. Эти представления составляют стержень той интерпретации истории, которую предложили виги. Такое понимание событий не имеет смысла с шотландской или ирландской точки зрения и недавно было поставлено под сомнение. То, что долгое время считалось неудержимым проявлением стремления британского общества к свободе и прогрессу, ныне можно рассматривать как насильственный захват власти, идеологический, политический и дипломатический кризис. Такой точки зрения придерживались и современники Славной революции, которая повлекла за собой не только гражданскую войну, причинившую огромный вред Шотландии и Ирландии, но и внешнюю войну, стоившую Британии огромного напряжения, хотя она и помогла умерить французские амбиции.

Яков II был полон решимости вернуть себе корону, и, таким образом, вследствие Славной революции возникло якобитское движение. В начале своей борьбы Яков опирался на французскую поддержку, контролировал большую часть Ирландии и имел значительное число сторонников в Шотландии. Эта ситуация напоминала предыдущий период гражданских войск и междуцарствия, последовавший за первым изгнанием Стюартов. Не было никакой уверенности в том, что Яков II не сможет вернуть себе престол, подобно тому как это сделал его брат Карл II в 1660 г. Этот пример вселял в якобитов надежду на успех. Однако Вильгельму, как до него Кромвелю, удалось изгнать Стюартов и их приверженцев из Шотландии и Ирландии, тем самым вынудив их полагаться лишь на иностранную помощь, которая предлагалась в соответствии с дипломатическими и военными условиями, сроками и ограничениями, редко подходившими для якобитов.

В апреле 1689 г. знамя Якова в Шотландии поднял Джон Грэм из Клеверхауса при поддержке сторонников епископальной шотландской церкви, находившейся, как и англиканская церковь, под управлением епископов. При Стюартах это была официальная форма церковного управления, но в Шотландии вследствие Славной революции возродилась соперничающая с епископальной пресвитерианская церковь, на стороне которой стояла примерно половина населения страны. В сражении при Килликренки 27 июля 1689 г. горцы Клеверхауса, вооруженные лишь холодным оружием, обратили противников в бегство, но их вождь был убит, а неумелые преемники не сумели продолжить его дело. В конце 1691 г. большинство вождей Хайленда принесли присягу Вильгельму III. Произошедшая в следующем году резня при Гленко, в которой были уничтожены якобиты Мак-Дональды, показала, что новый строй полагается прежде всего на силу.

Решающие битвы проходили в Ирландии, завоевание которой, осуществленное сторонниками Вильгельма, продемонстрировало, что мощная военная сила под умелым руководством способна преодолеть сопротивление враждебного населения. Из главной французской военно-морской базы в Бресте было легче доплыть до Ирландии, чем до Шотландии. В 1689 г. приверженцы Якова контролировали большую часть острова, хотя Дерри, из страха перед католиками, которые вполне могли устроить всеобщую резню, сел в осаду, которая была снята английским флотом в июле того же года. В августе в Ирландии высадились войска Вильгельма, набранные преимущественно из датчан и голландцев, которые заняли Белфаст и Каррикфергус. Таким образом, военно-морская мощь давала Вильгельму свободу действий и не позволяла Якову захватить всю Ирландию. Прибыв в Ирландию в июне 1690 г., Вильгельм двинулся на Дублин, где обнаружил уступающую в численности армию якобитов и французов (21 000 против 35 000-40 000), собравшуюся на южном берегу реки Бойн. То, что Людовик XIV не сумел осознать важности Ирландии, которую прекрасно понимал Вильгельм III, также сыграло на руку голландцу, так как французы оказывали ирландцам помощь в весьма ограниченных размерах. Одержав 1 июля победу над якобитами на реке Бойн, Вильгельм с легкостью взял Дублин, хотя в следующем месяце так и не смог захватить Лимерик. Джон Черчилль, в то время граф Марльборо, взял Корк (сентябрь) и Кинсейл (октябрь). 12 июля 1691 г. Хью Мак-Кей опрокинул фланг якобитской армии в последнем крупном сражении при Огриме, проведя свою конницу через болото по деревянному настилу, и якобиты бежали, понеся значительные потери при отступлении. Голуэй пал, а якобиты потерпели полное поражение после сдачи Лимерика 3 октября. Война нанесла острову огромный ущерб. Например, в 1690 г. была сожжена восточная часть города Атлон, а западная часть серьезно пострадала в 1691 г., приняв на себя 12 000 пушечных ядер и 600 бомб во время обстрела.

По Лимерикскому миру (1691 г.) ирландские якобиты сдались, и многие из них, «дикие гуси», отправились во Францию на службу Якову. После этого Ирландия оказалась во власти протестантского правительства, которое еще больше укрепило здесь позиции протестантов. В 1641 г. католики владели 59% земель, а в 1688 г. — 22%. К 1703 г. это соотношение снизилось до 14%, а к 1778 г. — до 5%. Чиновники и землевладельцы католического вероисповедания были смещены с постов и лишены владений. Были приняты парламентские акты, направленные против католиков. По закону от 1704 г. католикам запрещалось свободно приобретать или передавать по наследству землю или собственность. Они были также лишены избирательных прав и изгнаны из политической, военной и юридической сфер, в том числе и из Парламента. Законодательные акты запрещали смешанные браки и католические школы. Католикам не позволялось носить оружие. Однако процент католического населения не снизился, так как серьезные гонения носили эпизодический, а не постоянный характер, в то время как католическое духовенство, надевшее светскую одежду и тайно отправляя мессы, продолжало свою работу, опираясь на сильную устную культурную традицию, связь католичества с национальным самосознанием, возникшую в представлениях ирландцев, школы под открытым небом, при молчаливом попустительстве правительства и поддержке со стороны католической Европы.