Считал сильный флот необходимым для России и не жалел на него средств. Однако вопросы направленности строительства Флота, его сосредоточения и боеготовности в первое десятилетие своего правления Николай II «отдал на откуп» не всегда компетентным помощникам, главным среди которых был его дядя — генерал-адмирал.
На важнейших особых совещаниях, решавших судьбу флота и империи, зачастую отмалчивался, скрывая свою державную волю. Не любил самостоятельных людей с мнениями, отличными от его собственного, но далеко не всегда это обнаруживал. Попадал под моральное влияние германского императора Вильгельма II, своей матери и старших родственников (дяди императора). Не сумел согласовать политику и стратегию России накануне войны. Последний отнюдь не желал, справедливо считая её «бедствием для России», но не верил в возможность военного наступления «маленькой Японии» против его огромной державы. Несёт личную моральную ответственность за допущение внезапного нападения японцев на наш флот в Порт-Артуре и в Чемульпо.
Любил парадную сторону военной службы, в том числе и военно-морской, не вникая при этом в суть дела. Тратил большие средства на личные морские походы и на содержание больших быстроходных яхт для своей семьи. Позволял подобное и своим родственникам, в том числе и за счёт казны. Не мстил за неудачи и был милостив к верноподданным, особенно благородного происхождения.
Главный начальник флота и Морского ведомства, генерал-адмирал, великий князь Алексей Александрович (1850–1908) — был предназначен для военно-морской карьеры ещё своим дедом — императором Николаем I, стал мичманом в 7-летнем возрасте (чин ему присвоил отец — император Александр II), получил домашнее воспитание и военно-морское образование под руководством адмирала К.Н. Посьета. С 10-летнего возраста участвовал в морских походах, в возрасте 23 лет стал во главе Гвардейского экипажа, а в неполных 25 лет — командиром фрегата «Светлана». Таким образом, Алексей Александрович «сделал» быструю карьеру, недоступную совершенно любому другому офицеру-дворянину. В июле 1881 г. своим братом, императором Александром III, был назначен главным начальником флота и Морского ведомства, в мае 1883 г. «возведен в звание» генерал-адмирала, а 1 января 1888 г. (в 38 лет!) получил чин адмирала (в 1904 г. в списках адмиралов, а чин этот присваивался крайне редко, самым молодым был Е.И. Алексеев, имевший 61 год от роду, самым старым — 74-летний долгожитель Н.М. Чихачёв).
Великий князь Алексей Александрович в молодости пережил крушение фрегата «Александр Невский», а за руководство действиями моряков против турок на Дунае в 1877 г. был награждён боевым орденом Св. Георгия 4-й степени, подобно всем другим членам большой семьи Александра II.
Отличался красивой представительной внешностью. Будучи холостяком, подолгу жил в Париже, а в семье Романовых имел репутацию гурмана, большого любителя охоты и красивых женщин.
Делами флота занимался «по мере необходимости», зачастую попадая под влияние своих более энергичных и знающих помощников. Однако последние были надёжно защищены от критики широкой спиной генерал-адмирала, дяди самого императора, и пользовались этим. Бывал вспыльчив, но быстро «остывал» и не был мстителен. Не стеснялся использовать в качестве личной яхты единственный в 1898–1904 гг. на Балтике новый крейсер «Светлана».
Постоянно благоволил к Гвардейскому экипажу, считая себя «отцом-командиром» — в 1904 г. Гвардейским экипажем комплектовался новейший броненосец — «Император Александр III». Крейсер «Светлана» комплектовался 5-м флотским Е.И. Высочества генерал-адмирала Алексея Александровича экипажем.
Несёт личную моральную ответственность за низкую боеготовность и невыгодное распределение сил флота к началу войны с японцами. Во время войны проявил несостоятельность, а иногда и безалаберность, в решении вопросов по кругу обязанностей. Роль его в 1904–1905 гг., в основном, свелась к простому утверждению поспешных и недостаточно обоснованных решений. В частности, в январе-феврале 1904 г. Алексей Александрович под влиянием мнений А.А. Вирениуса, Ф.К. Авела-на и З.П. Рожественского отказался от немедленного движения на Дальний Восток подкреплений, а летом 1904 г. — под давлением министра иностранных дел — от крейсерской войны против Японии.
После Цусимской катастрофы Николай II был вынужден «уволить» Алексея Александровича от «управления флотом и Морским ведомством». В высочайшем рескрипте от 4 июня 1905 г. это снятие с должности было завуалировано личной просьбой, «искренней благодарностью», сохранением чинов и званий. Фальшивый тон рескрипта был вскоре пародирован в ходившем по Петербургу остром сатирическим рескрипте («самиздат») на имя балерины Е.Л. Баллета, которая «в продолжении 14 лет несла на себе всю тяжесть генерал-адмиральского тела возлюбленного дяди Нашего». В этой пародии содержался и намек на то, что туалеты и бриллианты своей подруги генерал-адмирал не стеснялся оплачивать из «отпускавшихся на флот средств». Но официальная и просто открытая печать по вполне понятным причинам, воздерживалась от любой критики «дяди Нашего», который скоропостижно скончался в Париже в 1908 г.
Управляющий Морским министерством, адмирал Павел Петрович Тыртов (1836–1903) — опытный моряк, который начал карьеру ещё во время Крымской войны 1853–1856 гг., блестяще окончил Морской кадетский корпус и командовал многими кораблями, а в 1891–1893 гг. эскадрой Тихого океана. Умер почти за год до начала войны с Японией, но своей деятельностью на посту управляющего министерством заложил те принципы строительства и дислокации Флота, которые роковым образом сказались в ходе боевых действий.
Управляющий Морским министерством, адмирал Федор Карлович Авелан (1839–1915) — также опытный моряк, в 1878–1890 гг. командовал пятью кораблями 1-2-го рангов, в 1893–1894 гг. начальник эскадры Средиземного моря, сыгравшей большую роль в русско-французском сближении. В 1896–1903 гг. — начальник Главного морского штаба. Имел солидную представительную внешность, пользовался уважением генерал-адмирала и императора, поддерживал С.О. Макарова, с которым его связывали дружеские отношения. На высших должностях, однако, не проявил должных компетентности и самостоятельности, действуя в рамках ранее утверждённых, иногда коллегиальных решений. Испытывал влияние более и волевых энергичных флагманов (С.О. Макаров, В.П. Верховской, З.П. Рожественский). Во время войны фактически оказался в тени и обнаружил неспособность положительно влиять на действия флота. После Цусимы уволен от должности.
Наместник императора на Дальнем Востоке и главнокомандующий всеми вооруженными силами, действующими против Японии, адмирал Евгений Иванович Алексеев (1843–1916) — в обществе считался внебрачным сыном наследника престола Александра Николаевича — впоследствии императора Александра II, следовательно, братом генерал-адмирала и дядей Николая II. Воспитанник Морского кадетского корпуса, получил несколько чинов «за отличие», командовал крейсерами «Африка» (с 1878 г.) «Адмирал Корнилов», участник нескольких дальних, в том числе кругосветного, плаваний, был военно-морским агентом во Франции. В 1895–1897 гг. — начальник эскадры Тихого океана. С 1899 г. в должности главного начальника и командующего войсками Квантунской области и Морскими силами Тихого океана (с 1903 г. — наместника, а с 1904 г. — и главнокомандующего) фактически являлся «первым лицом» во всех событиях на Дальнем Востоке. Лично руководил действиями Армии и Флота в войне с Китаем 1900–1901 гг. Его заслуги в этой войне, в частности, были отмечены золотой саблей с надписью «Таку, Тянь-Цзынь, Пекин 1900 г.».
Отличался здравым смыслом и волевым характером, стоял на страже интересов императора и России, престиж которой ставил очень высоко. С должным подозрением и недоверием относился к германской морской политике и внимательно следил за военными приготовлениями Японии.
Образ жизни и манеры поведения Е.И. Алексеева на Дальнем Востоке напоминали европейский двор средней руки. С подчинёнными, правда не со всеми, держался высокомерно, мог вспылить и накричать (многие командиры его боялись), а иногда и припомнить «проступки» против его особы. Старался иногда избавиться от «слишком самостоятельных» (Я.А. Гильтебрант), и нёс моральную ответственность за назначение накануне войны начальником эскадры бесцветного О.В. Старка, во всём послушного его воле. В то же время, был против учреждения наместничества, и ещё до войны просил о назначении полномочных командующих армии и флотом на Дальнем Востоке. Реально оценивал угрозу внезапного нападения японцев и был сторонником упреждающего удара, но при этом оказался ограниченным в средствах и полномочиях, а потом и дезориентированным Петербургом (Николаем II, генерал-адмиралом, министром иностранных дел). Во время войны проявил стремление вмешиваться в распоряжения ближайших подчинённых и на этой почве несколько конфликтовал с любившими самостоятельность генералом от инфантерии А.Н. Куропаткиным и вице-адмиралом С.О. Макаровым. Однако он же и поддерживал все достаточно обоснованные планы и предложения последних.