Некоторое время после гибели С.О. Макарова лично командовал флотом, правда, в море не выходил, ожидая окончания исправления половины (трёх из шести) своих линейных кораблей. Отъезд Е.И. Алексеева из Порт-Артура, по мнению очевидцев, напоминал бегство. Однако, следует признать, что как главнокомандующий он поступил мудро, не желая оставаться без связи в осаждённой крепости. Настойчиво требовал от А.Н. Куропаткина и контр-адмирала В.К. Витгефта, которому вверил судьбу флота в Порт-Артуре, активных действий против японцев. Оба командующих, к сожалению, не оказались на высоте положения, и упустили представлявшиеся им возможности. После наступившего кризиса в войне выехал в Санкт-Петербург, и был отмечен в числе очень немногих участников войны орденом Св. Георгия 3-й степени. В 1905 г. назначен членом Государственного Совета.
Известно, что Николай II очень высоко ценил Е.И. Алексеева даже после окончания войны, хотя адмирал стал объектом критики в печати, а в советской историографии был объявлен одним из главных виновников поражения.
Командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Степан Осипович Макаров (1848–1904) — выдающийся флагман рубежа XIX–XX столетий, подобно французскому адмиралу Фурнье, германскому Тирпицу, английскому Фишеру и японским Ита и Того, имел мировую известность и признание. Воспитанник Морского училища в Николаевске-на-Амуре и адмиралов А.А. Попова, И.А. Ендогурова, П.В. Казакевича, Ф.С. Керна и Г.И. Бутакова, герой русско-турецкой войны 1877–1878 гг., благодаря своим личным заслугам и достоинствам, сделал необычайно быструю карьеру и обогнал по службе не только ровесников, но значительно более старших офицеров, многие из которых были у него в подчинении. С 1876 г. самостоятельно командовал кораблями, с 1894 г. — эскадрами. Единственный из наших флагманов, который стремился проводить боевую подготовку, исходя из возможных условий действительного боя и свойств техники и оружия. Считал необходимым базировать практику плаваний и учений флота на прочной теоретической основе, создал ряд оригинальных научных трудов в области тактики, наиболее важными из которых были «Рассуждения по вопросам морской тактики» (1897). Имел значительный флагманский опыт — младшим флагманом Практической эскадры Балтийского моря (1894) и Соединенных эскадр (фактически — флота) в Тихом океане (1895), начальником эскадры Средиземного моря (1894–1895), начальником эскадры Балтийского моря (фактически — боевой частью Балтийского флота — в 1896 и 1898 гг.). Однако, в силу сложившейся практики цензового прохождения службы не смог создать передовой школы морской и тактической выучки. Поэтому понятие «ученик Макарова» является несколько условным, хотя адмирал лично знал в деле многих офицеров флота, а некоторых, действительно, воспитал сам и ставил очень высоко (К.Ф. Шульц, М.П. Васильев).
С.О. Макаров имел широкие научные интересы и добился результатов мирового уровня в океанологии, исследованиях непотопляемости, полярных льдов и т. п. В то же время он отличался увлекающейся натурой, которая постоянно «уводила» его в сторону от флотских вопросов или заставляла с редким упорством отстаивать свои же сомнительные идеи («безбронные суда»). Обладал энергичным «беспокойным» характером, иногда бывал вспыльчив, но практически никогда не наказывал подчинённых, сам стремясь исправить их ошибки.
Был честолюбив и в вопросах чести и нарушения чинопочитания с редкой настойчивостью требовал полного удовлетворения. Пользовался любовью подчиненных (благодаря заботе о них, справедливости и личному примеру), авторитетом и доверием у старших начальников. С редким упорством и смелостью отстаивал собственное мнение и не пользовался служебным положением для личной выгоды, не говоря уже о присвоении казенных денег. В личных расходах был даже скуповат.
В 1899–1904 гг. занимал пост главного командира Кронштадтского порта (старший из адмиралов на Балтике, фактически заведовал большей частью Балтийского флота). Будучи назначенным командующим флотом в Тихом океане, начал решительную борьбу с болезнями мирного времени и смело поставил боевое обучение на передовую основу. Однако не успел реализовать своих замыслов и безвременно погиб.
Командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Николай Илларионович Скрыдлов (1844–1918) — воспитанник Морского кадетского корпуса (1862), герой русско-турецкой войны 1877–1878 гг. Командовал кораблями с 1875 г., отрядами судов с 1895 г. В1900-1902 гг. — начальник эскадры Тихого океана, на которой добился достаточно высокого уровня боеготовности. С 1903 г. — главный командир Черноморского флота и портов Чёрного моря, после гибели С.О. Макарова назначен командующим флотом в Тихом океане, став инициатором конкретных мер по срочному снаряжению подкреплений на Балтике (его предложения и были почти полностью реализованы в посылке 2-й эскадры флота Тихого океана). Однако в Порт-Артур попасть не успел и командовал флотом с берега во Владивостоке. Сам в море не ходил, хотя пытался активизировать операции Владивостокского отряда и скоординировать движение Балтийских эскадр и действия кораблей на Дальнем Востоке. После гибели кораблей в Порт-Артуре был отозван в Санкт-Петербург.
Командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Алексей Алексеевич Бирилев (1844–1915) — из юнкеров флота, командовал кораблями с 1881 г., отрядами — с 1897 г., в 1904 г. сменил С.О. Макарова (по отношению к последнему был известным недоброжелателем и завистником) в Кронштадте, вскоре был назначен на новую должность главного командира Балтийского флота. Обеспечивал снаряжение 2-й эскадры флота Тихого океана, а осенью 1904 г. выступил инициатором посылки вслед З.П. Рожественскому отряда Н.И. Небогатова. Отличался энергичным и независимым характером, честолюбием и увлекался коллекционированием иностранных орденов. В 1905 г. поехал во Владивосток принимать командование флотом в Тихом океане, но после Цусимы был отозван обратно и назначен первым морским министром (1905–1907 гг.), проявил на этом посту большую заботу о назначении пенсий семьям погибших в войну офицеров.
Начальник эскадры Тихого океана вице-адмирал Оскар Викторович Старк (1846 — начало 1930-х гг.) — воспитанник морского кадетского корпуса (1864), командовал кораблями с 1874 г., долго служил на Дальнем Востоке. Был известен тем, что при стоянке в портах никогда не ночевал на своем крейсере («Владимир Мономах»), а, оставив за себя старшего офицера, отправлялся на берег к сопровождавшей его жене. Хороший семьянин. В октябре 1902 г. по выбору Е.И. Алексеева с должности командира порта Артур был назначен командующим эскадрой Тихого океана. Вёл дело по инерции и по указаниям энергичного наместника, который на берегу инструктировал О.В. Старка даже в начале боя эскадры с противником. Есть сведения, что рапортом предлагал Е.И. Алексееву убрать эскадру с рейда ещё до 27 января, но получил отказ. После внезапного нападения японцев был морально подавлен, с прибытием С.О. Макарова уехал в Санкт-Петербург и вскоре был уволен в отставку. Не любил носить знаки отличия отставного вице-адмирала (серебряные зигзаги на погонах), работал в промышленности, скончался в эмиграции, в Финляндии.
Начальник 1-й эскадры флота Тихого океана вице-адмирал Петр Алексеевич Безобразов (1845–1906) — воспитанник Морского кадетского корпуса, одноклассник О.В. Старка, командовал кораблями с 1885 г., с 1898 г. занимал должности начальника штаба Кронштадского порта и младшего флагмана на Балтике и на Чёрном море. 19 апреля 1904 г. стал начальником 1-й эскадры флота Тихого океана, но в Порт-Артур не попал, а прибыл во Владивосток. Лично возглавлял рискованный и удачный поход крейсеров в Корейский пролив в мае-июне 1904 г. Осенью 1904 г. назначен на Балтику, с декабря того же года — исполняющий обязанности начальника Главного морского штаба. Известно, что в последние годы жизни П.А. Безобразов страдал от тяжёлой болезни, от которой он и скончался 17 июня 1906 г.
Командующий 2-й эскадры флота Тихого океана вице-адмирал Зиновий Петрович Рожественский (1848–1909) — воспитанник Морского училища (1868), герой русско-турецкой войны 1877–1878 гг. (бой «Весты»), командовал болгарским флотом, кораблями — с 1890 г., был военно-морским агентом в Англии (1892–1894), а с 1899 по 1902 г. возглавлял Учебно-артиллерийский отряд Балтийского флота. В этот период (в летние компании) Учебно-артиллерийский отряд представлял собой наиболее многочисленное соединение на Балтике, и З.П. Рожественский имел возможность создать на нём своеобразную школу, из которой вышли его ближайшие помощники в эпопее 1904–1905 г. (Д.Г. Фелькерзам, Н.И. Небогатов, В.И. Филипповский, Ф.А. Берсенев), а также некоторые командиры кораблей будущей 2-й эскадры (Б.А. Фитингоф, В.Н. Миклуха, Н.Г. Лишин). Отличался волевым и упрямым характером, бывал вспыльчив, зачастую груб с командирами. Не стеснялся высказывать своё мнение командованию, скептически относился к способностям и личным качествам большинства адмиралов и офицеров флота. В боевой подготовке придерживался строго формальных принципов, умел показать парадную сторону выучки своего отряда, в руководстве — сторонник приказного стиля, но не злоупотреблял количеством и строгостью высказываний. Неплохо разбирался в технических вопросах, особенно в артиллерии.