Впрочем, и другие командиры миноносцев словно забывали, что их корабли вооружены пушками и минными аппаратами. Также было на дежурных миноносцах «Расторопный» и «Бесстрашный», посланных в дозор для охраны эскадры в роковую ночь нападения японцев. Командир первого из них капитан 2-го ранга Сако позднее в следственной комиссии показал, что у него мины в аппаратах не были приведены в боевой положение, а командир миноносца «Бесстрашный» капитан 2-го ранга Циммерман не помнил, готовились ли минные аппараты к выстрелу. В ночь на 29 января на входе в Порт-Артур «Стерегущий» (командир лейтенант Кузьмин-Караваев 2-й) не смог разойтись с «Боевым» (капитан 2-го ранга Елисеев). В результате столкновения на последнем залило водой машину через пробоину в правом борту, и он вышел из строя для аварийного ремонта.

В этом случае никакого противника рядом не было. Когда же появились японцы, то получилось ещё хуже. Командир миноносца «Внушительный» лейтенант Подушкин 12 февраля 1904 г. вблизи Порт-Артура был застигнут японскими крейсерами адмирала С. Дева. Вместо прорыва в гавань он направил свой миноносец на берег в Голубиной бухте, где тот и был расстрелян противником.

Известно, что вице-адмирал Макаров, прибыв в Порт-Артур и разобравшись в обстановке, был недоволен большинством командиров крупных кораблей и миноносцев. После столкновения двух броненосцев он сместил командира «Севастополя» капитана 1-го ранга Н.К. Чернышева и назначил на его место командира крейсера «Новик» Н.О. Эссена, бывшего 121-м (!) в списке капитанов 1 — го ранга. Макаров же собирался назначить капитана 2-го ранга М.П. Васильева на «Цесаревич» и капитана 2-го ранга Н. А. Кроуна на «Пересвет». Эти офицеры, хотя и были старше Эссена по времени производства, всё же «переходили дорогу» более «достойным» кандидатам. По поводу назначения командира «Цесаревича» между адмиралами Макаровым и Алексеевым возник конфликт, который, однако, не успел разрешиться. И Васильев, и Кроун не успели вступить в командование, они погибли вместе с Макаровым на «Петропавловске».

Командующий флотом планировал и замены командиров миноносцев, из которых он заметно выделял только лейтенанта В.И. Лепко и капитана 2-го ранга М.Ф. Шульца, назначенного вскоре вместо Эссена на «Новик». Макаров успел назначить шесть новых командиров: капитана 2-го ранга Ф.В. Римского-Корсакова (на «Беспощадный»), лейтенантов Н.Н. Азарьева (на «Бурный»), А.С. Максимова (на «Бесшумный»), Лукина (на «Сторожевой»), М.К. Бахирева (на «Смелый») и Тыркова 2-го (на «Разящий»). Он также поставил во главе 2-го отряда миноносцев капитана 2-го ранга М.В. Бубнова, минный транспорт «Амур» поручил капитану 2-го ранга Ф.Н. Иванову, миролюбивого Киткина 1-го списал на разоружённый старый крейсер «Разбойник» и перевёл на берег ряд других цензовых командиров.

Назначенного из Санкт-Петербурга командиром «Страшного» лейтенанта К.К. Юрасовского Макаров знал по лихим учебным атакам ещё в кампании 1898 г. на Балтике, когда тот на своём миноносце ночью врезался в броненосец «Адмирал Ушаков». Но именно Юрасовский (28 марта он стал капитаном 2-го ранга) своими действиями осложнил обстановку, которая привела к гибели «Петропавловска». В ночь на 31 марта 1904 г. командир «Страшного» отстал от своего отряда и пристроился к японцам, которых ошибочно принял за своих. Позднее говорили, что капитан Юрасовский страдал слабостью зрения. Так или иначе, утром 31 марта «Страшный» героически погиб в неравном бою вместе со своим командиром, а поспешивший ему на выручку командующий флотом чуть позже попал на выставленное японцами минное заграждение. На «Петропавловске» в числе 650 погибших моряков были и лучшие флагманские специалисты нашего флота — артиллерист капитан 2-го ранга А.К. Мякишев и минёр — капитан 2-го ранга К.Ф. Шульц, которых Макаров ценил очень высоко.

Гибель Макарова произвела деморализующее впечатление на большинство флагманов и офицеров флота Тихого океана. Минобоязнь и стремление остаться в осаждённой вскоре японцами крепости стали преобладающими «тактическими приёмами» артурских командиров. На совещании флагманов и капитанов у контр-адмирала В.К. Витгефта в мае-июне все командиры больших кораблей, кроме Эссена, почти единогласно высказывались против выхода в море и сражения с японским флотом, чем озадачивали даже самого адмирала, также, впрочем, считавшего невозможной победу над японцами в морском сражении.

Николай Оттович Эссен оказался, мягко говоря, неважным для Витгефта штабным работником (он некоторое время был флаг-капитаном), зато его броненосец сражался с противником до последних дней обороны Артура, когда его собратья уже мирно опочили пораженные японскими снарядами на внутреннем рейде. Спасти «Севастополь» Эссен не смог по объективным причинам и затопил его на большой глубине, которая исключала подъём корабля победоносным противником. Все остальные броненосцы и крейсера японцы подняли и ввели в состав своего флота.

Известно, что один в поле не воин. Справедливости же ради надо сказать, что сторонниками выхода в море были и назначенный Витгефтом к себе начальником штаба контр-адмирал Н.А. Матусевич (произвели по ходатайству Макарова), и флагманский штурманский офицер лейтенант Н.Н. Азарьев, успевший принять задержавшийся в ремонте миноносец «Бурный». Последнего сам Витгефт очень ценил. Однако, степень реального влияния Матусевича и Азарьева (погиб на «Цесаревиче» 28 июля 1904 г.) на управление была невелика, так как они постоянно находились при «временно командующим» эскадрой.

Старшинство командиров распределялось следующим образом: Э.Н. Щенснович («Ретвизан»), В.М. Зацаренный («Победа»), В.А. Бойсман («Пересвет»), B.C. Сарнавский («Паллада»), И.П. Успенский («Полтава»), Р.Н. Вирен («Баян»), Н.М. Иванов («Цесаревич»), К.А. Грамматчиков («Аскольд»), Н.О. Эссен («Севастополь») и капитан 2-го ранга А.А. Ливен (назначенный Витгефтом на «Диану»). Таким образом, Эссен, ставший капитаном 1-го ранга только 7 июня 1904 г., занимал почётное девятое место в списке возможных преемников командующего, не считая адмиралов П.П. Ухтомского и Н.К. Рейценштейна. Учитывая настроения последних, близких к настроениям восьми старших капитанов, и изоляцию Артура от России, уже в июне 1904 г. можно было предвидеть, что эскадра обречена на пассивность и не застрахована от бесславной гибели в гавани.

Действительно, артурские командиры проявили храбрость под огнём в сражении 28 июля, но все их тактическое искусство ограничивалось уклонением от атак и от преследования противником. Светлейший князь Ливен с «Дианой», отрываясь от японцев, достиг даже Сайгона, который лежит уже на пути в европейские воды…

Неважно в целом обстояло дело и с командирами миноносцев, которые часто сменялись по разным причинам. Например, на «Решительном» всего за полгода сменилось пятеро (!) командиров. Ни один из миноносцев за время войны так и не умудрился поразить миной боевой корабль противника. Миноносные силы постепенно таяли без нанесения вреда неприятелю. В мае при ночном поиске на камнях погиб «Внимательный», шедший во главе отряда под брейд-вымпелом капитана 2-го ранга Елисеева. Вскоре выяснилось, что брошенный корабль даже не смогли как следует уничтожить. «Вот и делай дела с такими начальниками, — записал в дневнике адмирал Витгефт, — а он считался из лучших ещё».

Ко времени капитуляции крепости в составе эскадры уцелели пять миноносцев. Во главе отряда был поставлен лейтенант М.К. Бахирев, в будущем известный балтийский флагман во время Первой мировой войны. Бахирев, бывший при Макарове одним из самых молодых командиров, и возглавил успешный прорыв миноносцев в нейтральные порты.

Конечно, Порт-Артурская кампания навсегда останется в памяти и примерами выдающейся храбрости морских офицеров, многие из которых сложили головы в тяжёлых боях на берегу, бросаясь в контратаки во главе своих матросов. Но на море многие инициативы отдельных молодых офицеров практически не увенчались успехом.

Так, например, лейтенанты Рощаковский и Лепко, мичмана Ренгартен и Дмитриев смело рисковали жизнью в ночных поисках на достаточно примитивных катерах. Лейтенант М.С. Рощаковский, занимающий особое место в истории нашего флота, назвал свой катер «Авось», что отчасти характеризовало не только сам маленький кораблик, но и всю подготовку России к войне. В первом же походе «Авось» погиб на камнях. Адмирал Витгефт поручил лейтенанту не совсем исправный миноносец «Решительный» и послал его на прорыв из крепости с важным донесением. Выполнив задание, Рощаковский, не надеясь на машину миноносца, но положившись на нейтральных китайцев, разоружил миноносец в Чифу. На следующий же день безоружный корабль был взят на абордаж японцами, приславшими в Чифу два истребителя, которые ни в грош не ставили китайский нейтралитет. Командиру оставалось поддержать честь российского оружия кулаками, и он, вступив в драку с вооруженным японским офицером, свалился с ним в воду. Японцы открыли стрельбу, но Рощаковскому с большинством экипажа удалось достичь берега. Имея мало времени, русский экипаж в самый последний момент успел взорвать «Решительного», но не совсем удачно, и корабль достался противнику в более или менее пригодном состоянии. Вскоре он был на буксире уведен из нейтрального китайского порта.