Благодаря управлению просвещенных и энергичных правителей, Никейская империя смогла сохранить идею византийского государства и извлечь пользу из слабости Латинской империи, вернув Константинополь в 1261 г. Однако пятьдесят семь лет оккупации уничтожили армию, флот, защиту греческой империи. Население столицы, и так небольшое, было бедно, а торговля находилась в руках генуэзцев, укрепившихся в своем квартале Галата. Дорога в Европу оставалась открытой для турок.

Императорский титул между тем сохранился, подчеркивая тем самым сохранение империи, теснимой со всех сторон нетерпеливыми или уже вторгшимися врагами. В Европе эта империя включала в себя Фракию и Македонию, она граничила на севере с Болгарским и Сербским царствами, граница с которыми проходила по Балканской горной цепи, продолжалась чуть севернее Скопле и достигала Адриатического моря к северу от Диррахия (современный Дуррес), на юге граница проходила по горе Олимп, которая отделяла империю от франкского Афинского герцогства. Эпирский деспотат оставался независимым, Греция, собственно говоря, была разделена между несколькими мелкими франкскими княжествами и венецианскими торговыми представительствами. Пелопоннес, на территории которого находилось княжество Ахайи, в XIII в. был объектом яростной борьбы между франками и греками, а в следующем веке был полностью поглощен греческим деспотатом Мистры, который играл важную роль в международной культурной жизни последнего века византийской цивилизации. Острова на севере Эгейского моря все еще принадлежали империи.

В Малой Азии Трапезупдская империя оставалась независимой. Византийская территория сужалась, постепенно ее захватывали турки из рода Османов, чей султан занял Брусу (современная Бурса) и сделал ее своей столицей (1329 г.), а затем захватил все византийские и сельджукские владения в Малой Азии, став для империи постоянной и страшной угрозой.

Угроза для ослабленной империи с севера была не меньшей. Болгары к началу XIV в. захватили Филиппополь (Пловдив) и отодвинули границу с Византией до гор Родопы. Сербское королевство при Стефане Душане (1331–1355 гг.) стало могущественным государством и захватило Албанию, Эпир, Фессалию и Македонию вплоть до Фессалоники, однако распалось после смерти князя. Турки уже проникли в Европу, когда чума 1348 г. истребила большую часть населения. Галлиполи пал (1357 г.), а вслед за ним та же судьба постигла и крепость Адрианополь (1365 г.), которую завоеватели сделали своей столицей. Константинополь был окружен турками, которые покорили Сербию и Болгарию. Даже Эллада вскоре стала жертвой их разрушительных набегов.

К концу XIV в. Византийская империя сократилась до европейских пригородов Константинополя, в нее еще входила Фессалоника с окрестностями, включая Халкидику, и несколько островов в северной части Эгейского моря. Турки-османы, чьи завоевания были остановлены сокрушительным поражением у Анкары (28 июня 1402 г.), нанесенным султану Баязиду Тимуром, великим монгольским правителем, а также междоусобными войнами, завершили свой поход на Запад, который они начали веком раньше. Мурад II взял Фессалонику после короткого штурма (1430 г.), артиллерия Мехмеда II через несколько недель осады справилась со знаменитыми константинопольскими стенами 29 мая 1453 г. Это привело к уничтожению бесчисленных сокровищ, исторических источников всех видов (манускрипты, церковные и светские центральные архивы, произведения искусства, памятники), которые столица греческой империи сохранила после большого латинского грабежа. Теперь Константинополь стал столицей Оттоманской империи. Несколькими годами позже Парфенон, храм Богородицы, стал мечетью. Завоевание Эпирского деспотата, Трапезундской империи, последних греческих, латинских и славянских владений на Балканах восстановили на несколько веков государство, которое снова простиралось от Месопотамии до Адриатики. В этот период Византийская империя окончательно утратила свою территориальную мощь. Долгие усилия, которые прилагало государство, чтобы приспособиться к динамичности границ тех земель, на которые распространялась его власть, потерпели крах. Это был последний симптоматичный штрих в географии этого государства.

К концу IV в. территория империи делилась на четыре префектуры: Восток, Иллирик, Италия и Галлия, каждая из которых состояла из диоцезов. Префектура Восток, самая дальняя и самая большая, включала пять диоцезов: Египет (с Киренаикой), Восток, Понт, Внутренняя Азия и Фракия; префектура Иллирик — диоцезы Дакия и Македония (либо Греция и Балканы); префектура Италия — Италия и Африка, Далмация, Паннония, Норик и Ретия; префектура Галлия — римская Британия, Галлия, Иберийский полуостров и западная Мавритания.

Чтобы спасти хоть какие-то территории, отвоеванные Юстинианом, которым угрожали с севера лангобарды, а с юга — берберы, один из его наследников, Маврикий (582–602 гг.), учредил на западе два больших округа: Итальянский экзархат со столицей в Равенне и Карфагенский экзархат, названный в честь его столицы. Главы этих округов назывались экзархами и обладали для большей эффективности одновременно военной и гражданской властью. Ничего нового в такой мере не было, что бы об этом ни говорили, это был принцип, установленный в Египте Юстинианом, в 538 г. создавшим четыре или пять наместничеств из девяти префектур, вышедших из одного первоначального диоцеза. Каждый из экзархатов делился на дукаты: Итальянский состоял из Равенны, Пентаполиса, Венеции, Рима, Перузии, Неаполя и Калабрии; в состав Африканского входили Бизацена (с двумя дуками — один в Капут-Ваде, второй — в Хадрумете), Нумидия, две Мавритании и Сардиния.

Тот же принцип был применен почти через сто лет, когда византийские владения в Малой Азии были разделены на четыре фемы, управляемые стратигами: фема Армениак на востоке, фема Опсикий на севере, фема Анатолик на юге и фема Фракисия на западном побережье; в Европе области Фракия и Эллада обе стали фемами. Побуждаемое, может быть, желанием не доверять единому управителю столь обширные территории, но особенно озабоченное созданием военной структуры в регионах, которым угрожали их географические соседи, византийское правительство постепенно распространило фемный строй и раздробило те фемы, которые были созданы первоначально. В конце VII в. была создана фема Сицилия, немногим позже фемы Оптиматы и Вукеларий, выделенные из фемы Опсикий, и фема Кивириоты — из фемы Анатолик. В конце века появление фемы Македония, включавшей западную Фракию, показало, что византийское управление утвердилось и в этом регионе. Тот же смысл придают и образованию фем, которое произошло два века спустя: крупная фема Армениак в Малой Азии была разделена на множество маленьких округов: Армениак, Каппадокия, Харсиан, Халдия и Колония. Пафлагония была отделена от фемы Опсикий на Черном море; острова Эгейского моря, включая друпгариаты — округа, на которые делилась фема Фракисий, образовали новую фему между 842 и 889 гг.; Ионические острова стали фемой Кефалиния; Пелопоннес также стал фемой, по меньшей мере с 811 г. Но чтобы закрепить и усилить свои позиции в трех ключевых точках империи, центральная администрация организовала в фемы Фессалонику на Эгейском море, Диррахий на Адриатическом море и Климаты (Klimata) — прибрежную полосу южного Крыма, которая ближе к концу IX в. стала фемой Херсон.