В империи не было постоянной императорской резиденции, и, находясь в пределах империи, Карл V вместе с двором, численность которого колебалась между 1000 и 2000 человек, постоянно переезжал с места на место. При дворе императора были представлены самые разнообразные европейские нации — нидерландцы, кастильцы, каталонцы, итальянцы, немцы. Столь же разноплеменной была и императорская армия. В этих условиях, при которых больше всего доставалось имперским городам, которым приходилось размещать и кормить у себя все это пестрое воинство, не говоря уже о таких массовых мероприятиях, как рейхстаги. В городах и в сельской местности, прежде всего среди протестантов, начиная с двадцатых годов стало нарастать недовольство присутствием иностранцев, в особенности испанцев. При этом не делалось особых различий между грандами и рядовыми солдатами, в которых население все больше склонно было видеть истинную опору власти императора.

В 1521–1522 годах временно удалось уладить конфликт с Фердинандом, требовавшим финансовой и территориальной компенсации за отказ от прав на престолонаследие. По Вормсскому договору 1521 года он получил в наследственное владение пять «земель Нижней Австрии», правда, без тех областей, которые имели выход к Адриатическому морю (Гориция, Фриули, Триест). «Верхняя Австрия» — Тироль, Форарльберг и др., а также Вюртемберг, ставший в 1520 году владением Габсбургов, остались, таким образом, но-прежнему в руках Карла V. По Брюссельским договорам Карл уступил брату также и эти земли, но именно этот договор был секретным, и Фердинанд, таким образом, не мог там реально распоряжаться. Только в 1525 году Карл V снял это ограничение. С этого момента он уже не владел никакими территориями в пределах Германии. Это способствовало принятию императорским двором ряда неправильных решений, связанных прежде всего с недооценкой динамики реформации и обострением социальных конфликтов в преддверии Крестьянской войны в Германии. Такой недооценке способствовали также начальные успехи Карла в подавлении реформаторских настроений в его наследственных нидерландских владениях. В 20-е годы Карл и его двор находились в основном в Испании, и роль Фердинанда как наместника императора сводилась в основном к обязанностям исполнителя его решений. Важные вопросы имперской политики не могли, таким образом, решаться без контактов с императорским двором, что требовало продолжительных и дорогостоящих путешествий. Это приводило не только к большим задержкам в принятии решений, но и к содержательно неверным действиям, поскольку из далекой Испании события и факты представали в ином свете, нежели на месте.

Вопросы, попросту отложенные на Вормсском рейхстаге 1521 года, по-прежнему требовали решения. Это касалось не только дела Лютера, но и ряда вопросов экономической политики. Проблемы эти были упомянуты уже в избирательной капитуляции Карла V и в период 1523–1524 годов вызвали к жизни усилия субъектов империи, направленные на создание единого экономического и таможенного пространства, что предполагало установление контроля над монопольной деятельностью крупных торговых домов. Однако магнаты раннего южнонемецкого капитализма, прежде всего аугсбургские и нюрнбергские торговые компании, оказались сильнее и, обратившись напрямую к императору, находившемуся в Испании, сумели положить предел этим устремлениям. Под давлением Нюрнбергского рейхстага 1524 года Карл V 10 марта 1525 года подписал в Мадриде новый закон о торговле, который соответствовал интересам торговых компаний и поставил крест на таможенных проектах субъектов империи, а также положил конец вмешательству имперской юстиции в эти дела.

Особое внимание следует обратить на то, какие последствия отсутствие императора в 1521–1530 годах имело для развития религиозно-политической ситуации. Различные субъекты империи по-разному проводили в жизнь Вормсский эдикт, а те князья, которые либерально относились к Реформации, исполняли его весьма формально. Однако, несмотря на уже обозначившиеся религиозно-политические фронты, консенсус между субъектами империи был еще настолько прочен, что в 1524 году было решено провести вместо всеобщего собора национальный собор, причем общая формулировка содержательно была столь неоднозначна, что оставляла надежду и на дальнейшее сохранение консенсуса. Под влиянием брата и желая сохранить императорский авторитет в вопросах веры, Карл V запретил проводить это собрание. Тем самым был перекрыт обозначившийся было путь к созданию национальной церкви в пределах империи. За этим последовала региональная дифференциация различных религиозно-политических сил.

Политические события вне Германии (война в Италии между императором, папой и Францией) не позволяли Карлу даже и думать о том, чтобы решительно выступить против церковных новаций в Германии и уж тем более о созыве всеобщего собора. Кроме того, турецкая угроза вынудила Фердинанда пойти на уступки в конфессиональных вопросах в обмен на обещание помощи в войне с турками. Это позволило Шпейерскому рейхстагу 1526 года на требование императора о строгом выполнении Вормсского эдикта дать положительный ответ, но с компромиссной добавкой: насколько это будет угодно Богу и совести. Тем самым был открыт путь религиозному плюрализму, в основе которого лежало право князей выбирать себе конфессию.

Решительная победа императорских войск в Италии позволила Карлу V в 1529 году заключить в Камбре мир с Франциском I, за чем последовала его коронация уже как императора напой Клементом VII 24 февраля 1530 года в Болонье. Это развязало ему руки на внешнеполитической арене и позволило проводить более жесткий религиозно-политический курс в империи. Когда в начале 1530 года Карл V после длительного отсутствия вновь ступил на землю империи, там с 1529 года уже существовали две религиозные партии и одна центристская группа, стремившаяся к примирению. Теперь эта группа стала особенно цепной, поскольку император выступил с программой религиозного согласия, фундаментом которого могла стать группа сторонников реформы католицизма при его дворе. Кроме того, за императором и его окружением стоял опыт развития испанской церкви, в которой была проведена гуманистическая реформа. Оба эти обстоятельства способствовали тому, что Карл V попытался на Аугсбургском рейхстаге 1530 года занять позицию третейского судьи. Свежекоронованный император при доброжелательной поддержке папы взял на себя миссию восстановления единства церкви в империи. Это должно было усилить политические позиции императора в предстоящем споре с субъектами империи по нерешенным конституционным вопросам, а в перспективе и его внешнеполитические позиции в Европе в борьбе против Франции и папы. Но здесь же было и наиболее уязвимое место политики императора, что вносило в эту политику очень большую долю риска. И папа, и католическая партия в империи были против религиозно-теологического компромисса, основанного на взаимном прощении «былых заблуждений» и предложенного Карлом V в послании рейхстагу, ибо такой компромисс был равноценен отмене Вормсского эдикта.

Еще до начала рейхстага император ощутил давление со стороны папской курии. Это давление было настолько сильным, что в предложениях рейхстагу от 20 июня император уже отошел от позиции третейского судьи, выступив с предостережениями против раскола и отпадения от церкви. Безусловно, с протестантской стороны присутствовала искренняя готовность к компромиссу, в особенности в лице умеренного лютеранского крыла саксонцев, которая группировалась вокруг Филиппа Меланхтона. Вообще говоря, неясно, насколько далеко протестантская сторона была готова пойти в этом направлении, если бы дело дошло до вопросов о гарантиях и дальнейшем развитии евангелической церковной организации. Тем не менее протестантские субъекты империи в соответствии с пожеланием императора 25 июня представили изложение своей позиции в документе под названием «Confessio Augustana» («Аугсбургское исповедание»). Субъекты империи, приверженные старой вере, не посчитали нужным представить императору такой же документ со своей стороны, в связи с чем он поручил католическим богословам написать опровержение лютеранского исповедания. Под давлением католических субъектов империи Карл V представил этот документ, «Соnfutatio» («Опровержение»), от своего имени. Это означало окончательный отход от позиции посредника и третейского судьи, и он не только выступил против протестантов, но и исключил возможность проведения богословского диспута, поскольку хоть и приказал огласить опровержение, по категорически выступил против раздачи текста присутствующим. Этим император также пошел навстречу пожеланиям католических субъектов империи и папского легата Кампеджо.