Титул римского короля прибавил Фердинанду не слишком много власти, поскольку при всем росте престижа и авторитета, связанных с этим титулом, Карл V оставил ему весьма ограниченную свободу действий. Даже на время отсутствия императора Фердинанд не мог принимать принципиальных решений по управлению империей, и его роль была сведена к функциям администратора (Thomas, 137). С другой стороны, слабость и ограниченность полномочий римского короля способствовали тому, что противникам императора из числа субъектов империи легче было смириться с избранием Фердинанда, поскольку такие ограничения делали минимальными их опасения в отношении своих вольностей. Зависимое и ограниченное положение не помешало, однако, Фердинанду выступить с рядом важных политических инициатив, призванных устранить многочисленные трудности и конфликты в империи. Ему не удалось достичь на этом пути ощутимых результатов по ряду причин. Во-первых, Карл V не оказывал брату достаточной поддержки, поскольку не особенно верил в его таланты и рвение и считал его скорее помехой на пути реализации своих глобальных политических планов. И если в тридцатые годы престиж и авторитет Фердинанда I в империи существенно возросли, то обязан этим он был не только и не столько титулу римского короля, сколько повышению значимости своих наследственных владений и опыту, благодаря которому стал лучше понимать происходящие в империи процессы.

Основой положения Фердинанда в империи были австрийские наследственные владения Габсбургов, которые Карл V получил в качестве наследства после деда, императора Максимилиана I, а затем, в 1522 году окончательно и бесповоротно передал брату, оставив за собой только Испанию и Нидерланды. Затем последовал брак Фердинанда с Анной Богемской и Венгерской, который наряду с заключенными династическими договорами оставлял ему шансы на богемский и венгерский престолы. Действительно, после смерти короля Людвига II в 1526 году, Фердинанду достались эти королевства. Фердинанд воспитывался при испанском дворе и прибыл в Австрию чужаком, не зная ни языка, ни обычаев страны, не понимая также сути требований сословий, претендовавших на участие в управлении страной. В первые годы проявилась нерациональность и неэффективность правления эрцгерцога Фердинанда, что было вызвано не в последнюю очередь разнообразными обязательствами за пределами Австрии. Возникла срочная необходимость в реорганизации системы правления, и прежде всего удаления от него иностранцев, доминировавших при дворе. Без такой реформы нечего было рассчитывать на финансовую поддержку со стороны подданных и вассалов. Уступая их давлению, Фердинанд в 1526–1527 годах провел реорганизацию придворной канцелярии и учредил Тайный совет, выполнявший роль высшего совещательного органа при решении важнейших государственных вопросов. В дополнение к Тайному совету был создан больший но составу Надворный совет, в функции которого входило решение вопросов текущей политики. Этот орган также выполнял функции суда высшей инстанции. После отречения Карла V от престола созданный Фердинандом Надворный совет продолжил свою работу уже как императорский Надворный совет, а в 1559 году, после реорганизации органов управления империей уже официально стал называться Имперским Надворным советом и распространил свои полномочия на всю территорию империи. Надворные советники часто выступали в роли глав дипломатических миссий. В 1526–1527 годах возник еще один важный орган — Надворная палата, которая должна была распоряжаться денежными средствами, поступавшими от австрийских князей, и поддерживать порядок в области государственных финансов. Однако расходы росли, а источники финансовых поступлений становились все более скудными, и палата так и не сумела достойно выполнить возложенные на нее функции. Спустя несколько десятилетий, в 1556 году, возник еще один орган — Надворный военный совет, взявший на себя заботу о вооруженных силах. Центральные институты представляли звенья той цепи, которой суждено было прочно и надолго связать Австрию и Габсбургов между собой.

Как уже говорилось выше, в начале своего правления наследственными владениями молодой Габсбург опирался на иностранцев, в основном на испанцев и нидерландцев. Главным фаворитом Фердинанда в это время был Габриель Саламанка, заслуживший весьма недобрую славу. Его изгнание и реорганизация центральных учреждений позволили наиболее видным представителям местной аристократии принять более активное участие в управлении. Ведущая роль в период примерно с 1527 но 1539 год принадлежала Бернгарду фон Клесу, князю-епископу Триентскому (с 1530 года — кардинал). Об этом свидетельствует его возведение в должность верховного канцлера и главы Тайного совета. Уже через 10 лет после смерти кардинала Клеса, когда внимание Фердинанда было в существенной мере отвлечено «планом наследственной империи» Карла V и имперская политика короля стала постепенно обретать самостоятельные очертания, на передний план выдвинулись такие фигуры, как Мартин де Гусман, посланник при брюссельском дворе, и Иоганн Ульрих Цазиус, выполнявший в основном дипломатические миссии при дворах немецких князей и выступавший на рейхстагах, бундестагах и депутационных съездах. Однако эти люди уже не играли определяющей роли. При Максимилиане II Цазиус занял пост имперского вице-канцлера, став таким образом преемником Сигизмупда (Зигмунда) Зельда, который занимал эту дол-ясность еще при Карле V (по-видимому, с 1547 или 1548 года) и сохранил ее при Фердинанде. Оба Габсбурга внимательно прислушивались к мнению аугсбуржца Зельда в вопросах имперской и церковной политики. И, наконец, следует упомянуть видного богослова-иезуита Петруса Казинуса, который по поручению Фердинанда участвовал в рейхстагах 1556/1557 и 1559 годов, а также в Вормсском богословском диспуте 1557 года.

Поначалу Фердинанду пришлось столкнуться с большими трудностями в попытках укрепить свое господство в наследственных землях, а после избрания римским королем ему пришлось столкнуться с проявлениями недоброжелательности, а порой и открытого неповиновения со стороны многих субъектов империи. В 1534 году Габсбургам пришлось возвратить Вюртемберг исконным владельцам, в результате чего произошел откат в процессе политической консолидации, и Габсбурги на какое-то время перестали быть доминирующей силой на юге Германии. Однако в долгосрочном плане это обстоятельство не оказало существенного негативного влияния на позиции Фердинанда. В результате этих событий король потерял всего лишь форпост, который едва ли вообще можно было удержать, но зато достиг компромисса с Баварией, в результате чего произошло решительное ослабление висконфессиональной оппозиции. Ликвидация «западного фронта» окончательно открыла путь Реформации в Вюртемберг и позволила сконцентрировать усилия на борьбе за обладание Венгрией.

К этому времени в Венгрии сложилось положение, которое требовало напряжения всех сил. Большая часть земель короны св. Стефана была захвачена турками, а на северо-востоке, ядром которого являлась Трансильвания, в 1526 году возникло «национальное» королевство во главе с Яношем Запоя, все в большей степени попадавшее в зависимость от Османской империи. Турки предпринимали регулярные набеги на Западную Венгрию, в 1529 году они дошли до Вены, а в 1532 году — до Граца и вышли на границу Верхней Австрии. Это вело к дальнейшим потерям, по, по крайней мере, породило у феодалов на юго-востоке империи готовность поддержать борьбу против «заклятого врага». Однако субъекты империи требовали за свою помощь определенных уступок. Так, например, протестанты требовали проявить уступчивость в религиозном споре и расширения сословных вольностей вообще, которые для них были и условием, и средством территориального расширения.

С другой стороны, стремление крупных феодалов к расширению и округлению подвластных им территорий давало императору шанс найти общий язык с мелким дворянством, еще не имевшим собственных земельных владений. Император или его наместник обеспечивали защиту этих дворян, принадлежащих в основном к рыцарскому сословию, от угрозы территориальной интеграции, ограничивая аппетиты князей. Такую политику проводил Фердинанд в 40-е годы, помогая рыцарству Франконии, Швабии и Рейнской области отстаивать свою независимость. Мелким дворянам поневоле приходилось искать у императора защиты от притязаний местных князей, что позволило даже говорить о начатом Фердинандом «процессе организации имперского рыцарского сословия» (Press, 51). За эту помощь рыцари расплачивались политической сдержанностью, и прежде всего финансовой помощью.