В 1540/41 годах Карл V возвратился в империю после продолжительного отсутствия, и административные полномочия римского короля в империи на этом прекратились. Он вновь оказался в тени брата, политику которого безоговорочно поддерживал. Каких-либо глубоких разногласий между ними не возникало, если не считать нюансов, связанных с приоритетом борьбы с турками или ограниченной готовности к уступкам в религиозных вопросах. В этих непринципиальных разногласиях сказались поражения, понесенные Фердинандом в Венгрии, и конфессиональные сложности, возникшие в австрийских землях. Бесспорно, что и после возвращения императора его брат сохранил серьезное влияние, о чем свидетельствуют выступления австрийских представителей в рейхстаге и комитетах рейхстага, а также участие Карла в общеполитических дискуссиях. Семейные узы требовали взаимной сдержанности. В первую очередь это относится к баварским Виттельсбахам, которые но конфессиональным причинам начиная с 1543 — 44 годов усиленно искали союза с Габсбургами. Это сближение в 1546 году окончательно закрепилось в браке герцога Альбрехта Баварского, наследника баварского престола, и дочери Фердинанда, к тому же очень пригодилось Карлу во время Шмалькальдской войны, в которой

Бавария сыграла роль ценной оперативной базы. Несколько недель спустя был заключен еще один союз такого рода: в июле 1546 года состоялась свадьба герцога Вильгельма V Юлих-Клеве-Бергского и дочери короля, что означало для герцога примирение с Габсбургами и окончательный отказ от сближения с Францией и Шмалькальдским союзом. Мы не имеем возможности останавливаться на всех последующих династических союзах, следует лишь упомянуть заключенный в 1548 году брак между Максимилианом, старшим сыном Фердинанда, и одной из дочерей Карла V. Этот брак имел своей целью поддержать единство обеих габсбургских линий, но смог выполнить эту роль лишь частично.

Во время Шмалькальдской войны Фердинанд целиком и полностью стоял на стороне брата. Есть основания утверждать, что ему принадлежит заслуга в том, что герцог Мориц Саксонский в этой войне принял сторону императора. Мориц Саксонский и другие протестантские князья присоединились к Карлу V, и это сняло с конфликта клеймо религиозной войны. Теперь император все чаще просил у римского короля совета по ключевым вопросам, таким, как обеспечение длительного мира в империи и преодоление религиозного раскола. При этом Фердинанд обычно выступал сторонником политики, построенной в первую очередь не на силе, а на прочном консенсусе. Временные решения в урегулировании межконфессиональных противоречий принимались также с учетом рекомендаций короля, тем более что перенос собора с территории империи в Болонью практически исключил возможность участия в нем протестантов. Здесь мнение короля помогло императору принять те решения, к которым он сам уже давно склонялся. Такая позиция Габсбургов объяснялась, конечно же, не веротерпимостью, а прежде всего трезвой оценкой реального соотношения сил. Кроме того, и Карл, и Фердинанд рассчитывали на то, что на соборе удастся достичь богословского разрешения спора, различие их позиций заключалось лишь в том, что Фердинанд считал любое обострение событий нежелательным, а Карл не исключал заведомо возможности вмешательства с целью укрепления авторитета императора. Однако противоречия, норой возникавшие между братьями, не носили неразрешимого характера, ибо обоим было совершенно ясно, что без решения causa religiosa (религиозного вопроса) мира в империи не будет.

Истинные разногласия между братьями возникли в 1549 году не по политическим вопросам, а в связи с престолонаследием. Поводом для этого послужил, во-первых, опыт прошедших лет, показавший, что для эффективного управления империей требуется мощная силовая база, и, во-вторых, слухи, согласно которым Карл V вознамерился передать императорскую корону своему испанскому наследнику Филиппу — единственному законному сыну императора. Слухи эти имели под собой некоторые основания — Карл действительно сомневался в достаточности ресурсов, которыми располагали наследственные владения Фердинанда, для решения задач, стоявших перед императорской властью: не потребует ли решение этих задач помощи Испании, Италии и Нидерландов. Фердинанд усмотрел в этом угрозу своему положению римского короля и перспективам на императорский престол. Это заставило его обратиться со страстным воззванием ко всем габсбургским дворам, в котором говорилось, что в подобном случае все они будут унижены и пострадает авторитет и репутация всей семьи. Характерно, что «Фердинанд — но убеждению или повинуясь этикету — снял с императора всякую ответственность за эти слухи» (Laubach, 39) и предполагал, что авторы этих слухов находятся в окружении Филиппа, причем для этого был очевидный повод — интерес к короне императора. Те же, кто действительно был заинтересован в том, чтобы посеять раздор между Габсбургами, так и не попали в поле зрения.

В действительности никто не предпринимал серьезных попыток вынудить Фердинанда отказаться от титула римского короля, но с идеей передачи короны в «испанскую ветвь» навсегда покончено не было. Напротив, после длительных дискуссий, происходивших между Габсбургами в 1550–1551 годах, о передаче императорской короны Филиппу, был достигнут компромисс, получивший название «план наследственной империи», однако до осуществления его так и не дошло. Согласно этому плану, испанский инфант должен был быть объявлен претендентом на титул римского короля и, следовательно, наследником Фердинанда, которому, в свою очередь, должен был наследовать старший сын Фердинанда Максимилиан. Казалось, что таким образом удастся зарезервировать титул императора за семьей Габсбургов в целом более чем на поколение вперед. Сомнительно, чтобы такая перспектива нашла поддержку у Фердинанда, вопреки всем опасениям юридического и политического характера. Скорее всего, он просто уступил давлению императора. С другой стороны, можно предположить, что Фердинанд рассчитывал на то, что этот план провалится сам по себе и, следовательно, не повлечет никаких последствий, но при этом ухудшатся позиции Габсбургов в имперской политике. И на самом деле, уже летом 1551 года при самых первых попытках зондирования курфюрсты категорически отвергли возможность избрания Филиппа претендентом на титул римского короля. Одновременно усилилось подозрение, что император вознамерился превратить империю в наследственную монархию, в результате чего усилилась антигабсбургская пропаганда и возросло недоверие.

Дискуссия о наследовании по «испанской линии» омрачила отношения между Габсбургами, росло взаимное недоверие, поскольку уже больной император пренебрегал советами брата, лучше знакомого с делами империи. Позднее не раз выяснялось, что эти советы были правильными. Тем не менее Карл напрасно подозревал брата в тайном сговоре с врагами во время так называемого «восстания князей» 1552 года. Кроме того, существуют доказательства того, что король предупреждал императора о грозящем нападении. Если учесть, насколько слаб был император зимой 1551–1552 годов в финансовом и военном отношении и что лишь месяцы спустя смог противопоставить своим противникам достаточное количество войск, то можно попять, сколь важна была для Габсбургов возможность начать переговоры с врагом, за что неоднократно выступал римский король. Кстати, и Мориц Саксонский буквально накануне начала военных действий был готов вступить в такие переговоры на определенных условиях. Попутно следует заметить, что компромиссная политика короля была вознаграждена тем, что «воинственные князья» пощадили его владения в тот момент, когда у него были связаны руки в очередном конфликте с турками.

В конце концов Карл V заявил о своей готовности вступить в переговоры с Морицем Саксонским, однако тот пс откликнулся на предложение императора и тем более не прекратил военных действий. При этом Мориц принципиально не отказывался от переговоров, но хотел, чтобы в качестве посредника выступил Фердинанд. Он сообщил свои условия: освобождение ландграфа Филиппа, отправленного в заключение императором, защита своих земель от реституционных притязаний ранее изгнанного курфюрста Саксонского, а также защита от принудительных конфессиональных мероприятий. В случае положительного исхода переговоров он пообещал предоставить свою армию для ведения войны с турками. Римскому королю роль посредника, несомненно, представлялась заманчивой, да и выдвинутые требования должны были казаться ему вполне приемлемыми, поскольку в свое время он уже частично одобрил их. Выход Саксонии из союза с Францией явился бы событием, политическую важность которого трудно переоценить, сотрудничество в войне против Османской империи пошло бы на пользу не только Фердинанду и Венгрии, но и всему христианскому миру. Аргументов этих оказалось достаточно для того, чтобы убедить Карла V. Это было тем более необходимо, поскольку восстание оказалось не только тяжелым ударом по самолюбию и авторитету императора, но и грозило лишить его плодов победы над Шмалькальдским союзом и нарушить его концепцию правления в империи.