Сохранившиеся архивы, как правило, не позволяют получить ясного представления о конкретном участии императора в этой повседневной бумажной работе. Тем не менее в ряде принципиальных решений в области мирной политики сороковых годов отчетливо просматривается стиль руководства, присущий именно Фердинанду III. В этих ситуациях император предстает перед нами как компетентный политик, которому свойственны трезвые оценки и высокое чувство долга и ответственности перед династией и государством, как человек, способный принимать в случае необходимости тяжелые, порой горькие решения и последовательно проводить их в жизнь. Необычным и в то же время характерным для Фердинанда III было то, что в таких, особенно трудных ситуациях он не собирал, как обычно, свой политический штаб — Тайный совет и не проводил обычных для его работы голосований, а обращался к ближайшим соратникам с просьбой высказать свое мнение по отдельности и письменно. Так он поступал в тех случаях, когда речь шла об основополагающих стратегических вопросах мирной политики.

В этих вопросах Фердинанд III начиная с 1637 года продолжал линию отца. В соответствии с этой линией он, как было однажды сформулировано в 1640 году, стремился «посредством по возможности всеобъемлющего объединения верховного главы и членов возглавляемого им сообщества» склонить врага (сюда относились наряду с «коронами» также Гессеи-Кассель и Брауншвейг-Люнебург) «к мысли о мире» (Wandruszka, 108). Из этого следует, что Фердинанд III рассматривал империю как организм, в состав которого входят голова и члены (сообщества), которым необходимо возвратить их естественные функции. Для этого следует пойти на уступки, при этом спор может идти не о возможности таких уступок в принципе, а лишь о их размерах. Из этого вытекает план, предполагавший три следующих этапа: во-первых, объединение всей империи вокруг императора, во-вторых, достижение военного превосходства, и, в-третьих, на основе достигнутого военного превосходства, изгнание армий иностранных государств с территории империи и последующее заключение сепаратных мирных договоров с этими государствами. В тот момент шансы на успешную реализацию такого плана были достаточно значительны, и, соответственно, размер уступок, на которые император был готов пойти в отношении иностранных государств, и, прежде всего, Франции, был невелик.

Однако летом 1643 года, когда потребовались первые инструкции для императорских дипломатов на Вестфальском мирном конгрессе, возникли сомнения в правильности такой стратегии. Сами тексты этих инструкций (APW II) в тот момент еще не позволяли заподозрить подобной неуверенности, но сохранившиеся экспертные заключения императорских советников уже содержат размышления о возможности пойти на большие уступки территориальным требованиям противников (Франции и Швеции) в Эльзасе и в Померании, то есть пожертвовать частью владений и нрав Габсбургов. Заставить советников высказать столь крамольные предложения могло лишь резкое ухудшение положения на театрах военных действий. В последней кампании император потерял почти всю свою полевую армию (второе сражение под Брайтснфельдом 2 ноября 1642 года), а французы 19 мая 1643 у Рокруа буквально в клочья разнесли испанскую армию. После этого поражения становой хребет военной мощи Испании, знаменитая испанская пехота, так никогда уже не восстановился.

В январе 1645 года императору снова пришлось прибегнуть к опросу своих тайных советников. К этому времени положение вновь ухудшилось: в феврале 1644 года Трансильвания объявила императору войну, искусные маневры Торстексона привели к тому, что осенью Галлае без единого сражения потерял вторую полевую армию императора, а Бавария вступила в прямые сношения с Францией. Фердинанд III исходил из того, что субъекты империи взяли курс на «мир, taliscumque еа tandem sit» (каждый по отдельности). Он задал советникам вопрос о том, возможно ли еще политическим путем предотвратить отпадение империи от императора (Ruppert, 364). Таким образом, концепция «единства головы и членов» стала неактуальной. Ответ экспертов (Ruppert, 364–400) в отношении политического решения был неутешительным, по они рекомендовали еще раз попытаться добиться военного успеха: «Следует максимально усилить военную мощь Вашего императорского величества, добыть средства сделать это и, сделав это, применить оружие». Так гласил совет первого министра графа Максимилиана фон Траутмансдорфа (1584–1650). Вновь была предпринята попытка еще раз переломить ход войны, выиграв одно большое сражение. При этом расчет делался также на общественный резонанс — император, пользовавшийся славой испытанного военачальника и победителя 1634 года, номинально принял верховное командование над войсками.

Результатом этого силового приема стала катастрофа в сражении под Янкау 6 марта 1645 года, после которой шведы появились под стенами Вены. Ответом императора на такое изменение ситуации стала совершенно новая стратегия мира, что сопровождалось тотальным отходом от прежних позиций. Впервые новый подход проявился в экспертных заключениях шести тайных советников в сентябре 1645 года (APW II). На основании этих документов император собственноручно составил инструкцию для Траутмансдорфа, возглавившего дипломатические миссии в Мюнстере и Оснабрюке. Этот документ был настолько секретен, что, по всей видимости, до его публикации в 1962 году его содержание знали только сам император и Траутмансдорф. По-видимому, это была наиболее строго охраняемая государственная тайна всего периода правления Фердинанда III. Этот секрет сохранялся очень хорошо и после смерти императора — в архиве его поместили в такое место, где никому и никогда не приходило в голову его искать. Несмотря на упорные поиски на протяжении всего XIX и половины XX века, нашли его в конце концов совершенно случайно.

В этой инструкции император уже не исходит из необходимости первым делом объединиться с субъектами империи, он даже готов не вести сепаратных переговоров с коронами, я хочет лишь «как можно скорее покончить дело» с обеими иностранными державами. Для этого император готов пойти на весьма существенные уступки, перечисленные в восьми пунктах, причем эти уступки далеко превышают то, что императору действительно пришлось отдать в 1648 году. Об этом Траутмансдорф в 1649 году написал императору подробнейший отчет с приложением подтверждающих документов: ему удалось в части территориальных уступок, отказа от императорских прав и денежных компенсаций сохранить многое из того, что император счел возможным отдать в октябре 1645 года. Эта заслуга была безоговорочно признана Фердинандом III, он писал своему обергофмейстеру так: «Ваша громадная услуга мне, империи и моему дому доставила мне огромное удовлетворение, ибо Вы совершили чрезвычайно много сверх того, что было поручено Вам в секретных инструкциях и полномочиях». Из этого ответа, написанного императором собственноручно, следует, таким образом, что он интерпретировал Вестфальский мир не как небывалое поражение, а даже как определенный успех, позволивший предотвратить наиболее тяжкие последствия. Этим успехом он был обязан опыту и дипломатическому искусству человека, безоговорочно преданного ему, начиная с 1633 года, который с конца 1645 до середины 1647 года, будучи главой делегации императора на Вестфальском мирном конгрессе, вел переговоры о территориальных уступках Франции и Швеции и был автором изменений конституционного порядка в империи, введенных в силу в 1648 году. Император не забыл о том, что в 1645 году он был готов заплатить за мир куда большую цену, чем та, которая от него в действительности потребовалась. Однако в отношении межгабсбургской политики Вестфальские мирные трактаты содержат такую уступку императора, которая в инструкции Траутмансдорфу самым решительным образом отвергалась, а именно: обязательство императора соблюдать нейтралитет во франко-испанской войне и запрет на оказание помощи Бургундскому имперскому округу. Это было нечто совершенно неслыханное с точки зрения конституционного права империи, традиций семьи Габсбургов и соображений династической политики. В своем отчете Траутмансдорф написал об этом с формальной точки зрения правильно, но с точки зрения конкретного содержания несколько приукрашено: «На протяжении всего времени моего пребывания в Мюнстере и участия в работе над этими трактатами Испания постоянно присутствовала и не шла ни на какие сепаратные действия».