Сразу же после смерти отца Мария Терезия назначила мужа соправителем Австрии и администратором королевства Богемия. В ноябре 1741 года она поручила ему также командование австрийской армией. Таким образом, на Франца Стефана было возложено исполнение ряда важных должностей. Вначале он ревностно взялся за исполнение новых обязанностей, и его слово имело при дворе первостепенный вес, но вскоре все изменилось. После первых неудач он был отстранен от командования армией. Во внешней политике он допустил тяжелую принципиальную ошибку, возомнив Фридриха II своим другом. Этим он значительно облегчил прусскому королю захват Силезии, от чего, правда, затем вполне готов был отказаться. И с главным соперником — «контримператором» Карлом VII — он пытался достичь мирного компромисса, предложив ему королевскую корону в Ломбардии в обмен на отказ от императорской короны. В этом же документе упоминается план, связанный с основанием королевства в Эльзасе, который предполагалось отнять у Франции с целью создания собственной территориальной базы для управления империей. В отличие от Франца Стефана Мария Терезия склонна была проводить и против Пруссии, и против Баварии куда более жесткую линию, что ей и удалось на практике. В результате ее активный, но неудачливый супруг уже в самом начале войны за Австрийское наследство оказался отодвинутым на задний план. Францу Стефану пришлось смириться с тем, что рядом с Марией Терезией ему уже никогда не придется играть ту общественную роль, на которую он мог бы рассчитывать и в дальнейшем. Он вел себя с чрезвычайной сдержанностью. Такой была ситуация при венском дворе в переломный для европейской политики XVIII века момент после смерти императора Карла VI.

В 1745 году реализация упомянутого выше плана, сформулированного Бартенштейном, вновь поставила Франца Стефана в центр европейской политики. Именно для него предстояло добыть корону, хотя движущей силой был не столько Франц Стефан, сколько его жена. Ее армия принудила молодого баварского курфюрста Макса III Иосифа признать в Фюссенском мирном договоре 22 апреля 1745 года Прагматическую санкцию и пообещать отдать свой голос на выборах за Франца Стефана. Через несколько недель она добилась таких же обещаний от капризного дядюшки Макса Иосифа, кельнского курфюрста Клеменса Августа. Главное же достижение состояло в том, что ей удалось склонить Фридриха Августа II курфюрста Саксонии и короля Польши, который при поддержке Франции намеревался выдвинуть свою кандидатуру, к отказу от этого намерения и отдать свой голос Габсбургу. Аналогичной обработке подвергли также курфюрстов Пфальцского и Бранденбургского. Более важным здесь был голос Фридриха II, общепризнанного лидера антигабсбургской оппозиции в империи. К этому времени если не на серьезном политическом уровне, то по меньшей мере в публицистике всерьез обсуждались возможности вступления на престол императора-протестанта. Трудные переговоры затянулись: к выборам во Франкфурте удалось приступить только в сентябре 1745 года. Викариат 1745 года оказался самым продолжительным в истории империи раннего нового времени. Проволочки были вызваны не столько подготовкой избирательной капитуляции, куда было внесено лишь несколько новых пунктов, сколько выжидательной позицией, занятой некоторыми дворами. Однако настойчивые действия австрийской дипломатии позволили в конечном итоге добиться желаемого результата, причем ни для кого не осталось секретом, что за этими действиями стоял стройный, заранее продуманный сценарий. 13 сентября 1745 года великий герцог Франц Стефан был избран курфюрстами (за исключением Карла Теодора Пфальцского и Фридриха II) римским императором. 4 октября 1745 года в обстановке традиционной роскоши состоялась коронация. Несмотря на настойчивые уговоры Франца Стефана, Мария Терезия в отличие от своей недавней предшественницы Марии Амалии отказалась возложить на свою голову корону. Причина отказа этой, в общем-то, весьма властолюбивой дамы от формальной коронации могла состоять лишь в том, что церемония определяла ей лишь подчиненную роль по отношению к супругу, чего она никак не могла допустить. Тем не менее в дальнейшем она носила титул императрицы, и иностранные дворы в официальных письмах называли ее именно так.

Первая задача императора состояла в том, чтобы подчинить себе имперские институты. Поэтому уже во Франкфурте он начал назначать в Надворный совет своих людей. При его предшественнике совет приобрел явно выраженную баварскую окраску, от которой, естественно, следовало избавиться. Лишь из эпохи Франца I до пас дошли документы, касающиеся практических вопросов кадровой политики, которые позволяют проследить критерии отбора претендентов. Делая эти назначения, император стремился достичь баланса между представителями наследственных владений Габсбургов и остальной империи. С целью урегулирования личных отношении должности получавших жалование советников были отделены от должностей супернумерариев, не получавших жалования. Должность председателя совета получил граф Иоганн Вильгельм фон Вурмбранд, занимавший этот пост при Карле VI, начиная с 1728 года. Это назначение подчеркивало непрерывность старшинства габсбургских императоров. Аналогичным образом с должности имперского вице-канцлера был смещен баварский граф Иоганн Вильгельм фон Кенигсфельд, который очень хотел остаться на этом посту, а на его место был назначен также занимавший этот пост при Карле VI граф Рудольф фон Коллоредо. 9 сентября 1745 года был подписан договор об имперской придворной канцелярии, который стал правовой основой ее деятельности. То же самое было сделано и в отношении рейхстага. Сразу после коронации его работа была возобновлена, и местом заседаний рейхстага вновь назначен вольный имперский город Регенсбург. Тем самым годы, на протяжении которых рейхстаг заседал во Франкфурте, также были объявлены как бы досадным эпизодом. Во главе верховного комиссариата несмотря на свое баварское прошлое встал князь Эрнст Вильгельм Фюрстенберг, который также занимал этот пост при Карле VI и символизировал габсбургскую преемственность. Правда, князь Фюрстенберг не отличался особыми талантами и вскоре вынужден был оставить эту должность. В 1748 году его сменил Александр Фердинанд фон Тури и Таксис, став, таким образом, основателем своеобразной династии — эта должность оставалась в семье Тури и Таксис до самого конца Старой империи.

Итак, первую задачу, состоявшую в укреплении позиций еще не повсеместно признанного императора (сильнейший из имперских князей Фридрих II признал Франца I несколько позже, в Дрезденском мирном договоре 25 декабря 1745 года) венский двор решал в первую очередь путем расстановки верных людей. С той же целью Вена покровительствовала имперским городам, которые в эпоху пика европейского абсолютизма все сильнее ощущали железную хватку территориальных князей. Об этом, к сожалению, известно не слишком много, по изыскания, проведенные в Гамбурге, показывают, что сразу же после коронации Франца I началось явное сближение между этим имперским городом и императором, вылившееся в подлинное «гамбургско-австрийское партнерство интересов» (R. Rameke, 166), которое было закреплено направлением в Гамбург настроенных соответствующим образом представителей, таких, как барон Карл Йозеф фон Рааб. Аналогичное сотрудничество было установлено также с имперскими городами Аугсбургом и Регенсбургом, статус которых как раз в этот период находился под серьезной угрозой. Подобные связи налаживались и с другими имперскими городами. Поддержка императорского двора заключалась прежде всего в доброжелательных судебных решениях. Мелкие субъекты империи предпочитали подавать свои жалобы на крупных территориальных князей в Надворный совет, поскольку здесь император имел больше возможностей для вмешательства, чем в имперской судебной палате, где больше прислушивались к мнению крупных субъектов империи. Постоянные требования о ревизии имперской судебной палаты Франц I умел игнорировать столь же успешно, как и его предшественники. Этот факт показывает, что в принципе он стремился не к оживлению деятельности имперских институтов как таковой, а прежде всего к укреплению императорской власти Габсбургов на основе этих институтов.