Новая война началась в апреле 1809 года. Многие национально мыслящие люди надеялись, что, начав эту войну, Австрия встанет во главе Германии, а может быть, и всей Европы, в борьбе против, диктатора, которого начали недолюбливать даже во Франции, однако их ждало горькое разочарование. Уже через несколько педель австрийская армия, продвинувшаяся в Баварию, потерпела поражение, французы вступили в Вену, двор бежал. Напрасно жена императора умоляла его лично стать во главе армии (Guglia, 68) и сместить Карла. Император колебался, уклонялся, а затем неуверенно, хотя и последовательно, начал нащупывать линию, которая могла бы привести к миру без разрушения монархии. В этом отношении он во многом следовал за генералиссимусом, который придерживался выжидательной тактики. Эта тактика лишь один раз на короткое время уступила место ликованию после поражения Наполеона под Асперном в мае 1809 года, по уже в июле Наполеон одержал трудную победу при Ваграме и начал оттеснять австрийскую армию в Богемию. Карл заключил перемирие против воли императора и был смещен теперь уже навсегда. Франц и императрица собирались продолжать войну: «Если нам не удастся путем переговоров добиться мира без нанесения монархии неизлечимых ран, то мы, как положено порядочным людям, будем драться и уберем всех малодушных и нерешительных» (Rößler, II, 50). Однако Штадион объяснил императору, что сил для продолжения борьбы недостаточно, что генералы не хотят больше воевать и что дальнейшие боевые действия таят в себе опасность и для монархии, и для его тропа.

И действительно, Наполеон угрожал не только разделить Австрию на части, во время переговоров он заявил, что основным препятствием для достижения выгодного мира является личность императора, и совершенно открыто пригрозил убрать Франца и посадить на его место кого-нибудь из его братьев: Фердинанда или Карла. Требование Наполеона поставило династию перед трудным вопросом. 24 сентября 1809 года в Тотисе близ Комарио собрался решающий семейный совет. Подробности происходившего в точности не известны, по мы знаем, что Франц заявил, что готов отречься, если это необходимо для счастья его народа, но однозначно не выразил своей воли по этому поводу. С другой стороны, император и императрица, последняя — под влиянием известного публициста Фридриха Генца, заявили о своей готовности заключить тяжелый мир для спасения монархии и трона (там же, II, 74f.). Шенбруннский мирный договор, по которому Австрийская империя уступала Зальцбург, Инфиртель, Западную Галицию и все Адриатическое побережье, был самым тяжелым из всех, которые когда-либо пришлось заключать монархии.

Переживал ли император национальный подъем, восторг национально-освободительной борьбы против врага отечества, трагедию тяжелого поражения? Или он был по-прежнему так же холоден, как следует из тех слов, которые он, по преданию, произнес после катастрофы при Ваграме, наблюдаемой им из Бизамберга, к северу от Вены: «А вот теперь можно и домой» (Tritsch, 366). Из писем императора, рассказов наблюдателей и сопровождавших его людей, а также из его действий видно, что Франц лично и активно участвовал в событиях, как бывало всегда, когда он после длительных колебаний решался на поступок. Можно говорить о том, что в его поведении присутствовал сдержанный пафос. При Асперне он ликовал: «Полная и безоговорочная победа увенчала усилия той армии, о которой совсем недавно трубили на весь мир, что она разгромлена и рассеяна» (Guglia, 79). Вид нолей сражений, на которых еще педели спустя лежали разлагающиеся трупы, потрясал его. Тирольцам, поднявшим при активном участии эрцгерцога Иоганна восстание против баварско-французского владычества, он в личном послании от 29 мая 1809 года писал: «… они никогда более не будут оторваны от плоти австрийской империи, и я не заключу иного мира, кроме того, который вновь неразрывно свяжет эту страну с моей монархией» (Rößler, II, 21). Авторами этого текста являются, скорее всего, генералы, по в нем все равно чувствуется дух Франца. Перемирие, заключенное между Карлом и Наполеоном, он хотел разорвать прежде всего потому, «что оно унизительно, роняет мою репутацию и заставляет меня нарушить слово, данное тирольцам» (там же, II, 49). Итак, нет никаких оснований говорить о бесчувственности, равно как и о присутствии какого-либо национального немецкого мышления, от которого всегда были далеки и Франц, и его братья, за исключением разве что эрцгерцога Иоганна, некоторое время выражавшегося в подобном стиле. Напротив, в этой войне проявились последние рецидивы ответственности и последние воспоминания об империи, когда, например, герцог Фридрих Вильгельм Брауншвейгский в 1809 году поспешил на помощь императору как «немецкий имперский князь», а Наполеон, в свою очередь, пригрозил бывшим имперским графам и рыцарям, сражавшимся на стороне императора, и потребовал от Австрии роспуска Тевтонского ордена, одного из последних реликтов империи. Ибо «в то время вся моральная сила монархии основывалась в конечном счете на том, что мир рассматривал ее как центральную точку и точку притяжения всего, что еще осталось от старых принципов, форм и чувств».

Эта мысль была высказана в 1810 Меттернихом (письмо Гепцу, Srbik, I, 128), тем человеком, которого император призвал в момент самого глубокого кризиса в истории монархии. Этому человеку было суждено определять политику монархии и через много лет после смерти Франца. Отставка Штадиона и приход на высший политический и дипломатический пост в стране бывшего посла Австрии в Париже, сына достойнейшего руководителя императорской делегации на Раштаттских переговорах, означали и для императора, и для нового главного министра нечто большее, чем просто кадровую перестановку, — это было коренным изменением системы. Попытка свергнуть тирана Европы при помощи народной революции, над которой активно работали и Штадион, и Меттерних (на своем парижском посту в 1808/1809 годах), окончательно потерпела неудачу. Штадион так и не смог смириться с поражением и с гневом в сердце удалился в отставку. Меттерних же сделал для себя решающий вывод: Наполеона можно победить, но не силой оружия, а дипломатией, и тем самым спасти попавшее в большую беду австрийское государство. Для этого на внешнеполитической арене необходимо достичь хотя бы кратковременной мирной передышки, а внутри страны — укрепить авторитет государства, но не для того, чтобы, упаси боже, завоевать любовь народа, а лишь для того, чтобы твердой рукой управлять им (там же). Такова была платформа, на которой объединились два столь разных человека, каковыми были император и его министр иностранных дел — флегматичный, серьезный, педантичный бюрократ и блестящий, светский, сразу же ухватывающий суть дипломат мирового класса. Меттерних не был ни тем мальчиком для битья, на которого сваливают вину за столь нелюбимую систему правления императора Франца, ни истинным повелителем Австрии, сколь бы часто об этом ни говорили его противники из обоих лагерей. Император неизменно держался за него, позволял ему, пусть зачастую и с неохотой, руководить собой, но Меттерних никогда не был независим, и если император решал идти своим путем, то он не доверял всем без исключения, в том числе и Меттерниху. Еще в 1829 году Меттерних заверял одного из своих зарубежных собеседников в том, что воля императора тверда, и никому не дано склонить его к тому, чего он не желает (это было преувеличением), и стоит ему, Меттерниху, нарушить волю императора, то уже через 24 часа он перестанет быть министром иностранных дел (это, безусловно, было правдой, там же, I, 453f.). Он навсегда остался в этом качестве — министра иностранных дел, во внутренней же политике, которая, собственно, и была сферой императора, где работала бюрократическая машина, построенная еще Иосифом II, он, несмотря на все усилия, так и не добился истинного влияния и должен был даже молчаливо взирать на то, как император явно отдавал предпочтение его противникам. Более того, и во внешней политике ему приходилось мириться с присутствием противников в ближайшем окружении императора. Однако здесь его позиции были неуязвимы, даже если настроения менялись. В 1814 году, во время Венского конгресса, между Меттернихом и царем возникли серьезные разногласия, и царь в беседе с императором попытался внушить тому, что его министр является единственным и совершенно изолированным антагонистом разумной политики. После этого император заверил Меттерниха: «… поскольку у нас единая цель, а именно благо моей монархии, то император Александр, даже беседуя с нами порознь, все равно услышит одно и то же» (Staatskanzlei Vortrage, 196, 1814, 2.11.). Отношения между ними были не столь доверительными, как позднее между Бисмарком и Вильгельмом I, однако с годами они становились все более тесными, и их кульминацией можно считать фразу политического завещания императора, в которой он характеризовал Меттерниха, ставшего к тому времени канцлером правящего дома, двора и государства, как своего самого преданного слугу и друга.