Д-р Рудольф Мильднер перед Нюрнбергским трибуналом подтвердил ответственность Мюллера. «Арестованные тайной государственной полицией […] за противоправные действия были помещены в концлагеря, если не по распоряжению рейхсфюрера СС Гиммлера, то по приказу шефа IV отдела РСХА группенфюре-ра СС Мюллера, замещающего шефа полиции безопасности и СД обергруппенфюрера СС д-ра Кальтенбруннера. Инструкции и приказы подписывались шефом зипо и СД д-ром Кальтенбруннером или шефом IV отдела […] Мюллером. […] В заседаниях […], которые вел Мюллер, замещая шефа зипо и СД д-ра Кальтенбруннера, принимали участие со стороны РСХА шеф V отдела группенфюрер СС Небе, руководитель отдела IV А 6 штурмбаннфюрер СС д-р Берндорф, неоднократно оберфюрер СС Панцингер, заместитель шефа IV отдела. […] На основании этих заседаний и вследствие обмена мнениями между двумя шефами управлений IV и V, группенфюрером Мюллером и группенфюрером Небе, […] д-р Кальтенбруннер должен был знать о положении дел в концлагерях»[321].

За неделю до начала войны Мюллер отдал распоряжение, чтобы заключенных не освобождали из-под «охранных арестов» во время войны[322]. Существенное различие заключалось в том, что продление срока заключения в каждом конкретном случае не обосновывалось.

Новые правила предусматривали, что заключенные могли быть задержаны на неопределенный срок. Только в особых случаях пересматривались причины ареста и была надежда на освобождение. До этого распоряжения некоторые заключенные могли быть амнистированы только при наличии смягчающих обстоятельств в день рождения Гитлера. «По приказу рейхсфюрера СС […] во время войны все заключенные, направляемые в концлагерь, первоначально прикрепляются к особому штрафному отделу. Исключение составляют только те заключенные, которые попали в лагерь вследствие профилактических мер полиции […], или которые находились в списках для дальнейшей переправки в другие инстанции»[323].

Следующий приказ шефа гестапо урегулировал процесс передачи заключенных из концлагеря правовым учреждениям. Случалось, что заключенные должны были выступать свидетелями на суде, тем самым прервав на время свое пребывание под «охранным арестом». Польские и русские заключенные не принимались во внимание этим постановлением[324].

О том, что Генрих Мюллер был абсолютно «тверд», когда дело касалось преследований так называемых предателей страны, свидетельствует его письмо от 2 июля 1940 г., в котором он возмущается по поводу незначительного штрафа для «предателей страны». Он просил полицейские участки при отбывании наказания за предательство перепроверять каждый случай отдельно и решать, оставить заключенного под «охранным арестом» или перевести в концлагерь[325]. Лишь несколько месяцев спустя он поставил полицейский участки в известность, что министр юстиции рейха уже в июне 1939 г. по инициативе Мюллера обязал суды с особой тщательностью контролировать переписку обвиняемых в преступлениях государственного и местного масштаба. Юристы гестапо постоянно рассчитывали па тайные сообщения. По этой причине документы, из которых можно определить, что обвиняемый арестован за предательство, или в каком учреждении слушалось его дело, не отсылались обычным образом по почте[326]. В дальнейшем переписка лиц, взятых под «охранный арест», строго регламентировалась.

2 августа 1940 года Мюллер получил подробное письмо начальника политического отдела концлагеря Аушвиц, который информировал шефа гестапо о том, что после побега заключенного Тадеуша Вийовски было проведено расследование в отношении пяти гражданских рабочих и одиннадцати заключенных. Рабочих обвинили в том, что они снабжали заключенных продуктами, сигаретами и передавали им письма. Вина же заключенных, по мнению руководства лагеря, была в том, что они занимались подготовкой к побегу и помогли бежать поляку[327].

Политические отделы концлагерей подчинялись гестапо. Через эти отделы Мюллер и руководитель ведомства по «охранным арестам» д-р Берндорф могли напрямую и косвенно влиять на положение дел в лагере и были подробно информированы обо всех происшествиях в лагере. Так, Мюллер знал о действиях СС в «проходном» лагере Золдау, недалеко от Кенигсберга, в котором содержались евреи, поляки, литовцы. Этот лагерь сначала был задуман как место ликвидации арестованных польских интеллектуалов и «душевнобольных» и основан инспектором зипо в Кенигсберге д-ром Рашем. Издевательства и расстрелы без разбора являлись там обычным делом. Судьи СС в своем постановлении определили меру наказания для начальника лагеря гауптштурмфюрера СС Краузе и одного из охранников СС, которые были вскоре освобождены по ходатайству д-ра Раша.

Мюллер был также информирован о медицинских экспериментах, проводимых в концлагерях. Из письма оберштурмбаннфюрера СС Брандта, из личной ставки рейхсфюрера СС, врачу СС, профессору Глаубергу[328], в Аушвиц от 10 июля 1942 г. следует, что Мюллер знал об опытах по стерилизации евреек[329]. С 1942 г. главное судебное управление СС пыталось, сначала безрезультатно, добраться до преступлений в концлагерях. Только после ареста Карла Коха, коменданта концлагеря Бухенвальд, который был обвинен в коррупции, в бесчисленных убийствах и позже приговорен к смертной казни судом СС, штурмбаннфюрер СС, д-р Конрад Морген получил возможность рассматривать случаи произвола в других концлагерях[330]. Морген раскрыл правонарушения, связанные с коррупцией и расстрелами в концлагерях Аушвица и Герцогенбуша. Он рассказал в РСХА Кальтенбруннеру, Небе и Мюллеру о преступлениях СС. «Это общение было односторонним, поскольку Кальтенбруннер и Небе молчали, в то время как Мюллер не находил себе места, белый от гнева, и не давал мне сказать ни слова. Поскольку я оставался спокоен, он вскочил и выбежал из комнаты, оставив меня одного, в то время, как двое других господ от меня отвернулись. После обеда я нашел Мюллера и высказал ему еще раз свою точку зрения; но Мюллер был абсолютно против»[331]. Д-р Морген высказал в своих свидетельских показаниях в 1952 г. предположение, что Мюллер пытался преуменьшить результаты расследований комиссии гестапо в концлагере Заксенхаузен, поскольку раскрытие этих преступлений повредило бы лично ему. Воспоминания о встречах с Мюллером вызывали у д-ра Моргена легкую дрожь[332].

В одном из писем Генриху Мюллеру и шефу группы Д главного финансового управления Рихарду Глюксу от 29 октября 1942 г., Гиммлер «одобрил» доставку продовольственных пакетов. Он разрешил всем заключенным в неограниченном количестве принимать пакеты с продовольствием[333]. «Мобилизация сил заключенных […] для выполнения задач войны (увеличения вооружения)», как об этом писал шеф ВФХЛ Освальд Поль в своем письме Гиммлеру от 30.04.1942 г., стояла на первом плане. Только во второй половине 1942 г. в среднем из числа заключенных 95 000 умерло около 57 503[334].

Высокая даже для гестапо смертность в концлагере Аушвиц заставила Мюллера в 1944 году запретить помещение немецких женщин-заключенных в лагеря[335]. В связи с острой нехваткой рабочей силы шеф IV отдела РСХА 17 декабря 1942 г. отдает приказ до 1.02.1943 г. перевести в концлагеря по меньшей мере 35 000 работоспособных заключенных. «Нарушившие договор» или бежавшие с принудительных работ рабочие, а также заключенные «нормальных тюрем» и трудовых лагерей должны были быть немедленно переправлены в близлежащие концлагеря[336]. Дела рабочих с востока, которые сбежали со своих рабочих мест или совершили во время побега кражи, необходимо оставлять в полицейских участках, не принимая во внимание особые случаи[337]. Согласно распоряжению Мюллера от 23.03.1943 г., мероприятия, срок действия которых был ранее указан, необходимо продолжать[338].